LACTB2

LACTB2
Dostupne strukture
PDB	Pretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova
	4AD9
Identifikatori
Aliasi	LACTB2
Vanjski ID-jevi	MGI: 2442551 HomoloGene: 9349 GeneCards: LACTB2
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 8 (čovjek)
Kraj	70,669,185 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 1 (miš)
Kraj	13,730,770 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• vezivanje iona metala; • hydrolase activity; • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • nuclease activity; • endoribonuclease activity; • vezivanje sa RNK; • vezivanje iona cinka; • single-stranded RNA binding; • endonuclease activity;
Ćelijska komponenta	• mitohondrija; • mitochondrial matrix;
Biološki proces	• RNA phosphodiester bond hydrolysis, endonucleolytic;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	51110
	212442
	ENSG00000147592
	ENSMUSG00000025937
	Q53H82
	Q99KR3
	NM_016027
	NM_145381
	NP_057111
	NP_663356
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Laktamaza beta 2 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom LACTB2.^[5]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 288 aminokiselina, а molekulska težina 32.806 Da.^[6]

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MAAVLQRVER	LSNRVVRVLG	CNPGPMTLQG	TNTYLVGTGP	RRILIDTGEP
AIPEYISCLK	QALTEFNTAI	QEIVVTHWHR	DHSGGIGDIC	KSINNDTTYC
IKKLPRNPQR	EEIIGNGEQQ	YVYLKDGDVI	KTEGATLRVL	YTPGHTDDHM
ALLLEEENAI	FSGDCILGEG	TTVFEDLYDY	MNSLKELLKI	KADIIYPGHG
PVIHNAEAKI	QQYISHRNIR	EQQILTLFRE	NFEKSFTVME	LVKIIYKNTP
ENLHEMAKHN	LLLHLKKLEK	EGKIFSNTDP	DKKWKAHL

Struktura

LACTB2 se nalazi na hromosomu 8, a njegova specifična lokacija je 8q13.3; sadrži sedam egzona.^[5]

Protein LACTB2 [1] ima nabor metalo β-laktamaze (MBL), s dva iona cinka na aktivnom mjestu.

Funkcija

Metalo beta-laktamaze su prvi put identificirane u bakterijama; nekim sojevima daju rezistenciju na antibiotike, razgradnjom beta-laktamskih antibiotika (poput penicilina). Međutim, porodica proteina uključuje mnoge članove koji su ribonukleaze (RNaze), dezoksiribonukleaze (Dnkaze) i drugi metabolički enzimi ^[7] MBL-ribonukleaze odgovorne su za obradu RNK, stvarajući 3' kraj tRNK, (RNaza Z^[8]) molekula eukariotske iRNK (CPSF-73) i snRNK.^[9] LACTB2 je mitohondrijska endoribonukleaza koja može imati ulogu u razgradnji mitohondrijske iRNK.^[10]

