NBPF16

NBPF16
Identifikatori
Aliasi	NBPF15
Vanjski ID-jevi	OMIM: 610414, 614005 HomoloGene: 41035 GeneCards: NBPF15
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 1 (čovjek)
Kraj	144,461,674 bp
Ortolozi
	284565
	n/a
	ENSG00000266338
	n/a
	Q8N660
	n/a
	NM_001102663; NM_001170755; NM_173638
	n/a
	NP_001164226; NP_775909
	n/a
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Član 15 porodice prelomne tačne neuroblastoma, znan i kao NBPF15, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom NBPF15 sa hromosoma 1, sekvenca 1q21.1.^[3] Gen je dug 18.762 bp, sa iRNK od 3837 bp. Predviđa se da je njegova subćelijska lokacija u jedru i citopćazmi.^[4] Sadrži ono što je poznato kao NBPF- ponavljanje, što je dvoegzonsi dio sekvence koji je karakterističan za svih člana 21porodice NBPF gena. Ponavljanje se smatra egzomima predaka, a porodica NBPF povezana je s evolucijom primata.^[5]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je aminokiselina, a molekulska težina 77 563 Da.^[6]

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MVVSAGPLSS	EKAEMNILEI	NEKLRPQLAE	KKQQFRNLKE	KCFLTQLAGF
LANRQKKYKY	EECKDLIKFM	LRNERQFKEE	KLAEQLKQAE	ELRQYKVLVH
AQERELTQLR	EKLREGRDAS	RSLNEHLQAL	LTPDEPDKSQ	GQDLQEQLAE
GCRLTQHLVQ	KLSPENDNDD	DEDVQVEVAE	KVQKSSAPRE	MQKAEEKEVP
EDSLEECAIT	CSNSHGPYDS	NQPHKKTKIT	FEEDKVDSTL	IGSSSHVEWE
DAVHIIPENE	SDDEEEEEKG	PVSPRNLQES	EEEEVPQESW	DEGYSTLSIP
PEMLASYQSY	SSTFHSLEEQ	QVCMAVDIGR	HRWDQVKKED	QEATGPRLSR
ELLDEKEPEV	LQDSLDRCYS	TPSGCLELTD	SCQPYRSAFY	VLEQQRVGLA
IDMDEIEKYQ	EVEEDQDPSC	PRLSRELLDE	KEPEVLQDSL	DRCYSTPSDY
LELPDLGQPY	SSAVYSLEEQ	YLGLALDVDR	IKKDQEEEED	QGPPCPRLSR
ELLEVVEPEV	LQDSLDRCYS	TPSSCLEQPD	SCQPYGSSFY	ALEEKHVGFS
LDVGEIEKKG	KGKKRRGRRS	KKKRRRGRKE	GEDDNPPCPR	LYGVLMEVEE
PEVLQDSLDR	CYSTPSMYFE	QPDSFQHYRS	VFYSFEEEHI	SFALYVDNRF
FTLTVTSLHL	VFQMGVIFPQ

Struktura

Protein se sastoji od 670 aminokiselina. Gen sadrži pet domena nepoznate funkcije, zvanih DUF1220. DUF1220 domeni nalaze se u svim članovima NBPF porodice gena, iako se broj razlikuje između svakog člana. Repetitivna struktura sa visokom konzerviranošću međugenskih i unutasrgenskih sekvenci, kako u kodirajućim tako i u nekodirajućim regijama. Omogućava da se homologna rekombinacija lahko dogodi između različitih alela. Smatra se da je repetitivnost, kao i kod ostalih članova porodice gena NBPF, proizašla iz segmentnih duplikacija na hromosomu 1.^[5]

Predvuđena svojstva

Svojstva NBPF16 koja su predviđena pomoću bioinformatičkih alata:

Molekulska težina: 76 kD^[7]
Izoelektrična tačka: 4,43^[8]
Posttranslacijske modifikacije: nijedna nije predviđena.
Nema predviđenog signalnog peptida ili mjesta cijepanja signalnog peptida.^[9]
Nema interakcijskih proteina ili partnera za vezivanje.

Ekspresija

Nema dostupnih podataka o ekspresiji gena ili ih uopće nema, ali većina indikacija ukazuje na to da je on sveprisutno eksprimiran u cijelom tijelu.

