SLFN11
Član 11 porodice Schlafen je protein koji je kod ljudi kodiran genom SLFN11.[5][6]
Dužina polipeptidnog lanca je 901 aminokiselina, a molekulska težina 102.836[7].
Aminokiselinska sekvenca
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MEANQCPLVV | EPSYPDLVIN | VGEVTLGEEN | RKKLQKIQRD | QEKERVMRAA | ||||
| CALLNSGGGV | IRMAKKVEHP | VEMGLDLEQS | LRELIQSSDL | QAFFETKQQG | ||||
| RCFYIFVKSW | SSGPFPEDRS | VKPRLCSLSS | SLYRRSETSV | RSMDSREAFC | ||||
| FLKTKRKPKI | LEEGPFHKIH | KGVYQELPNS | DPADPNSDPA | DLIFQKDYLE | ||||
| YGEILPFPES | QLVEFKQFST | KHFQEYVKRT | IPEYVPAFAN | TGGGYLFIGV | ||||
| DDKSREVLGC | AKENVDPDSL | RRKIEQAIYK | LPCVHFCQPQ | RPITFTLKIV | ||||
| NVLKRGELYG | YACMIRVNPF | CCAVFSEAPN | SWIVEDKYVC | SLTTEKWVGM | ||||
| MTDTDPDLLQ | LSEDFECQLS | LSSGPPLSRP | VYSKKGLEHK | KELQQLLFSV | ||||
| PPGYLRYTPE | SLWRDLISEH | RGLEELINKQ | MQPFFRGILI | FSRSWAVDLN | ||||
| LQEKPGVICD | ALLIAQNSTP | ILYTILREQD | AEGQDYCTRT | AFTLKQKLVN | ||||
| MGGYTGKVCV | RAKVLCLSPE | SSAEALEAAV | SPMDYPASYS | LAGTQHMEAL | ||||
| LQSLVIVLLG | FRSLLSDQLG | CEVLNLLTAQ | QYEIFSRSLR | KNRELFVHGL | ||||
| PGSGKTIMAM | KIMEKIRNVF | HCEAHRILYV | CENQPLRNFI | SDRNICRAET | ||||
| RKTFLRENFE | HIQHIVIDEA | QNFRTEDGDW | YGKAKSITRR | AKGGPGILWI | ||||
| FLDYFQTSHL | DCSGLPPLSD | QYPREELTRI | VRNADPIAKY | LQKEMQVIRS | ||||
| NPSFNIPTGC | LEVFPEAEWS | QGVQGTLRIK | KYLTVEQIMT | CVADTCRRFF | ||||
| DRGYSPKDVA | VLVSTAKEVE | HYKYELLKAM | RKKRVVQLSD | ACDMLGDHIV | ||||
| LDSVRRFSGL | ERSIVFGIHP | RTADPAILPN | VLICLASRAK | QHLYIFPWGG | ||||
| H |
Porodica Schlafen (SLFN) sadrži devet mišjih i šest ljudskih gena koji kodiraju proteine sa konzerviranim N-krajem sa pretpostavljenim AAA ATPaznim domenom. Duži SLFN proteini, kao što je SLFN11, imaju C-terminalne motive koji nalikuju domenima DNK/RNK helikaza. Studije na miševima implicirale su proteine SLFN u regulaciju rasta ćelija i razvoj T-ćelija.
Kloniranje i ekspresija
urediGeserick et al. (2004) identificirali su mišje Slfn5 (614952), Slfn8, Slfn9 i Slfn10, koji kodiraju proteine koji imaju značajnu homologiju s mišjim Slfn1 kroz Slfn4 u njihovim N-terminalnim polovinama, ali sadrže jedinstvene C-terminalne nastavke s motivima homolognim DNK/RNK helikazama. Slfn8, Slfn9 i Slfn10 međusobno imaju 85 do 87% aminokiselinskih identiteta, dok je Slfn5 udaljeniji s bivšom skupinom, dijeleći 40% identiteta. Van Zuylen et al. (2011) primijetili su da su ljudski SLFN11 i SLFN13 ortologni mišjim Slfn8, Slfn9 i Slfn10. Li et al. (2012) su izjavili da ljudski protein SLFN11 sa 901 aminokiselinom ima AAA domen u N-terminalnoj polovini i navodnu sekvencu helikaze u C-terminalnoj polovini. Kvantitativni RT-PCR test pokazao je da su SLFN5 i SLFN11 najistaknutiji članovi porodice SLFN u nekoliko ljudskih ćelijskih linija.
