TDRD3

Tudorski domenski protein 3 jeprotein koji je kod ljudi kodiran genom TDRD3 . Goulet et al. (2008) navode da se gen TDRD3 nalazi u hromosomu 13, sekvenca 13q21.2. Utvrdili su da gen TDRD3 sadrži 14 egzona i da obuhvata oko 176,5 kb. Egzon 14 nije kodirajući.

TDRD3
Dostupne strukture PDB Pretraga ortologa: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 1WJI, 2LTO, 3PMT, 3PNW, 3S6W
Identifikatori
Aliasi	TDRD3
Vanjski ID-jevi	OMIM: 614392 MGI: 2444023 HomoloGene: 12771 GeneCards: TDRD3
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 13 (čovjek) Bend 13q21.2 Početak 60,396,457 bp Kraj 60,573,878 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 14 (miš) Bend 14|14 E1 Početak 87,654,075 bp Kraj 87,782,940 bp
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • methylated histone binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • vezivanje sa RNK Ćelijska komponenta • citoplazma • exon-exon junction complex • jedro • nukleoplazma • Golđijev aparat • citosol Biološki proces • regulation of nucleic acid-templated transcription • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • positive regulation of nucleic acid-templated transcription Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	81550	219249
Ensembl	ENSG00000083544	ENSMUSG00000022019
UniProt	Q9H7E2	Q91W18
RefSeq (mRNK)	NM_001146070 NM_001146071 NM_030794	NM_001253755 NM_172605
RefSeq (bjelančevina)	NP_001139542 NP_001139543 NP_110421	NP_001240684 NP_766193
Lokacija (UCSC)	Chr 13: 60.4 – 60.57 Mb	Chr 14: 87.65 – 87.78 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

TDRD3 ije multifunkcijski protein koji djeluje kao as a transcripcijski koaktivator iu jedru i skelskim proteinima pri stresu citoplazmatskih granula (Yang et al., 2010). Sadrži tudorski i UBA proteinski domen i ima tri različite izoforme

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 651 aminokiselina, a molekulska težina 73.185 Da..

10		20		30		40		50
MLRLQMTDGH		ISCTAVEFSY		MSKISLNTPP		GTKVKLSGIV		DIKNGFLLLN
DSNTTVLGGE		VEHLIEKWEL		QRSLSKHNRS		NIGTEGGPPP		FVPFGQKCVS
HVQVDSRELD		RRKTLQVTMP		VKPTNDNDEF		EKQRTAAIAE		VAKSKETKTF
GGGGGGARSN		LNMNAAGNRN		REVLQKEKST		KSEGKHEGVY		RELVDEKALK
HITEMGFSKE		ASRQALMDNG		NNLEAALNVL		LTSNKQKPVM		GPPLRGRGKG
RGRIRSEDEE		DLGNARPSAP		STLFDFLESK		MGTLNVEEPK		SQPQQLHQGQ
YRSSNTEQNG		VKDNNHLRHP		PRNDTRQPRN		EKPPRFQRDS		QNSKSVLEGS
GLPRNRGSER		PSTSSVSEVW		AEDRIKCDRP		YSRYDRTKDT		SYPLGSQHSD
GAFKKRDNSM		QSRSGKGPSF		AEAKENPLPQ		GSVDYNNQKR		GKRESQTSIP
DYFYDRKSQT		INNEAFSGIK		IEKHFNVNTD		YQNPVRSNSF		IGVPNGEVEM
PLKGRRIGPI		KPAGPVTAVP		CDDKIFYNSG		PKRRSGPIKP		EKILESSIPM
EYAKMWKPGD		ECFALYWEDN		KFYRAEVEAL		HSSGMTAVVK		FIDYGNYEEV
LLSNIKPIQT		EAWEEEGTYD		QTLEFRRGGD		GQPRRSTRPT		QQFYQPPRAR
N

