Wikipedia

CCDC186

CCDC186 je protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC186.[5] Gen CCDC186 je poznat i kao CTCL – tumor povezan antigenima, sa pristupnim brojem NM_018017.[6]

CCDC186
Identifikatori
AliasiCCDC186
Vanjski ID-jeviMGI: 2445022 HomoloGene: 9963 GeneCards: CCDC186
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 10 (čovjek)
Hrom.Hromosom 10 (čovjek)[1]
Hromosom 10 (čovjek)
Genomska lokacija za CCDC186
Genomska lokacija za CCDC186
Bend10q25.3Početak114,120,862 bp[1]
Kraj114,174,232 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 19 (miš)
Hrom.Hromosom 19 (miš)[2]
Hromosom 19 (miš)
Genomska lokacija za CCDC186
Genomska lokacija za CCDC186
Bend19|19 D2Početak56,775,913 bp[2]
Kraj56,810,622 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

55088

213993

Ensembl

ENSG00000165813

ENSMUSG00000035173

UniProt

Q7Z3E2

Q8C9S4

RefSeq (mRNK)

NM_018017
NM_001321829
NM_153249

NM_170757

RefSeq (bjelančevina)

NP_001308758
NP_060487
NP_694981

NP_739563

Lokacija (UCSC)Chr 10: 114.12 – 114.17 MbChr 19: 56.78 – 56.81 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 898 aminokiselina, a molekulska težina 103 687[7]

1020304050
MSETDHIASTSSDKNVGKTPELKEDSCNLFSGNESSKLENESKLLSLNTD
KTLCQPNEHNNRIEAQENYIPDHGGGEDSCAKTDTGSENSEQIANFPSGN
FAKHISKTNETEQKVTQILVELRSSTFPESANEKTYSESPYDTDCTKKFI
SKIKSVSASEDLLEEIESELLSTEFAEHRVPNGMNKGEHALVLFEKCVQD
KYLQQEHIIKKLIKENKKHQELFVDICSEKDNLREELKKRTETEKQHMNT
IKQLESRIEELNKEVKASRDQLIAQDVTAKNAVQQLHKEMAQRMEQANKK
CEEARQEKEAMVMKYVRGEKESLDLRKEKETLEKKLRDANKELEKNTNKI
KQLSQEKGRLHQLYETKEGETTRLIREIDKLKEDINSHVIKVKWAQNKLK
AEMDSHKETKDKLKETTTKLTQAKEEADQIRKNCQDMIKTYQESEEIKSN
ELDAKLRVTKGELEKQMQEKSDQLEMHHAKIKELEDLKRTFKEGMDELRT
LRTKVKCLEDERLRTEDELSKYKEIINRQKAEIQNLLDKVKTADQLQEQL
QRGKQEIENLKEEVESLNSLINDLQKDIEGSRKRESELLLFTERLTSKNA
QLQSESNSLQSQFDKVSCSESQLQSQCEQMKQTNINLESRLLKEEELRKE
EVQTLQAELACRQTEVKALSTQVEELKDELVTQRRKHASSIKDLTKQLQQ
ARRKLDQVESGSYDKEVSSMGSRSSSSGSLNARSSAEDRSPENTGSSVAV
DNFPQVDKAMLIERIVRLQKAHARKNEKIEFMEDHIKQLVEEIRKKTKII
QSYILREESGTLSSEASDFNKVHLSRRGGIMASLYTSHPADNGLTLELSL
EINRKLQAVLEDTLLKNITLKENLQTLGTEIERLIKHQHELEQRTKKT
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Gen

uredi

Lokacija

uredi

CCDC186 ima hromosomsku lokaciju 10q25.3 i veličine je 53.750 baza orijentiranih na minus lanac. PSORTII protein k - NN predviđanje je pokazalo da je C10orf118 65,2% vremena jedarni, 17,4% citosolni, 8,7% mitohondrijski, 4,3% sekretornog sistema vezikula i 4,3% endoplazmatskoretikulumski.[8]

Ekspresija

uredi
Datoteka:C10orf118 Tissue Expression.png
Tkivni profil ekspresije CCDC186, prema NCBI GEO.[9]

