UCKL1
Uridin-citidin kinazoiki protein 1 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom UCKL1.[5]
Kloniranje i ekspresija
urediPomoću 2-hibridnog skrininga kvašćeve biblioteke limfoblastoidne cDNK s jedarnim antigenom-Epstein-Barr virusom (EBV) (EBNA3) kao mamcem, nakon čega i PCR analiza srčane biblioteke cDNK, Kashuba et al. (2002) klonirali su UCKL1, koji su nazvali F538. Izvedeni protein UCKL1 sadrži 548 aminokiselina. Njegova polovina na N-terminalu ima mjesto vezanja za ATP/GTP i dijeli sličnost s uridin kinazom-1 (UCK1; 609328) i UCK2 (609329), a njegova polovina s C-terminalm dijeli sličnost s uracil-fosforiboziltransferazama. Također su klonirali prerađenu varijantu UCKL1, kojoj nedostaje dio egzona 11. Ova varijanta kodira protein od 395 aminokiselina kojem nedostaje C-terminalna uracil-fosforiboziltransferazna regija. Northern blot analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju 2,4-kb transkripta UCKL1. Fluorescentna mikroskopija pokazala je citoplazmatsku lokalizaciju UCKL1 u transficiranim ćelijama bubrega majmuna.[6]
Funkcija gena
urediPutem 2-hibridne analize kvasca i testovima vezivanja in vitro, Kashuba et al. (2002) pokazali su da je UCKL1 komunicirao s EBNA3, jedarnim antigenom povezanim s EBV transformacijom. EBNA3 je inducirao translokaciju UCKL1 iz citoplazme u jedro, u transficiranim ćelijama bubrega majmuna, a translokacija je ovisila o C-kraju UCKL1. Zaključili su da je UCKL1 dio puta spašavanja ribonukleotida i sugerirali da jedarna ekspresija UCKL1 izazvana EBNA3 može doprinijeti akumulaciji UTP, neophodnoj za transformaciju eksplozije i brzu proliferaciju.
Analizom 2-hibridnih kvasca, imunoprecipitacijom i analizama mutacija, Fortier i Kornbluth (2006) otkrili su da su prstenasti prsti molekule povezanih sa NKLAM ili IBRDC3, u interakciji s URKL1 u ljudskim embrionskim ćelijama bubrega. Interakcija je rezultirala smanjenim nivoom proteina i povećanom ubikvitinacijom URKL1. Konfokalna mikroskopija pokazala je da su URKL1 lokalizirani u jedru, a NKLAM u citosolu, u blizini vanjske membrane kada su transficirani sami. Međutim, kotransfekcija URKL1 i NKLAM rezultirala je njihovom kolokalizacijom u citosolu. Zaključili su da je URKL1 supstrat za NKLAM, E3 ligazu.[7]
Aminokiselinska sekvenca
uredi- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MAAPPARADA | DPSPTSPPTA | RDTPGRQAEK | SETACEDRSN | AESLDRLLPP | ||||
| VGTGRSPRKR | TTSQCKSEPP | LLRTSKRTIY | TAGRPPWYNE | HGTQSKEAFA | ||||
| IGLGGGSASG | KTTVARMIIE | ALDVPWVVLL | SMDSFYKVLT | EQQQEQAAHN | ||||
| NFNFDHPDAF | DFDLIISTLK | KLKQGKSVKV | PIYDFTTHSR | KKDWKTLYGA | ||||
| NVIIFEGIMA | FADKTLLELL | DMKIFVDTDS | DIRLVRRLRR | DISERGRDIE | ||||
| GVIKQYNKFV | KPSFDQYIQP | TMRLADIVVP | RGSGNTVAID | LIVQHVHSQL | ||||
| EERELSVRAA | LASAHQCHPL | PRTLSVLKST | PQVRGMHTII | RDKETSRDEF | ||||
| IFYSKRLMRL | LIEHALSFLP | FQDCVVQTPQ | GQDYAGKCYA | GKQITGVSIL | ||||
| RAGETMEPAL | RAVCKDVRIG | TILIQTNQLT | GEPELHYLRL | PKDISDDHVI | ||||
| LMDCTVSTGA | AAMMAVRVLL | DHDVPEDKIF | LLSLLMAEMG | VHSVAYAFPR | ||||
| VRIITTAVDK | RVNDLFRIIP | GIGNFGDRYF | GTDAVPDGSD | EEEVAYTG |
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000198276 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000089917 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: UCKL1 uridine-cytidine kinase 1-like 1".
- ^ Kashuba, E., Kashuba, V., Sandalova, T., Klein, G., Szekely, L. Epstein-Barr virus encoded nuclear protein EBNA-3 binds a novel human uridine kinase/uracil phosphoribosyltransferase. BMC Cell Biol. 3: 23, 2002. Note: Electronic Article. [PubMed]: 12199906
- ^ Fortier, J. M., Kornbluth, J. NK lytic-associated molecule, involved in NK cytotoxic function, is an E3 ligase. J. Immun. 176: 6454-6463, 2006. [PubMed]: 16709802.
Dopunska literatura
uredi- Beausoleil SA, Villén J, Gerber SA, et al. (2006). "A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization". Nat. Biotechnol. 24 (10): 1285–92. doi:10.1038/nbt1240. PMID 16964243. S2CID 14294292.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Kashuba E, Kashuba V, Sandalova T, et al. (2002). "Epstein-Barr virus encoded nuclear protein EBNA-3 binds a novel human uridine kinase/uracil phosphoribosyltransferase". BMC Cell Biol. 3: 23. doi:10.1186/1471-2121-3-23. PMC 126255. PMID 12199906.
- Deloukas P, Matthews LH, Ashurst J, et al. (2002). "The DNA sequence and comparative analysis of human chromosome 20". Nature. 414 (6866): 865–71. doi:10.1038/414865a. PMID 11780052.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.