CARKD
Domen ugljikohidratne kinaze koji sadrži protein (skraćeno CARKD), kodiran genom CARKD, je ljudski protein nepoznate funkcije. Gen CARKD kodira proteine s predviđenim mitohondrijskim propeptidom (mCARKD), signalnim peptidom (spCARKD) ili niti jednim od njih (cCARKD). Analiza konfokusne mikroskopije transficiranih CHO (jajnika kineskog hrčka) pokazala je da cCARKD ostaje u citosolu, dok su mCARKD i spCARKD usmjereni na mitohondrije i endoplazmatski retikulum.[6] Protein je konzerviran u mnogim vrstama, sa predvđenim ortolozima do eukariota, bakterija i arheja.
| Karbohidratna kinaza | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Kristalografska struktura navodne kinaze ugljikohidrata Bacillus subtilis (u boji duge, N-kraj = plava, C-kraj = crvena).[5] | |||||||||||
| Identifikatori | |||||||||||
| Simbol | Carb_kinase | ||||||||||
| Pfam | PF01256 | ||||||||||
| Pfam klan | CL0118 | ||||||||||
| InterPro | IPR000631 | ||||||||||
| PROSITE | PDOC00806 | ||||||||||
| SCOP2 | 1kyh / SCOPe / SUPFAM | ||||||||||
| |||||||||||
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 347 aminokiselina, a molekulska težina 36.576 Da.[7].
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MVTRAGAGTA | VAGAVVVALL | SAALALYGPP | LDAVLERAFS | LRKAHSIKDM | ||||
| ENTLQLVRNI | IPPLSSTKHK | GQDGRIGVVG | GCQEYTGAPY | FAAISALKVG | ||||
| ADLSHVFCAS | AAAPVIKAYS | PELIVHPVLD | SPNAVHEVEK | WLPRLHALVV | ||||
| GPGLGRDDAL | LRNVQGILEV | SKARDIPVVI | DADGLWLVAQ | QPALIHGYRK | ||||
| AVLTPNHVEF | SRLYDAVLRG | PMDSDDSHGS | VLRLSQALGN | VTVVQKGERD | ||||
| ILSNGQQVLV | CSQEGSSRRC | GGQGDLLSGS | LGVLVHWALL | AGPQKTNGSS | ||||
| PLLVAAFGAC | SLTRQCNHQA | FQKHGRSTTT | SDMIAEVGAA | FSKLFET |
- Simboli
Struktura
urediGen
urediLjudski gen CARKD ima 10 egzona i nalazi se na poziciji q34 hromosoma 13. Sljedeći geni su blizu CARKD -a na hromosomu:[8]
- COL4A2: za A2 podjedinicu kolagena tipa IV
- RAB20: Potencijalni regulator prometa koneksina 43.
- CARS2: za mitohondrijsku cistienil-tRNK sintetazu 2
- ING1: za protein koji potiskuje tumore
Protein
urediOvaj protein je dio natporodice fosfometilpirimidin-kinaza: ribokinaza / pfkB. Ovu porodicu karakterizira prisutnost domena koju dijeli porodica.[9] CARKD sadrži domen karbohidratne kinaze porodice PF01256.[9] Ova porodica je u srodstvu sa porodicama PF02210 i PF00294, što implicira da je to također ugljikohidrat-kinaza.
Predviđena svojstva
urediPomoću bioinformatičkih analiza, predviđena su sljedeća svojstva CARKD-a:
- Molekulska težina: 41,4 KDal[10]
- Izoelektrična tačka: 9,377[11]
- Ortolozi CARKD-a imaju visoko varijabilnu izoelektrične tačke.[11]
- Posttranslacijske modifikacije: Predviđene su tri posttranslacijske modifikacije:
- Modificirani fosfotirozinski ostatak [12]
- Dva mjesta N-vezane glikozilacije [12]
- Signalni peptid i mjesto cijepanja signalnog peptida.[13]
Funkcija
urediTkivna distribucija
urediČini se da je CARKD sveprisutno eksprimiran na visokim nivoima. Podaci o ekspresiji u ljudskom proteinu i mišjeg ortologa ukazuju na njegovu ekspresiju u gotovo svim tkivima.[14][15] Jedan osebujan obrazac ekspresije CARKD -a je različito ispoljavanje tokom razvoja oligodendrocita. Njegova ekspresija je niža u matičnim ćelijama oligodendrocita nego u zrelim oligodendrocitima.[16]
Vezujući partneri
urediPredviđeno je da je partner za vezivanje za CARKD, prekursor apolipoproteina A-1 ljudskih proteina (APOA1BP).[17] Ovo predviđanje temelji se na istovremenoj pojavi u genomima i koekspresiji. Osim ovih podataka, ortolozi CARKD -a u Escherichia coli sadrže domen sličan APOA1BP-u. Ovo ukazuje na to da su dva proteina vjerojatno nastala od zajedničkog evolucijskog pretka i, prema teoriji analize kamena rozeta,[18] mogući su partneri u interakciji čak i kod vrsta poput ljudi, gdje se dva proteina ne proizvode kao jedan polipeptid.