Analiza ekspresije gena kod ljudi i drugih vrsta ukazuje da je C10orf118 sveprisutno izražen u svim tipovima tkiva u različitim razvojnim fazama. EST profil iz NCBI-a pokazao je najveću ekspresiju u ćelijskim linijama koštane srži, bubrega i prostate. Podjela prema zdravstvenom stanju ukazuje na visoku ekspresiju C10orf118 u karcinomu mjehura i karcinomu prostate.[10]

Protein

uredi

Opća svojstva

uredi

Protein CCDC186 (NP_060487) je dug 898 aminokiselina. Predviđena molekulska težina je 103,7 kdal, a izoelektrična tačka 5,92.[11]

Kompozicija

uredi

Serin/treonin specifična protein-kinazna regija je zapažena sa aminokiselinama 710-747. Kompozicijska analiza otkrila je da je C10orf118 prolinski (1,1%) siromašan, bogat glutamatom (14,1%) i lizinom (12,0%) .[12]

Interakcije

uredi

Utvrđeno je da CCDC186 protein stupa u interakciju s proteinima PLEKAH5, Ezrom, GAMMAHV.ORF23 i SMAD3.[13][14]

Homologija

uredi

Ortologne sekvence CCDC186 nisu pronađene u bakterijama, arhejama, protistima ili biljkama. CCDC186 nema ljudskih paraloga. Datiranje divergencije za ortologne sekvence u velikoj je korelaciji sa sličnošću sekvenci, po tome što se postotak identiteta smanjuje kako se vraća kroz vrijeme. Blisko povezani ortolozi uključuju sisare i ptice a umjereno povezani ortolozi uključuju i druge kičmenjake, kao što su ribe, gmizavci i vodozemci. Ortologne sekvence n koje se međusobno vezuju prvenstveno se opažaju u beskičmenjaka.[11][15]

Broj sekvence Rod i vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (prije miliona godina) Pristupni broj Dužina sekvence Identitet sekvence Sličnost sekvence E-vrijednost
1 Homo sapiens C10orf118 0 NM_018017 898 aa 100% 100% 0%
2 Nomascus leucogenys Sjeverni bijeloobrazni gibon 19,9 XP_003255542 898 aa 98% 98% 0%
3 Chinchilla lanigera Dugoreoa činčila 90,9 XP_013371303 906 aa 90% 94% 0%
4 Mus musculus Kućni miš 90,9 NP_739563 917 aa 84% 91% 0%
5 Tursiops truncatus Bocoliki delfin 97,5 XP_004318425 599 aa 60% 68% 0%
6 Loxodonta africana Afrički žbunasti slon 105 XP_010596062 805 aa 90% 91% 0%
7 Egretta garzetta Mala čaplja 320,5 XP_009634185 914 aa 75% 83% 0%
9 Chelonia mydas Zelena morska kornjača 320,5 XP_007056391 920 aa 76% 83% 0%
10 Xenopus tropicalis Zapadna kandžasta žaba 355,7 XP_004919435 878 aa 71% 83% 0%
11 Astyanax mexicanus Meksička tetra 429,6 XP_007259323 987 aa 71% 82% 5,00E-09
12 Oryzias latipes Japanska rižasta riba 429,6 XP_011486278 991 aa 58% 71% 0%
13 Callorhinchus milii Australijska ajkula-duh 482,9 XP_007903851 931 aa 65% 79% 0%
14 Strongylocentrotus purpuratus Morski jež 747,8 XP_011675415 884 aa 39% 58% 7,00E-84
15 Octopus bimaculoides Kalifornijski dvopjegasti oktupus 847 XP_014782587 1221 aa 42% 60% 3,00E-127
16 Aplysiomorpha Morski zec 847 Nije nađeno u BLAST-u 1384 aa 42% 63% 3,00E-145
17 Orussus abietinus Osa 847 XP_012288999 1057 aa 36% 55% 5,00E-100
18 Atta cephalotes Mrav listosjekač 847 XP_012054311 1154 aa 35% 55% 9,00E-93
19 Helobdella robusta Pijavica 847 ESO07814 997 aa 29% 47% 1,00E-50
20 Caenorhabditis elegans Nematoda 847 NP_871700 743 aa 26% 34% 1,00E-25
21 Trichoplax adhaerens N/A 936 EDV25816 976 aa 26% 46% 2,00E-11

