NWD1

gen koji kodira protein u vrsti Homo sapiens

NWD1, skraćenica za NACHT i WD ponavljajuči domen koji sadrži protein 1, je gen pronađen kod kičmenjaka, koji kodira protein koji sadrži domen NACHT i domen ponavljanje WD40. Prvobitno je identificiran tokom potrage za genima imunskog sistema kod zebrica, kao sekvenca koja kodira protein povezana sa APAF1; ortolozi su naknadno identificirani kod sisarskih vrsta.[5] Dosadašnji podaci ukazuju na uzročnu ulogu prekomjerne ekspresije NWD1 povezane sa tumorom, u poremećaju regulacije signalizacije androgenih receptora tokom progresije karcinoma prostate.[6]

NWD1
Identifikatori
AliasiNWD1, NACHT i WD ponavljajuči domen koji sadrži protein 1
Vanjski ID-jeviOMIM: 616250 MGI: 2442268 HomoloGene: 72261 GeneCards: NWD1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 19 (čovjek)
Hrom.Hromosom 19 (čovjek)[1]
Hromosom 19 (čovjek)
Genomska lokacija za NWD1
Genomska lokacija za NWD1
Bend19p13.11Početak16,719,847 bp[1]
Kraj16,817,963 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 8 (miš)
Hrom.Hromosom 8 (miš)[2]
Hromosom 8 (miš)
Genomska lokacija za NWD1
Genomska lokacija za NWD1
Bend8|8 B3.3Početak72,646,711 bp[2]
Kraj72,717,876 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija ATP binding
nucleotide binding
vezivanje sa RNK
Ćelijska komponenta citoplazma
citosol
U5 snRNP
precatalytic spliceosome
catalytic step 2 spliceosome
Biološki proces Prerada RNK
GO:1901313 positive regulation of gene expression
negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001007525
NM_001290355
NM_001347994

NM_001159403
NM_176940

RefSeq (bjelančevina)

NP_001007526
NP_001277284
NP_001334923

NP_795914

Lokacija (UCSC)Chr 19: 16.72 – 16.82 MbChr 8: 72.65 – 72.72 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi
1020304050
MQRGKPCRALPTLKCQTFCQRHGLMFEVVDLRWGIRNIEATDHLTTELCL
EEVDRCWKTSIGPAFVALIGDQYGPCLIPSRIDEKEWEVLRDHLTARPSD
LELVARYFQRDENAFPPTYVLQAPGTGEACEPEEATLTSVLRSGAQEARR
LGLITQEQWQHYHRSVIEWEIERSLLSSEDREQGATVFLREIQDLHKHIL
EDCALRMVDRLADGCLDADAQNLLSSLKSHITDMHPGVLKTHRLPWSRDL
VNPKNKTHACYLKELGEQFVVRANHQVLTRLRELDTAGQELAWLYQEIRH
HLWQSSEVIQTFCGRQELLARLGQQLRHDDSKQHTPLVLFGPPGIGKTAL
MCKLAEQMPRLLGHKTVTVLRLLGTSQMSSDARGLLKSICFQVCLAYGLP
LPPAQVLDAHTRVVQFFHTLLHTVSCRNFESLVLLLDAMDDLDSVRHARR
VPWLPLNCPPRVHLILSACSGALGVLDTLQRVLLDPEAYWEVKPLSGNQG
QQMIQLLLAAARRTLSPVHTDLLWASLPECGNPGRLRLAFEEARKWASFT
VPVPLATTAEEATHQLCTRLEQTHGQLLVAHVLGYIVSSRHGLSEAELKD
VLSLDDEVLQDVYRDWTPPSKELLRFPPLLWVRLRRDLGYYLARRPVDGF
TLLAIAHRQLVEVVRERYLSGSERAKRHGVLADFFSGTWSQGTKKLITLP
LVGKPLNLDRKVAPQPLWFSHTVANLRKLKELPYHLLHSGRLEELKQEVL
GSMSWISCRGISGGIEDLLDDFDLCAPHLDSPEVGLVREALQLCRPAVEL
RGMERSLLYTELLARLHFFATSHPALVGQLCQQAQSWFQLCAHPVLVPLG
GFLQPPGGPLRATLSGCHKGITAMAWGVEEKLLVIGTQDGIMAVWDMEEQ
HVIHMLTGHTGEVRCVKIFAKGTLANSASKDYTLHLWNLLSGQEKFTIWD
GGSKNPAEPQIWNLHVDEAHKVVYSASGSKINAWNLETAEPVFHILGDAS
DPWMCMAVLASQATLLTVSRDGVVSLWSSATGKLQGKQHMSSIKEETPTC
AVSVQKQGKLVTGFSNGSISLVSSKGDRLLEKLPDAVRFLVVSEDESLLA
AGFGRSVRIFLADSRGFRRFMAMDLEHEDMVETAVFGTENNLIITGSLDA
LIQVWSLSEQGTLLDILEGVGAPVSLLARGGALVASASPQSSSFKVWDLS
DAHRSRVPAPFLDRTGLTAVSHNGSYVYFPKIGDKNKVTIWDLAEGEEQD
SLDTSSEIRCLEVAEQRKLLFTGLVSGVVLVFPLNSRQDVICIPPPEARK
AINCMSLSKCEDRLAIAYDNIVLVLDITSGDPCPVIDGPRYTFYTQLPET
LSSVAILTDYRVVYSMTNGDLFLYECATSKAFPLETHRSRVACVEVSHKE
QLVVSGSEDALLCLWDLQARKWKFEMSYTSSYCRGVQCACFSKDDKYVYV
GLKDRSILVWSVLDGTLLTVQFVHAVVNRIIPTTSGFIAPTRHGYLIREN
FQCLSAKASPQDPLKNFKKAMWMVKSRQREELVAAAGAPQDLESESAQGN
ETKSNKCSQVCLIV
Simboli

