NWD1

NWD1
Identifikatori
Aliasi	NWD1, NACHT i WD ponavljajuči domen koji sadrži protein 1
Vanjski ID-jevi	OMIM: 616250 MGI: 2442268 HomoloGene: 72261 GeneCards: NWD1
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 19 (čovjek)
Kraj	16,817,963 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 8 (miš)
Kraj	72,717,876 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• ATP binding; • nucleotide binding; • vezivanje sa RNK;
Ćelijska komponenta	• citoplazma; • citosol; • U5 snRNP; • precatalytic spliceosome; • catalytic step 2 spliceosome;
Biološki proces	• Prerada RNK; • GO:1901313 positive regulation of gene expression; • negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	284434
	319555
	ENSG00000188039
	ENSMUSG00000048148
	Q149M9
	A6H603
	NM_001007525; NM_001290355; NM_001347994
	NM_001159403; NM_176940
	NP_001007526; NP_001277284; NP_001334923
	NP_795914
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

NWD1, skraćenica za NACHT i WD ponavljajuči domen koji sadrži protein 1, je gen pronađen kod kičmenjaka, koji kodira protein koji sadrži domen NACHT i domen ponavljanje WD40. Prvobitno je identificiran tokom potrage za genima imunskog sistema kod zebrica, kao sekvenca koja kodira protein povezana sa APAF1; ortolozi su naknadno identificirani kod sisarskih vrsta.^[5] Dosadašnji podaci ukazuju na uzročnu ulogu prekomjerne ekspresije NWD1 povezane sa tumorom, u poremećaju regulacije signalizacije androgenih receptora tokom progresije karcinoma prostate.^[6]

‎

Aminokiselinska sekvenca uredi

10	20	30	40	50
MQRGKPCRAL	PTLKCQTFCQ	RHGLMFEVVD	LRWGIRNIEA	TDHLTTELCL
EEVDRCWKTS	IGPAFVALIG	DQYGPCLIPS	RIDEKEWEVL	RDHLTARPSD
LELVARYFQR	DENAFPPTYV	LQAPGTGEAC	EPEEATLTSV	LRSGAQEARR
LGLITQEQWQ	HYHRSVIEWE	IERSLLSSED	REQGATVFLR	EIQDLHKHIL
EDCALRMVDR	LADGCLDADA	QNLLSSLKSH	ITDMHPGVLK	THRLPWSRDL
VNPKNKTHAC	YLKELGEQFV	VRANHQVLTR	LRELDTAGQE	LAWLYQEIRH
HLWQSSEVIQ	TFCGRQELLA	RLGQQLRHDD	SKQHTPLVLF	GPPGIGKTAL
MCKLAEQMPR	LLGHKTVTVL	RLLGTSQMSS	DARGLLKSIC	FQVCLAYGLP
LPPAQVLDAH	TRVVQFFHTL	LHTVSCRNFE	SLVLLLDAMD	DLDSVRHARR
VPWLPLNCPP	RVHLILSACS	GALGVLDTLQ	RVLLDPEAYW	EVKPLSGNQG
QQMIQLLLAA	ARRTLSPVHT	DLLWASLPEC	GNPGRLRLAF	EEARKWASFT
VPVPLATTAE	EATHQLCTRL	EQTHGQLLVA	HVLGYIVSSR	HGLSEAELKD
VLSLDDEVLQ	DVYRDWTPPS	KELLRFPPLL	WVRLRRDLGY	YLARRPVDGF
TLLAIAHRQL	VEVVRERYLS	GSERAKRHGV	LADFFSGTWS	QGTKKLITLP
LVGKPLNLDR	KVAPQPLWFS	HTVANLRKLK	ELPYHLLHSG	RLEELKQEVL
GSMSWISCRG	ISGGIEDLLD	DFDLCAPHLD	SPEVGLVREA	LQLCRPAVEL
RGMERSLLYT	ELLARLHFFA	TSHPALVGQL	CQQAQSWFQL	CAHPVLVPLG
GFLQPPGGPL	RATLSGCHKG	ITAMAWGVEE	KLLVIGTQDG	IMAVWDMEEQ
HVIHMLTGHT	GEVRCVKIFA	KGTLANSASK	DYTLHLWNLL	SGQEKFTIWD
GGSKNPAEPQ	IWNLHVDEAH	KVVYSASGSK	INAWNLETAE	PVFHILGDAS
DPWMCMAVLA	SQATLLTVSR	DGVVSLWSSA	TGKLQGKQHM	SSIKEETPTC
AVSVQKQGKL	VTGFSNGSIS	LVSSKGDRLL	EKLPDAVRFL	VVSEDESLLA
AGFGRSVRIF	LADSRGFRRF	MAMDLEHEDM	VETAVFGTEN	NLIITGSLDA
LIQVWSLSEQ	GTLLDILEGV	GAPVSLLARG	GALVASASPQ	SSSFKVWDLS
DAHRSRVPAP	FLDRTGLTAV	SHNGSYVYFP	KIGDKNKVTI	WDLAEGEEQD
SLDTSSEIRC	LEVAEQRKLL	FTGLVSGVVL	VFPLNSRQDV	ICIPPPEARK
AINCMSLSKC	EDRLAIAYDN	IVLVLDITSG	DPCPVIDGPR	YTFYTQLPET
LSSVAILTDY	RVVYSMTNGD	LFLYECATSK	AFPLETHRSR	VACVEVSHKE
QLVVSGSEDA	LLCLWDLQAR	KWKFEMSYTS	SYCRGVQCAC	FSKDDKYVYV
GLKDRSILVW	SVLDGTLLTV	QFVHAVVNRI	IPTTSGFIAP	TRHGYLIREN
FQCLSAKASP	QDPLKNFKKA	MWMVKSRQRE	ELVAAAGAPQ	DLESESAQGN
ETKSNKCSQV	CLIV

