KIAA1257 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom KIAA1257 sa hromosoma 3. Pokazalo se da KIAA1257 učestvuje u aktivaciji gena uključenih u određivanje spola.[3]

KIAA1257
Identifikatori
AliasiCFAP92
Vanjski ID-jeviHomoloGene: 131623 GeneCards: CFAP92
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 3 (čovjek)
Hrom.Hromosom 3 (čovjek)[1]
Hromosom 3 (čovjek)
Genomska lokacija za KIAA1257
Genomska lokacija za KIAA1257
Bend3q21.3Početak128,909,866 bp[1]
Kraj129,002,690 bp[1]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_020741
NM_001348520
NM_001348521
NM_001348522
NM_001348523

NM_001394090

n/a

RefSeq (bjelančevina)

NP_065792
NP_001335449
NP_001335450
NP_001335451
NP_001335452

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 3: 128.91 – 129 Mbn/a
PubMed pretraga[2]n/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 409 aminokiselina, а molekulska težina 46.740 Da.[4]

1020304050
MSLHAWEWEEDPASIEPISSITSFYQSTSECDVEEHLKAKARAQESDSDR
PCSSIESSSEPASTFSSDVPHVVPCKFTISLAFPVNMGQKGKYASLIEKY
KKHPKTDSSVTKMRRFYHIEYFLLPDDEEPKKVDILLFPMVAKVFLESGV
KTVKPWHEGDKAWVSWEQTFNITVTKELLKKINFHKITLRLWNTKDKMSR
KVRYYRLKTAGFTDDVGAFHKSEVRHLVLNQRKLSEQGIENTNIVREESN
QEHPPGKQEKTEKHPKSLQGSHQAEPETSSKNSEEYEKSLKMDDSSTIQW
SVSRTPTISLAGASMMEIKELIESESLSSLTNILDRQRSQIKGKDSEGRR
KIQRRHKKPLAEEEADPTLTGPRKQSAFSIQLAVMPLLAGTHCLPCSQQL
LLVLWPERP

Kod ljudi gen KIAA1257 nalazi se na hromosomakoj regiji 3q21.3. Proteže se na 122 kD (kBp) i sadrži 22 egzona. Okružen je genom za proteino srodan Ras Rab-43 Arhivirano 6. 6. 2015. na Wayback Machine i nekoliko pseudogena i na suprotnom lancu Acyl CoA dehidrogenaze član porodice 9 (ACAD9) i EF-šaka i domen upredene zavojnice 1 (EFCC1).

 
Genski lokus KIAA1257

Transkripti

uredi

Egzoni KIAA1257 su alternativna prerada|alternativno prerađeni]] u 17 različitih izoformi (tabela 1). Izoforma X1 kodira najduži proteinski proizvod, a izoforma X4 je najčešća prevedena varijanta. I 5' UTR i 3' UTR]] su sposobni da formiraju strukture petlje drške koje bi mogle poslužiti kao mjesto vezanja za proteine koji se vezuju za RNK.[5]

Tabela 1
Izoforma Dužina (bp)
X1 8645
X2 8641
X3 8218
X4 8612
X5 8370
X6 8190
X7 3524
X8 3428
X9 7801
X10 7685
X11 7862
X12 7809
X13 13296
X14 13401
X15 7579
X16 7585
X17 2163

Protein

uredi

Protein KIAA1257 najčešće postoji kao translacija iRNK izoforme X4, koja je samo polovina dužine proizvoda izoforme X1, iako imaju slične dužine iRNK. Izoforma proteina X1 duga je 1.179 aminokiselina, ima molekulsku težinu od 136,4 kilodaltona (kDa) i izoelektričnu tačku (pI) od 8,1.[6][7] KIAA1257 sadrži domen nepoznate funkcije (DUF) 4550 u prvoj trećini proteinske sekvence koja ima visok sadržaj lizina (15%).[8] Većina proteina postoji u nasumičnoj strukturi zavojnice, ali posljednje trećine sadrže po šest predviđenih alfa-heliksa.[9] Predvišeno je da se KIAA1257 nalazi u jedru i sadrži nekoliko jedarnih signala.[10] Sažetak ortologa KIAA1257 prikazan je ispod.