Funkcija

Funkcija NBPF16 nije u potpunosti shvaćena. On je član NBPF porodice proteina, koji su povezani sa mogućim ulogama u onkogenezi i gena suprfesije tumora.^[5]

Homologija

Ortolozi

Izvan primata, e postoje veliki ortolozi. Ovi ortolozi prikupljeni su iz BLAT-a.^[10] and BLAST searches^[11]

Rod i vrsta	Uobičajeno ime	Identitet sekvence	Sličnost sekvence	Dužina (AA)
Homo sapiens	Čovjek	100%	100%	670
Pan troglodytes	Čimpanza	90%	92%	509
Macaca mulatta	Rezus-makak	57%	68%	620
Gallus gallus	Kokoš	36%	54%	1394
Rattus norvegicus	Smeđi pacov	34%	67%	2324
Bos taurus	Govedo	34%	50%	816
Xenopus laevis	Afrička kandžasta žaba	33%	52%	728
Mus musculus	Kućni miš	32%	55%	2446

Paralozi

Budući da postoji 21 drugi član porodice NBPF gena, postoji 21 paralog NBPF16. Svi pokazuju visoku konzerviranost i repetitivne strukture.

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000266338 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Entrez Gene: NBPF16 neuroblastoma breakpoint family, member 16". Pristupljeno 13. 5. 2009.
^ "SDSC Biology Workbench". San Diego Supercomputer Center. Pristupljeno 13. 5. 2009.
^ ^a ^b ^c Vandepoele K, Van Roy N, Staes K, Speleman F, van Roy F (august 2005). "A novel gene family NBPF: intricate structure generated by gene duplications during primate evolution". Molecular Biology and Evolution. 22 (11): 2265–2274. doi:10.1093/molbev/msi222. PMID 16079250.
^ "UniProt, Q8N660" (jezik: engleski). Pristupljeno 14. 12. 2021.
^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (mart 1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS...89.2002B. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
^ "PI Program (Isoelectric Point Prediction)". Arhivirano s originala, 26. 10. 2008.
^ Bendtsen JD, Nielsen H, von Heijne G, Brunak S (juli 2004). "Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0". Journal of Molecular Biology. 340 (4): 783–95. CiteSeerX 10.1.1.165.2784. doi:10.1016/j.jmb.2004.05.028. PMID 15223320.
^ "BLAT Search Genome". Pristupljeno 13. 5. 2009.
^ "BLAST". Pristupljeno 13. 5. 2009.

Dopunska literatura

August 2006, Ker Than 31 (31. 8. 2006). "Brain Gene May Help Make Us Human". livescience.com (jezik: engleski). Pristupljeno 23. 4. 2020.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000266338 - Ensembl, maj 2017

[2] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-3] "Entrez Gene: NBPF16 neuroblastoma breakpoint family, member 16". Pristupljeno 13. 5. 2009.

[urlSDSC_Biology_Workbench-4] "SDSC Biology Workbench". San Diego Supercomputer Center. Pristupljeno 13. 5. 2009.

[Vande-5] Vandepoele K, Van Roy N, Staes K, Speleman F, van Roy F (august 2005). "A novel gene family NBPF: intricate structure generated by gene duplications during primate evolution". Molecular Biology and Evolution. 22 (11): 2265–2274. doi:10.1093/molbev/msi222. PMID 16079250.

[UniProt-6] "UniProt, Q8N660" (jezik: engleski). Pristupljeno 14. 12. 2021.

[SAPS-7] Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (mart 1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS...89.2002B. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.

[PI-8] "PI Program (Isoelectric Point Prediction)". Arhivirano s originala, 26. 10. 2008.

[SignalP-9] Bendtsen JD, Nielsen H, von Heijne G, Brunak S (juli 2004). "Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0". Journal of Molecular Biology. 340 (4): 783–95. CiteSeerX 10.1.1.165.2784. doi:10.1016/j.jmb.2004.05.028. PMID 15223320.

[BLAT-10] "BLAT Search Genome". Pristupljeno 13. 5. 2009.

[BLAST-11] "BLAST". Pristupljeno 13. 5. 2009.

[3]

[4]

[5]

[1]

[2]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]