SLFN12

SLFN12
Identifikatori
Aliasi	SLFN12
Vanjski ID-jevi	OMIM: 614955 HomoloGene: 83283 GeneCards: SLFN12
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 17 (čovjek)
Kraj	35,433,283 bp
Ortolozi
	55106
	n/a
	ENSG00000172123
	n/a
	Q8IYM2
	n/a
	NM_001289009; NM_018042
	n/a
	NP_001275938; NP_060512
	n/a
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Član 12 porodice Schlafen je protein koji je kod ljudi kodiran genom SLFN12.^[3]

Dužina polipeptidnog lanca je 578 aminokiselina, a molekulska težina 66.972.^[4].

Aminokiselinska sekvenca

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MNISVDLETN	YAELVLDVGR	VTLGENSRKK	MKDCKLRKKQ	NESVSRAMCA
LLNSGGGVIK	AEIENEDYSY	TKDGIGLDLE	NSFSNILLFV	PEYLDFMQNG
NYFLIFVKSW	SLNTSGLRIT	TLSSNLYKRD	ITSAKVMNAT	AALEFLKDMK
KTRGRLYLRP	ELLAKRPCVD	IQEENNMKAL	AGVFFDRTEL	DRKEKLTFTE
STHVEIKNFS	TEKLLQRIKE	ILPQYVSAFA	NTDGGYLFIG	LNEDKEIIGF
KAEMSDLDDL	EREIEKSIRK	MPVHHFCMEK	KKINYSCKFL	GVYDKGSLCG
YVCALRVERF	CCAVFAKEPD	SWHVKDNRVM	QLTRKEWIQF	MVEAEPKFSS
SYEEVISQIN	TSLPAPHSWP	LLEWQRQRHH	CPGLSGRITY	TPENLCRKLF
LQHEGLKQLI	CEEMDSVRKG	SLIFSRSWSV	DLGLQENHKV	LCDALLISQD
SPPVLYTFHM	VQDEEFKGYS	TQTALTLKQK	LAKIGGYTKK	VCVMTKIFYL
SPEGMTSCQY	DLRSQVIYPE	SYYFTRRKYL	LKALFKALKR	LKSLRDQFSF
AENLYQIIGI	DCFQKNDKKM	FKSCRRLT

Porodica Schlafen (SLFN) sadrži devet mišjih i šest ljudskih gena, uključujući SLFN12, koji kodiraju proteine sa konzerviranim N-krajem koji sadrži pretpostavljeni AAA ATPazni domen. Duži SLFN proteini imaju C-terminalne motive koji nalikuju domenima DNK/RNK helikaza. Studije na miševima implicirale su proteine SLFN u regulaciju rasta ćelija i razvoj T-ćelija.

Kloniranje i ekspresija

Korištenjem supstraktivne hibridizacije s cDNK bibliotekama mišjeg timusa, za identifikaciju gena povećanih zbog pozitivne selekcije, nakon čega slijedi analiza baze podataka, Schwarz et al. (1998) identificirali su miševe Slfn1, Slfn2, Slfn3 i Slfn4. Northern blot analiza otkrila je nisku ekspresiju za sva četiri gena. RT-PCR analiza otkrila je najvišu ekspresiju Slfn1, Slfn2 i Slfn4 u timusu, limfnim čvorovima i slezeni. Van Zuylen et al. (2011) i primijetili su da su ljudski SLFN12 i SLFN12L ortolog mišjim Slfn1, Slfn2, Slfn . Gross (2012) mapirao je gen SLFN12 u hromosomsku poziciju 17q12, na osnovu poravnanja sekvence SLFN12 (GenBank BC035605) sa genomskom sekvencom (GRCh37). Bustos et al (2009) otkrili su da su geni SLFN grupirani u istoj ortolognoj regiji uz bok genima UNC45 (UNC45B) i PEX12, u svim ispitivanim sisarskim genima. Klasteri SLFN čovjeka i miša nalaze se na hromosomima 17, odnosno 11.

Evolicija

Bustos et al. (2009) koristili su genomske i filogenetske studije, kako bi istražili evoluciju i ulogu porodice gena SLFN. Otkrili su da je porodica SLFN široko rasprostranjena kod sisara, sa četiri glavna ortologa koji su prošli ekspanzije ili kontrakcije specifične za lozu u različitim redovima, uključujući primate i glodare. Također su identificirali članove porodice SLFN u Chondrichthyes i Amphibia. Pronašli su dokaze da je pozitivna selekcija djelovala na mnoge SLFN gene. Član porodice SLFN horizontalno je premješten s miša na ortopoksviruse, gdje su autori pretpostavili da on ima ulogu u omogućavanju virusu da preživi odbrambene mehanizme domaćina. Virusne SLFN sekvence razvijaju se pod pročišćavajućom selekcijom, što ukazuje na njihovu funkcionalnu važnost.