Tabela 2
Vrsta Idwntitet[11] Dužima[6] Molekulska težina[6] Izoelektrična tačka[7] Lokalizacija (pouzdanje %)[10]
Čovjek 100% 1179 136,4 8,1 Jedro (73,9%)
Čimpanza 97% 1147 131,7 8,5 Jedro (65,2%)
Pas 69% 1163 133,6 8,9 Jedro (82,6%)
Ćurka 39% 1174 132,0 8,5 Jedro (65,2%)
Pjegava riba gar 36% 1320 148,2 7,7 Jedro (73,9%)

Ekspresija i regulacija

uredi

KIAA1257 se uglavnom eksprimira u sjemenicima i jajnicima odraslih ljudi, ali ekspresija je niska u ovim tkivima. KIAA1257 je najizraženiji u najranijim fazama razvoja. Ekspresija je najveća u fazi od dvije do osam ćelija embriogeneze i počinje postepeno opadati nakon morule, a zatim formiranja blastocista.[12]

KIAA1257 ima region promotera uzvodno od 5' UTR sa nekoliko mjesta vezanja faktora transkripcije uključujući Sox11 mjesto vezivanja.[13] Sox11 je uključen u regulaciju mnogih razvojnih gena.

Klinički značaj

uredi

Pokazalo se da KIAA1257 aktivira ekspresiju jedarnih receptora potporodice 5, člana 1 grupe A (NR5A1).[14] NR5A1 je uključen u određivanje spola, a defekti u genu povezani su sa reverzijom XY spola.

Homologija

uredi

KIAA1257 se nalazi kod svih kičmenjaka osim kod hrskavičnih riba i riba bez čeljusti. KIAA1257 ortolozi kod ptica, riba i gmizavaca imaju 30-40% identiteta sa ljudima, dok sisari kao što su koze, mačke i psi imaju 60-70% identiteta, a primati imaju 85-99% identiteta.[15]

Tabela 3
Vrsta Identitet Pokriće Dužina
Čovjek 100% 100% 1179
Čimpanza 97% 99% 1147
Pas 69% 92% 1163
Prerijski jelen-miš 67% 93% 1164
Govedo 61% 75% 931
Obična verirovka 58% 53% 660
Smeđa pjegava zmija 36% 77% 1080
Nilska tilapija 34% 84% 1050

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000114656 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ "Entrez Gene: KIAA1257". Pristupljeno 2. 3. 2017.
  4. ^ "UniProt, Q9ULG3" (jezik: engleski). Pristupljeno 8. 11. 2021.
  5. ^ M. Zuker, D. H. Mathews & D. H. Turner. Algorithms and Thermodynamics for RNA Secondary Structure Prediction: A Practical Guide In RNA Biochemistry and Biotechnology, 11-43, J. Barciszewski and B. F. C. Clark, eds., NATO ASI Series, Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, NL, (1999)
  6. ^ a b c Citiranje algoritma: Brendel, V., Bucher, P., Nourbakhsh, I.R., Blaisdell, B.E. & Karlin, S. (1992) "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences" Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 2002-2006. Citiranje programa: Volker Brendel, Department of Mathematics, Stanford University, Stanford CA 94305, U.S.A., modified; any errors are due to the modification.
  7. ^ a b Program Dr. Luca Toldo, razvijen na http://www.embl-heidelberg.de. Promijenio Bjoerna Kindler za štampanje i najniže pronađene neto naknade. Dostupno na EMBL WWW Gateway zo Isoelectric Point Service {{cite web |url=http://www.embl-heidelberg.de/cgi/pi-wrapper.pl |title=Archived copy |access-date=10. 5. 2014 |url-status=dead |archive-url=https://web.archive.org/web/20081026062821/http://www.embl-heidelberg.de/cgi/pi-wrapper.pl |archive-date=26. 10. 2008 }}
  8. ^ Greška kod citiranja: Nevaljana oznaka <ref>; nije naveden tekst za reference s imenom : 0
  9. ^ A. W. Burgess and P. K. Ponnuswamy and H. A. Sheraga, Analysis of conformations of amino acid residues and prediction of backbone topography in proteins, Israel J. Chem., p239-286, 1974, vol12.
  10. ^ a b Psort II
  11. ^ Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. & Lipman, D.J. (1990) "Basic local alignment search tool." J. Mol. Biol. 215:403-410
  12. ^ NCBI geo profiles GDS3959 / 1554852_a_at
  13. ^ "KIAA1257 promoter analysis".[mrtav link]
  14. ^ Noriko Sakai et al., Identification of NR5A1 (SF-1/AD4BP) gene expression modulators by large-scale gain and loss of function studies. J Endocrinol 198 (3) 489-497, doi: 10.1677/JOE-08-0027 First published online 25 June 2008
  15. ^ Citiranje algoritma: E. W. Myers and W. Miller, (1989) CABIOS 4:11-17. W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448. W. R. Pearson (1990) "Rapid and Sensitive Sequence Comparison with FASTP and FASTA" Methods in Enzymology 183:63-98). Citiranje programa: © 1997 by William R. Pearson and the University of Virginia (This is from distribution "fasta20u66", version 2.0u66, Sep., 1998, sale or incorporation into a commercial product expressly forbidden without permission).

Dopunska literatura

uredi