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija uredi

‎Correa et al. (2014)‎‎ naveli su da NWD1 protein sadrži 1.358 aminokiselina i ima izračunatu molekulsku masu od 150,8 kD. NWD1 ima N-terminalni WD ponavljajući domen od oko 40 aminokiselina, zatim NACHT domen, prostorni region, 10 tandemskih WD ponavljanja, drugi razmaknik, dva dodatna WD ponavljanja, i kratak C-terminalni rep. Kvantitativnom PCR analizom otkrivena je NWD1 ekspresija u većini od 48 ispitanih ljudskih tkiva, sa najsnažnijim ispoljavanjem u prostati, a slijede sjemenici, mrežnjača, dušnik, očni živac, hipofiza i pluća. Epitopno označeni NWD1 eksprimiran je u citosolu transfektiranih ćelija HEK293T. ‎

‎==Funkcija‎‎ ‎‎ ‎‎gena==

‎Correa et al. (2014)‎‎ identificirali su obogaćivanje lokusa SRY u promotorskoj regiji gena NWD1. PCR analiza je pokazala indukciju ekspresije NWD1 u transficiranim HEK293T i PPC-1 ćelijama prostatskog karcinoma iz SRY i povezanog transkripcijskog faktora SOX9 ‎. Nokautiranje NWD1 ekspresije putem lentivirusnog gena koji utišavajući dramatično smanjuje održivost u androgeno-responzivnim ćelijama LNCaP-a raka prostate. Utišavanje NWD1 u ćelijama LNCaP abrogiralo je aktivnost virusa zavisnih od androgena. Utišavanje NWD1 je također smanjilo i ekspresiju PDEF-a (SPDEF‎) u nekoliko linija ljudskih ćelija i možda je imalo manji efekt u smanjenju aktivacije NF-kappa-B. Ekspresija NWD1 je povišen tokom patogeneze ili progresije raka prostate.^[7]

Reference uredi

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000188039 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000048148 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ Stein C, Caccamo M, Laird G, Leptin M (2007). "Conservation and divergence of gene families encoding components of innate immune response systems in zebrafish". Genome Biol. 8 (11): R251. doi:10.1186/gb-2007-8-11-r251. PMC 2258186. PMID 18039395.
^ Correa RG, Krajewska M, Ware CF, Gerlic M, Reed JC (2014). "The NLR-related protein NWD1 is associated with prostate cancer and modulates androgen receptor signaling". Oncotarget. 5 (6): 1657–1665. doi:10.18632/oncotarget.1850. PMC 4039239. PMID 24681825.
^ Correa et al. (2014)‎‎ utvrdili su da gen NWD1 ima 19 egzona i da je dug oko 98 kb. Correa, R. G., Krajewska, M., Ware, C. F., Gerlic, M., Reed, J. C. The NLR-related protein NWD1 is associated with prostate cancer and modulates androgen receptor signaling. Oncotarget 5: 1666-1682, 2014. PubMed: 24681825

Dopunska literatura uredi

Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1996). "Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery". Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10.1101/gr.6.9.791. PMID 8889548.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
Correa RG, Ware CF, Reed JC (2014). "NLRs: Sentinels of innate immunity or cancer culprits?". Oncoscience. 1 (5): 308–9. doi:10.18632/oncoscience.44. PMC 4278305. PMID 25594025.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000188039 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000048148 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[pmid18039395-5] Stein C, Caccamo M, Laird G, Leptin M (2007). "Conservation and divergence of gene families encoding components of innate immune response systems in zebrafish". Genome Biol. 8 (11): R251. doi:10.1186/gb-2007-8-11-r251. PMC 2258186. PMID 18039395.

[6] Correa RG, Krajewska M, Ware CF, Gerlic M, Reed JC (2014). "The NLR-related protein NWD1 is associated with prostate cancer and modulates androgen receptor signaling". Oncotarget. 5 (6): 1657–1665. doi:10.18632/oncotarget.1850. PMC 4039239. PMID 24681825.

[7] Correa et al. (2014)‎‎ utvrdili su da gen NWD1 ima 19 egzona i da je dug oko 98 kb. Correa, R. G., Krajewska, M., Ware, C. F., Gerlic, M., Reed, J. C. The NLR-related protein NWD1 is associated with prostate cancer and modulates androgen receptor signaling. Oncotarget 5: 1666-1682, 2014. PubMed: 24681825

[5]

[6]

[1]

[2]

[3]

[4]

[7]