Klinički značaj

Tumor-specifična fuzija LACTB2-NCOA2 koja potiče od unutarhromosomskog preslagivanja hromosoma 8 identificirana je na nivou DNK i RNK. Za razliku od konvencijskih onkogenih himernih proteina, fuzijskom proizvodu nedostaje funkcionalni domen iz odgovarajućih gena, što ukazuje na amorfnu reorganizaciju. Ovaj himerični transkript LACTB2-NCOA2 otkriven je u 6 od 99 (6,1%) slučajeva kolorektumskog karcinoma (CRC), gdje je NCOA2 bio značajno snižen. Prisilna ekspresija NCOA2 divljeg tipa, ali ne i fuzijskog proteina LACTB2-NCOA2, narušila je protivmorigenske fenotipove CRC ćelija, dok je nokdauiranje endogenog NCOA2 u normalnim kolonocitima imalo suprotne učinke. Mehanički, NCOA2 je inhibirao signalizaciju Wnt/β-katenina, putem istovremeno povećanih inhibitora i stimulatora snižavanja Wnt/β-kateninskog puta. NCOA2 je novi regulatorni gen s negativnim rastom koji potiskuje put Wnt/β-katenina u CRC-u, gdje ponavljana fuzija s LACTB2 doprinosi njegovom poremećaju.^[11]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000147592 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000025937 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ ^a ^b "Entrez Gene: Lactamase, beta 2". Pristupljeno 7. 7. 2015.
^ "UniProt, Q53H82" (jezik: engleski). Pristupljeno 19. 9. 2021.
^ Dominski Z (1. 3. 2007). "Nucleases of the metallo-beta-lactamase family and their role in DNA and RNA metabolism". Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. 42 (2): 67–93. doi:10.1080/10409230701279118. PMID 17453916. S2CID 26906168.
^ Vogel A, Schilling O, Späth B, Marchfelder A (decembar 2005). "The tRNase Z family of proteins: physiological functions, substrate specificity and structural properties". Biological Chemistry. 386 (12): 1253–64. doi:10.1515/BC.2005.142. PMID 16336119. S2CID 22522356.
^ Albrecht TR, Wagner EJ (mart 2012). "snRNA 3' end formation requires heterodimeric association of integrator subunits". Molecular and Cellular Biology. 32 (6): 1112–23. doi:10.1128/MCB.06511-11. PMC 3295014. PMID 22252320.
^ Levy S, Allerston CK, Liveanu V, Habib MR, Gileadi O, Schuster G (februar 2016). "Identification of LACTB2, a metallo-β-lactamase protein, as a human mitochondrial endoribonuclease". Nucleic Acids Research. 44 (4): 1813–32. doi:10.1093/nar/gkw050. PMC 4770246. PMID 26826708.
^ Yu J, Wu WK, Liang Q, Zhang N, He J, Li X, Zhang X, Xu L, Chan MT, Ng SS, Sung JJ (januar 2016). "Disruption of NCOA2 by recurrent fusion with LACTB2 in colorectal cancer". Oncogene. 35 (2): 187–95. doi:10.1038/onc.2015.72. PMC 4717154. PMID 25823027.

Vanjski linkovi

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000147592 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000025937 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-5] "Entrez Gene: Lactamase, beta 2". Pristupljeno 7. 7. 2015.

[UniProt-6] "UniProt, Q53H82" (jezik: engleski). Pristupljeno 19. 9. 2021.

[7] Dominski Z (1. 3. 2007). "Nucleases of the metallo-beta-lactamase family and their role in DNA and RNA metabolism". Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. 42 (2): 67–93. doi:10.1080/10409230701279118. PMID 17453916. S2CID 26906168.

[8] Vogel A, Schilling O, Späth B, Marchfelder A (decembar 2005). "The tRNase Z family of proteins: physiological functions, substrate specificity and structural properties". Biological Chemistry. 386 (12): 1253–64. doi:10.1515/BC.2005.142. PMID 16336119. S2CID 22522356.

[9] Albrecht TR, Wagner EJ (mart 2012). "snRNA 3' end formation requires heterodimeric association of integrator subunits". Molecular and Cellular Biology. 32 (6): 1112–23. doi:10.1128/MCB.06511-11. PMC 3295014. PMID 22252320.

[10] Levy S, Allerston CK, Liveanu V, Habib MR, Gileadi O, Schuster G (februar 2016). "Identification of LACTB2, a metallo-β-lactamase protein, as a human mitochondrial endoribonuclease". Nucleic Acids Research. 44 (4): 1813–32. doi:10.1093/nar/gkw050. PMC 4770246. PMID 26826708.

[11] Yu J, Wu WK, Liang Q, Zhang N, He J, Li X, Zhang X, Xu L, Chan MT, Ng SS, Sung JJ (januar 2016). "Disruption of NCOA2 by recurrent fusion with LACTB2 in colorectal cancer". Oncogene. 35 (2): 187–95. doi:10.1038/onc.2015.72. PMC 4717154. PMID 25823027.

[5]

[1]

[2]

[3]

[4]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]