Motivi

uredi
Motivba informacija[16] Položaj(i)
Mjesto N-glikozilacije 33-36, 40-43, 109-112, 867-870
Fosforilacijsko mjesto ovisno o cAMP- i cGMP protein-kinazi 238-241, 583-586, 794-797
Fosforilacijsko mjesto kazein-kinaze II 2-5, 10-13, 31-34, 36-39, 126-129, 130-133, 135-138, 139-142, 157-160, 228-231, 241-244, 256-259, 405-408, 440-443, 459-462, 490-493, 515-518, 611-614, 617-620, 625-628, 671-674, 690-693, 734-737, 869-872, 879-882
Obrazac leucinskog zatvarača 588-609, 870-891
Mjesto N-miristoilacije 32-37, 75-80, 86-91, 183-188, 721-726, 728-733, 745-750, 810-815, 828-833
Fosforilacijsko mjesto protein-kinaze C 12-14, 35-37, 49-51, 146-148, 228-230, 243-245, 250-252, 278-280, 347-349, 371-373, 405-407, 417-419, 490-492, 500-502, 581-583, 592-594, 596-598, 682-684, 690-692, 825-827, 869-871, 895-897
Fosforilacijsko mjesto tirozin-kinaze 134-141, 514-522
Culen porodični profil 443-552
K-Boksni domenski profil 526-619
Nebulin onavljajući profil 521-531
Serinom bogata regija 710-747
Profil Rad50 domena cinkove kuke 460-562
ATP-sintaza B/B' CF(0) 405-433
C-terminalni domen alfa-2-makroglobulin RAP 524-705
Tropomiozin 334-577

Posttranslacijske modifikacije

uredi

Predviđa se da će CCDC186 proći kroz više posttranslacijskih modifikacija, uključujući predviđeno vezivanje O-beta-GlcNAc, fosforilaciju, jedarni eksportni signal, glikaciju lizina, GlcNAc O-glikozilaciju, N-glikozilaciju i mjesto lokacije NetCorona.[17]

Klinički značaj

uredi

Prethodna istraživanja pokazuju da je otvoreni okvir čitanja C10orf118 povezan s kožnim T-ćelijskim limfomomskim tumorskim antigenom L14-2.[18] The protein CCDC186 is also found at higher than normal levels in the breast cancer cell line BC 8701.[19]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000165813 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035173 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Oduru S, Campbell JL, Karri S, Hendry WJ, Khan SA, Williams SC (juni 2003). "Gene discovery in the hamster: a comparative genomics approach for gene annotation by sequencing of hamster testis cDNAs". BMC Genomics. 4 (1): 22. doi:10.1186/1471-2164-4-22. PMC 161800. PMID 12783626.
  6. ^ "Entrez Gene: C10orf118 chromosome 10 open reading frame 118".
  7. ^ "UniProt, Q7Z3E2". Pristupljeno 30. 8. 2021.
  8. ^ "PSORT II Prediction". psort.hgc.jp. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  9. ^ geo. "Home - GEO - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2016.
  10. ^ "Home - UniGene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  11. ^ a b "SDSC Biology Workbench". seqtool.sdsc.edu. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  12. ^ Greška kod citiranja: Nevaljana oznaka <ref>; nije naveden tekst za reference s imenom : 1
  13. ^ "* in Literature citations". www.uniprot.org. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  14. ^ https://www.uniprot.org/uniprot/Q7Z3E2
  15. ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  16. ^ "Motif Scan". myhits.isb-sib.ch. Pristupljeno 8. 5. 2016.
  17. ^ "Welcome to CBS". www.cbs.dtu.dk. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  18. ^ de la Peña M, García-Robles I (septembar 2010). "Intronic hammerhead ribozymes are ultraconserved in the human genome". EMBO Reports. 11 (9): 711–6. doi:10.1038/embor.2010.100. PMC 2933863. PMID 20651741.
  19. ^ D’Angelo, M. L. (2013). "Identification of the "Uncharacterized Protein C10orf118" in Breast Cancer Cells and Its Role on the Hyaluronan Metabolism". Matrix Pathobiology, Signaling and Molecular Targets.

Dopunska literatura

uredi
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=CCDC186&oldid=3511740"