NACHT domen
NACHT domen je evolucijski konzervirani proteinski domen. Ovaj NTPazni domen nalazi se u apoptoznim proteinima kao i u onima koji su uključeni u transkripciju MHC.[1] Njegovo ime odražava neke od proteina koji ga sadrže: NAIP (apoptoza porodice NLP inhibitor proteina), CIITA (tj. C2TA ili aktivator transkripcije MHC klase II), HET-E (protein lokusa nekompatibilnosti iz Podospora anserina) i TEP1 (tj. TP1 ili protein povezan s telomerazom).
| NACHT domen | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||
| Simbol | NACHT | ||||||||
| Pfam | PF05729 | ||||||||
| InterPro | IPR007111 | ||||||||
| PROSITE | PS50837 | ||||||||
| |||||||||
NACHT domen sadrži 300 do 400 aminokiselina. To je predviđeni nukleozid-tifosfatazni (NTPazni) domen, koji se nalazi u životinjskim, gljivičnim i bakterijskim proteinima. Nalazi se u vezi sa drugim domenima, kao što su CARD domen (InterPro: IPR001315), pirinski domen (InterPro: IPR004020), domen HEAT ponavljanja (InterPro: IPR004155), WD40 ponavljanje (InterPro: IPR001680), ponavljanje bogato leucinom (LRR) ili BIR ponavljanje (InterPro: IPR001370).[1]
NACHT domen se sastoji od sedam različitih konzerviranih motiva, uključujući P-petlju specifičnu za ATP/GTPazu, Mg2+-vezno mjesto (Walkeovir A i B motivi) i još pet specifičnih motiva. Jedinstvene karakteristike NACHT domena uključuju prevalenciju 'sićušnih' ostataka (glicin, [[alanin ili serin) direktno C-terminalnog aspartata koji koordinira Mg2+ u Walkerovom B motivu, umjesto drugog kiselog ostatka koji prevladava u drugim NTPazama. Drugi kiseli ostatak se tipski nalazi u proteinima koji sadrže dva NACHT položaja nizvodno. Nadalje, distalni motiv VII sadrži konzervirani obrazac polarnih, aromatskih i hidrofobnih ostataka koji se ne vidi ni u jednoj drugoj porodici NTPaza.[1]
Primjeri
urediLjudski proteini koji sadrže ovaj domen uključuju::
Reference
uredi- ^ a b c Koonin EV, Aravind L (maj 2000). "The NACHT family - a new group of predicted NTPases implicated in apoptosis and MHC transcription activation". Trends in Biochemical Sciences. 25 (5): 223–4. doi:10.1016/S0968-0004(00)01577-2. PMID 10782090.