Van Zuylen ert al. (2011) primetili su da samo dva člana porodice SLFN, SLFN5 i SLFN14, imaju direktne ortologe kod miša i ljudi, što je u skladu s brzom evolucijom porodice SLFN kod sisarskih vrsta. Ljudski SLFN12 (614955) i SLFN12L imaju po četiri ortologa u miševa (Slfn1, Slfn2, Slfn3 i Slfn4), a ljudski SLFN11 i SLFN13 imaju po tri ortologa u miševa (Slfn8, Slfn9 i Slfn10).^[5]^[6]

Životinjski model

Berger et al. (2010) izvijestili su o mutaciji izazvanoj N-etil-N-nitrosoureaom kod miševa zvanih elektra. Identificirali su mutaciju elektra kao supstituciju ile135-to-asp (I135D) u genu Slfn2. Iako Slfn2 nema ljudski ortolog, Primijetili su da je najsličniji SLFN12 i SLFN12L. Homozigotni miševi za mutaciju elektra pokazali su povećanu osjetljivost na bakterijske i virusne infekcije i smanjeni broj T-ćelija i upalnih monocita koji nisu uspjeli proliferirati nakon infekcije i uginuli unutrašnjim apoptotsim putem, kao odgovor na različite proliferativne stimuluse. Imali su i veći udio T-ćelija spremnih da repliciraju DNK, a njihove T-ćelije eksprimirale su podskup markera aktivacije, što sugerira poluaktivaciju stanja. Zaključili su da Slfn2 ima fiziološku ulogu u odbrani od patogena kroz regulaciju mirovanja u T-ćelijama i monocitima.^[7]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000172123 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Entrez Gene: Schlafen family member 12". Pristupljeno 24. 4. 2013.
^ "UniProt, Q8IYM2". Pristupljeno 12. 6. 2021.
^ Geserick, P., Kaiser, F., Klemm, U., Kaufmann, S. H. E., Zerrahn, J. Modulation of T cell development and activation by novel members of the Schlafen (slfn) gene family harbouring an RNA helicase-like motif. Int. Immun. 16: 1535-1548, 2004.
^ van Zuylen, W. J., Garceau, V., Idris, A., Schroder, K., Irvine, K. M., Lattin, J. E., Ovchinnikov, D. A., Perkins, A. C., Cook, A. D., Hamilton, J. A., Hertzog, P. J., Stacey, K. J., Kellie, S., Hume, D. A., Sweet, M. J. Macrophage activation and differentiation signals regulate Schlafen-4 gene expression: evidence for Schlafen-4 as a modulator of myelopoiesis. PLoS One 6: e15723, 2011. Note: Electronic Article. [PubMed]: 21249125
^ Berger, M., Krebs, P., Crozat, K., Li, X., Croker, B. A., Siggs, O. M., Popkin, D., Du, X., Lawson, B. R., Theofilopoulos, A. N., Xia, Y., Khovananth, K., Moresco, E. M. Y., Satoh, T., Takeuchi, O., Akira, S., Beutler, B. An Slfn2 mutation causes lymphoid and myeloid immunodeficiency due to loss of immune cell quiescence. Nature Immun. 11: 335-343, 2010. PubMed: 20190759

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000172123 - Ensembl, maj 2017

[2] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-3] "Entrez Gene: Schlafen family member 12". Pristupljeno 24. 4. 2013.

[UniProt-4] "UniProt, Q8IYM2". Pristupljeno 12. 6. 2021.

[5] Geserick, P., Kaiser, F., Klemm, U., Kaufmann, S. H. E., Zerrahn, J. Modulation of T cell development and activation by novel members of the Schlafen (slfn) gene family harbouring an RNA helicase-like motif. Int. Immun. 16: 1535-1548, 2004.

[6] van Zuylen, W. J., Garceau, V., Idris, A., Schroder, K., Irvine, K. M., Lattin, J. E., Ovchinnikov, D. A., Perkins, A. C., Cook, A. D., Hamilton, J. A., Hertzog, P. J., Stacey, K. J., Kellie, S., Hume, D. A., Sweet, M. J. Macrophage activation and differentiation signals regulate Schlafen-4 gene expression: evidence for Schlafen-4 as a modulator of myelopoiesis. PLoS One 6: e15723, 2011. Note: Electronic Article. [PubMed]: 21249125

[7] Berger, M., Krebs, P., Crozat, K., Li, X., Croker, B. A., Siggs, O. M., Popkin, D., Du, X., Lawson, B. R., Theofilopoulos, A. N., Xia, Y., Khovananth, K., Moresco, E. M. Y., Satoh, T., Takeuchi, O., Akira, S., Beutler, B. An Slfn2 mutation causes lymphoid and myeloid immunodeficiency due to loss of immune cell quiescence. Nature Immun. 11: 335-343, 2010. PubMed: 20190759

[3]

[1]

[2]

[4]

[5]

[6]

[7]