Kloniranje i ekspresija

uredi

‎Correa et al. (2014)‎‎ naveli su da NWD1 protein sadrži 1.358 aminokiselina i ima izračunatu molekulsku masu od 150,8 kD. NWD1 ima N-terminalni WD ponavljajući domen od oko 40 aminokiselina, zatim NACHT domen, prostorni region, 10 tandemskih WD ponavljanja, drugi razmaknik, dva dodatna WD ponavljanja, i kratak C-terminalni rep. Kvantitativnom PCR analizom otkrivena je NWD1 ekspresija u većini od 48 ispitanih ljudskih tkiva, sa najsnažnijim ispoljavanjem u prostati, a slijede sjemenici, mrežnjača, dušnik, očni živac, hipofiza i pluća. Epitopno označeni NWD1 eksprimiran je u citosolu transfektiranih ćelija HEK293T. ‎

‎==Funkcija‎‎ ‎‎ ‎‎gena==

‎Correa et al. (2014)‎‎ identificirali su obogaćivanje lokusa SRY u promotorskoj regiji gena NWD1. PCR analiza je pokazala indukciju ekspresije NWD1 u transficiranim HEK293T i PPC-1 ćelijama prostatskog karcinoma iz SRY i povezanog transkripcijskog faktora SOX9 ‎. Nokautiranje NWD1 ekspresije putem lentivirusnog gena koji utišavajući dramatično smanjuje održivost u androgeno-responzivnim ćelijama LNCaP-a raka prostate. Utišavanje NWD1 u ćelijama LNCaP abrogiralo je aktivnost virusa zavisnih od androgena. Utišavanje NWD1 je također smanjilo i ekspresiju PDEF-a (SPDEF‎) u nekoliko linija ljudskih ćelija i možda je imalo manji efekt u smanjenju aktivacije NF-kappa-B. Ekspresija NWD1 je povišen tokom patogeneze ili progresije raka prostate.[7]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000188039 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000048148 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Stein C, Caccamo M, Laird G, Leptin M (2007). "Conservation and divergence of gene families encoding components of innate immune response systems in zebrafish". Genome Biol. 8 (11): R251. doi:10.1186/gb-2007-8-11-r251. PMC 2258186. PMID 18039395.
  6. ^ Correa RG, Krajewska M, Ware CF, Gerlic M, Reed JC (2014). "The NLR-related protein NWD1 is associated with prostate cancer and modulates androgen receptor signaling". Oncotarget. 5 (6): 1657–1665. doi:10.18632/oncotarget.1850. PMC 4039239. PMID 24681825.
  7. ^ Correa et al. (2014)‎‎ utvrdili su da gen NWD1 ima 19 egzona i da je dug oko 98 kb. Correa, R. G., Krajewska, M., Ware, C. F., Gerlic, M., Reed, J. C. The NLR-related protein NWD1 is associated with prostate cancer and modulates androgen receptor signaling. Oncotarget 5: 1666-1682, 2014. PubMed: 24681825

Dopunska literatura

uredi