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Funkcija gena

Linder et al. (2008) otkrili su da je izolirani UBA domen TDRD3 vezan za ubikvitinske veze preko lys48 u lancu tetraubikvitina, ali ne i za monoubikvitin, lys63-ubikvitin ili SUMO1 . Analiza kvaščeve 2-hibridne biblioteke cDNK ljudskog mozga otkrila je da je TDRD3 u interakciji s FXR1. Eksperimenti otpuštanja proteina i koimunoprecipitacije pokazali su da je TDRD3 također u interakciji s FMRP (FMR1) i FXR2. Prekomjerna ekspresija/nadekspresija TDRD3 ili izloženost arsenitu, u HeLa ćelijama uzrokovala je stvaranje stresnih granula koje sadrže TDRD3, FMRP, DAP5 (EIF4G2) i TIAR (TIAL1). Analiza mutacije otkrila je da je regija C-terminalna na tudorskom domenu TDRD3 u interakciji s dva neovisna domena u FMRP-u. Otkrili su da mutacija ile304-to-asn (I304N) u FMRP-u, koja je povezana sa sindromom fragilnog X , poništava interakciju između TDRD3 i FMRP-a.

Nezavisno, Goulet et al. (2008) identificirali su TDRD3 kao komponentu granula citoplazmatskog stresa. TDRD3 nakupljen u granulama stresa nakon ćelijskog stresa izazvanog arsenitom i kolokaliziran s FMRP-om i proteinom G3BP koji veže RNK. I FMRP i TDRD3 slijedili su poliribosome izolirane iz normalnih i stresnih HeLa ćelija, duž kolone za isključivanje veličine. Analiza mutacije otkrila je da je tudorski domen TDRD3 neophodan i dovoljan za translokaciju TDRD3 u granule naprezanja nakon tretmana arsenitom. Eksperimenti smanjenja proteina pokazali su da je TDRD3 u interakciji s proteinima uključenim u obradu RNK, uključujući proteine bogate argininom i glicinom EWS (EWSR1), FUS, DDX3 (DDX3X), SERBP1 i EEF1A1. Objavili suda je tudorski domen tudora simetrični motiv vezanja dimetiliranog arginina (sDMA), te su otkrili in vitroda je izolirana tudor domen TDRD3 vezanog imobiliziranog sDMA. Mutacija glu691 u lys (E691K) unutar tudor domene TDRD3 poništila je ovu interakciju. Mutacija E691K je također eliminirala ili oslabila interakciju TDRD3 s EWS, FUS, DDX3 i EEF1A1 i smanjila regrutiranje TDRD3 u granule pod stresom.

Yang et al. (2010) pregledali su mikromrežu proteinskog domena na molekule koje mogu očitati oznake metilarginina povezane s transkripcijskom aktivacijom. Otkrili su da je TDRD3 vezan za aktivirajuću asimetričnu oznaku dimetilarginina na histonu H4 arg3 (H4R3me2a) kataliziranom pomoću PRMT1 i na H3R17me2a, uz katalizator CARM1. TDRD3 je prepoznao oznaku SDMA H4R3me2s, ali slabije. TDRD3 je funkcionirao kao koaktivator u reporterskim testovima ovisnim o reporterima, estrogenim receptorima (ER ili ESR1) i androgenim receptorima (AR). Analiza imunoprecipitacijske sekvence hromatina otkrila je da je TDRD3 općenito povezan s početnim mjestima transkripcije i da je povezan s promotorom pS2 (TFF1) na način ovisan o CARM1 u ćelijama MCF7 ljudskog raka dojke. Nokautiranje endogenog TDRD3 u MCF7 u ćelijama smanjilo je ER-ovisnu reportersku aktivnost i smanjilo ekspresiju TFF1, NRAS i DDX5. Zaključili su da je TDRD3 protein koji veže metilarginin i koji ima različite uloge u jedru i citoplazmi. Pretpostavili su da je u jedru TDRD3 efektorska molekula za metilne oznake generirane od CARM1 i PRMT1 i da funkcionira kao transkripcijski koaktivator. U citoplazmi, TDRD3 se akumulira u stresnim granulama, kao odgovor na stres i funkcionira kao molekula skele.

Dopunska literatura

• Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
• Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, et al. (2001). "Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing". EMBO Rep. 1 (3): 287–92. doi:10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
• Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
• Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.