TC2N
C2 tandemski domen jedarnog proteina je protein koji je kod ljudi kodiran genom TC2N.[5][6]
| TC2N | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | TC2N | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1921663 HomoloGene: 12560 GeneCards: TC2N | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 14: 91.78 – 91.87 Mb | Chr 12: 101.61 – 101.68 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
TC2N je netipskii C2 tandemsk protein C-terminalnog tipa (C-tipa) koji se lokalizira u jedru (Fukuda i Mikoshiba, 2001). Hao et al. (2019) našli su da se gen TC2N nalazi na hromosomu 14, sekvenca 14q32.12.[7]
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 490 aminokiselina, a molekulska težina 55.284 Da .[8].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MATEFIKSCC | GGCFYGETEK | HNFSVERDFK | AAVPNSQNAT | ISVPPLTSVS | ||||
| VKPQLGCTED | YLLSKLPSDG | KEVPFVVPKF | KLSYIQPRTQ | ETPSHLEELE | ||||
| GSARASFGDR | KVELSSSSQH | GPSYDVYNPF | YMYQHISPDL | SRRFPPRSEV | ||||
| KRLYGSVCDL | RTNKLPGSPG | LSKSMFDLTN | SSQRFIQRHD | SLSSVPSSSS | ||||
| SRKNSQGSNR | SLDTITLSGD | ERDFGRLNVK | LFYNSSVEQI | WITVLQCRDL | ||||
| SWPSSYGDTP | TVSIKGILTL | PKPVHFKSSA | KEGSNAIEFM | ETFVFAIKLQ | ||||
| NLQTVRLVFK | IQTQTPRKKT | IGECSMSLRT | LSTQEMDYSL | DITPPSKISV | ||||
| CHAELELGTC | FQAVNSRIQL | QILEARYLPS | SSTPLTLSFF | VKVGMFSSGE | ||||
| LIYKKKTRLL | KASNGRVKWG | ETMIFPLIQS | EKEIVFLIKL | YSRSSVRRKH | ||||
| FVGQIWISED | SNNIEAVNQW | KETVINPEKV | VIRWHKLNPS |
- Simboli
Kloniranje i ekspresija
urediFukuda i Mikoshiba (2001) klonirali su mišji Tc2n, koji su nazvali Tac2n. Izvedeni mišji Tac2n protein od 489 aminokiselina sadrži C2A i C2B domen i kratki C-kraj, uključujući WHxL motiv, karakteristike porodice tandemakih C2 proteina C tipa. Međutim, za razliku od ostalih tandemskih C2 proteina, Tac2n nema transmembranski domen, domen homologije sinaptotagmina nalik proteinu (SLP) ili domen koji djeluje na Munc13-1 (UNC13A) na svom N-terminalu. Tac2n ima tri serijska bazna ostatka u trećoj petlji svakog C2 domena: KKK u C2A i RRK u C2B domenu. C2B domen Tac2n funkcionira kao jedarni lokalizacijski signal, a ne kao Ca (2+) senzor, budući da je Tac2n označen epitopom lokaliziranim isključivo u jedru transficiranih ćelija PC12, na način koji ovisi o baznoj skupini u trećoj petlji C2B domena.
Funkcija gena
urediFukuda i Mikoshiba (2001) otkrili su da su domeni C2A i C2B [[miš]jeg Tac2n imaju, malu ili nikakvu aktivnost vezivanja fosfolipida, ovisnu o Ca (2+).
Koristeći PCR i Western blot analizu, Hao et al. (2019) pokazali su da je TC2N značajno povećan u raznim ćelijskim linijama ljudskog karcinoma pluća i tkivima tumora pluća, te da su nivoi ekspresije TC2N povezani s napredovanjem karcinoma pluća i preživljavanjem pacijenta. Nokaun TC2N izazvao je zaustavljanje [ćelijski ciklus|ćelijskog ciklusa]] i apoptozu te in vitro inhibirao proliferaciju ćelija raka pluća kod ljudi, te je potisnuo tumorigenezu raka pluća i rast tumora kod miševa. Prekomjerna ekspresija TC2N imala je suprotne učinke. TC2N je inhibirao signalni put p53 ublažavajući fosforilaciju p53 izazvanu CDK5, jer je TC2N ometao vezivanje CDK5 za p53 i promovirao razgradnju CDK5, putem ubikvitin-proteasomskog puta. TC2N regulacija proliferacije ćelija raka pluća, zaustavljanje ćelijskog ciklusa i apoptoza oslanjala se na p53, dok je p53 također posredovao efekt TC2N na tumorigenezu u ćelijama raka pluća. Štaviše, liječenje doksorubicinom značajno je smanjilo ekspresiju TC2N i izazvalo fosforilaciju p53 i apoptozu u ćelijkamaa raka pluća. Razgradnja TC2N pojačala je fosforilaciju i apoptozu izazvanu doksorubicinom, označavajući da je TC2N bio uključen u apoptozu ćelija raka pluća, izazvanu doksorubicinom.[9]
Reference
uredi- ^ a b c ENSG00000165929 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000276776, ENSG00000165929 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021187 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Fukuda M, Mikoshiba K (Aug 2001). "Tac2-N, an atypical C-type tandem C2 protein localized in the nucleus". FEBS Lett. 503 (2–3): 217–218. doi:10.1016/S0014-5793(01)02738-7. PMID 11526914.
- ^ "Entrez Gene: MTAC2D1 membrane targeting (tandem) C2 domain containing 1".
- ^ Hao, X., Han, F., Zhang, N., Chen, H., Jiang, X., Yin, L., Liu, W., Wang, D., Chen, J., Cui, Z., Ao, L., Cao, J., Liu, J. TC2N, a novel oncogene, accelerates tumor progression by suppressing p53 signaling pathway in lung cancer. Cell Death Diff. 26: 1235-1250, 2019. PubMed: 30254375
- ^ "UniProt, Q8N9U0". Pristupljeno 11. 9. 2017.
- ^ Fukuda, M., Mikoshiba, K. Tac2-N, an atypical C-type tandem C2 protein localized in the nucleus. FEBS Lett. 503: 217-218, 2001. PubMed: 11526914
Dopunska literatura
uredi- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–D418. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–2144. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–2127. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–45. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–16903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–435. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–1795. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.