Klinički značaj
urediNa osnovu alela specifične ekspresije CARKD-a, CARKD može imati ulogu u akutnoj limfoblastnoj leukemiji.[19] Osim toga, mikročipni podaci pokazuju da je CARKD reguliran prema gore u tumorima glioblastoma multiforme.[20]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000213995 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000031505 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ PDB 1kyh; Zhang RG, Grembecka J, Vinokour E, Collart F, Dementieva I, Minor W, Joachimiak A (septembar 2002). "Structure of Bacillus subtilis YXKO--a member of the UPF0031 family and a putative kinase". Journal of Structural Biology. 139 (3): 161–70. doi:10.1016/S1047-8477(02)00532-4. PMC 2793413. PMID 12457846.
- ^ Marbaix, AY; Tyteca, D; Niehaus, TD; Hanson, AD; Linster, CL; Van Schaftingen, E (15. 5. 2014). "Occurrence and subcellular distribution of the NADPHX repair system in mammals". The Biochemical Journal. 460 (1): 49–58. doi:10.1042/bj20131482. PMID 24611804.
- ^ "UniProt, Q8IW45". Pristupljeno 11. 9. 2017.
- ^ "UCSC Genome Browser: CARKD".
- ^ a b "CDD: Conserved Domain Database (NCBI)".
- ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (mart 1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89 (6): 2002–6. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
- ^ a b "PI Program (Isoelectric Point Prediction)". Arhivirano s originala, 26. 10. 2008.
- ^ a b "UniProt Database".
- ^ Bendtsen JD, Nielsen H, Gunnar vH (juli 2004). "Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0". Journal of Molecular Biology. 340 (4): 783–95. CiteSeerX 10.1.1.165.2784. doi:10.1016/j.jmb.2004.05.028. PMID 15223320. Zanemaren tekst "von Heijne G, Brunak S" (pomoć); Greška u vankuverskom stilu: initials u nazivu 3 (pomoć)
- ^ "Unigene (EST profile viewer) Human CARKD".
- ^ "Unigene (EST profile viewer) Mouse CARKD".
- ^ Nielsen JA, Maric D, Lau P, Barker JL, Hudson LD (septembar 2006). "Identification of a novel oligodendrocyte cell adhesion protein using gene expression profiling". Journal of Neuroscience. 26 (39): 9881–91. doi:10.1523/JNEUROSCI.2246-06.2006. PMC 1613258. PMID 17005852.
- ^ "STRING: Known and Predicted Protein-Protein Interactions".
- ^ Date SV (2008). The Rosetta stone method. Methods Mol Biol. Methods in Molecular Biology™. 453. str. 169–80. doi:10.1007/978-1-60327-429-6_7. ISBN 978-1-60327-428-9. PMID 18712302.
- ^ Milani L, Lundmark A, Nordlund J, Kiialainen A, Flaegstad T, Jonmundsson G, Kanerva J, Schmiegelow K, Gunderson KL, Lönnerholm G, Syvänen AC (januar 2009). "Allele-specific gene expression patterns in primary leukemic cells reveal regulation of gene expression by CpG site methylation". Genome Research. 19 (1): 1–11. doi:10.1101/gr.083931.108. PMC 2612957. PMID 18997001.
- ^ Ruano Y, Mollejo M, Ribalta T, Fiaño C, Camacho FI, Gómez E, de Lope AR, Hernández-Moneo JL, Martínez P, Meléndez B (2006). "Identification of novel candidate target genes in amplicons of Glioblastoma multiforme tumors detected by expression and CGH microarray profiling". Molecular Cancer. 5 (1): 39. doi:10.1186/1476-4598-5-39. PMC 1592108. PMID 17002787.
Vanjski linkovi
uredi- Lokacija ljudskog genoma CARKD i stranica sa detaljima o genu CARKD u UCSC Genome Browseru.