Gross (2012) pmapirao je gen SLFN11 u hromosomskoj sekvenci 17q12, na osnovu poravnanja sekvence SLFN11 (GenBank BC052586) sa genomskom sekvencom (GRCh37). Bustos et al. (2009) otkrili su da su geni SLFN grupirani u istoj ortolognoj regiji uz bok genima UNC45 (UNC45B; 611220) i PEX12 (601758) u svim ispitivanim genima sisara. Klasteri SLFN čovjeka i miša nalaze se na hromosomima 17, odnosno 11.[8]
Funkcija gena
urediLi et al. (2012) su primijetili da su nivoi proteina SLFN miša povišeni nakon infekcije brucelom ili listerijom. Korišćenjem kvantitativne RT-PCR, pokazali su da je lipopolisaharid, poli-IC ili interferon (IFN)-alfa (147660) / beta (147640) tretman mišjih makrofaga rezultirao indukcijom nekoliko gena SLFN. Tretman fibroblasta ljudske kože IFN-beta, poli-IC ili poli-dAdT otkrio je sličnu indukciju gena SLFN, uključujući SLFN5 i SLFN11.[9] Otkrili su da je ljudski SLFN11, ali ne i SLFN5, snažno i posebno ukinuo proizvodnju retrovirusa, poput virusa ljudske imunodeficijencije (HIV) -1 i smanjio broj virusnih čestica oslobođenih iz ćelija. Inhibitorna aktivnost nalazila se u N-terminalnoj polovini SLFN11 sa 579 ostataka, koja uključuje domen AAA. Umjesto da utiče na rane korake ciklusa retrovirusne infekcije, uključujući obrnutu transkripciju, integraciju i transkripciju, SLFN11 je selektivno inhibirao ekspresiju virusnih proteina na način koji ovisi o upotrebi kodona. SLFN11 vezao je tRNK i suprotstavio se promjenama u bazenu tRNK izazvanih HIV-om. Zaključili su da je SLFN11 moćan, IFN-inducibilni restriktivni faktor protiv retrovirusa koji posreduje u njegovim antivirusnim efektima, na osnovu diskriminacije u upotrebi kodona.
Evolucija
urediBustos et al. (2009) koristili su genomske i filogenetske studije, kako bi istražili evoluciju i ulogu porodice gena SLFN. Otkrili su da je porodica SLFN široko rasprostranjena kod sisara, sa četiri glavna ortologa koji su prošli ekspanzije ili kontrakcije specifične za lozu u različitim redovima, uključujući primate i glodare. Također su identificirali članove porodice SLFN u Chondrichthyes i Amphibia. Pronašli su dokaze da je pozitivna selekcija djelovala na mnoge SLFN gene. Član porodice SLFN horizontalno je premješten s miša na ortopoksviruse, gdje su autori pretpostavili da on ima ulogu u omogućavanju virusu da preživi odbrambene mehanizme domaćina. Virusne SLFN sekvence razvijaju se pod pročišćavajućom selekcijom, što ukazuje na njihovu funkcionalnu važnost. Van Zuylen ert al. (2011) primetili su da samo dva člana porodice SLFN, SLFN5 i SLFN14, imaju direktne ortologe kod miša i ljudi, što je u skladu s brzom evolucijom porodice SLFN kod sisarskih vrsta. Ljudski SLFN12 (614955) i SLFN12L imaju po četiri ortologa u miševa (Slfn1, Slfn2, Slfn3 i Slfn4), a ljudski SLFN11 i SLFN13 imaju po tri ortologa u miševa (Slfn8, Slfn9 i Slfn10).[10][11]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000172716 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035208 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, Derge JG, Klausner RD, Collins FS, Wagner L, Shenmen CM, Schuler GD, Altschul SF, Zeeberg B, Buetow KH, Schaefer CF, Bhat NK, Hopkins RF, Jordan H, Moore T, Max SI, Wang J, Hsieh F, Diatchenko L, Marusina K, Farmer AA, Rubin GM, Hong L, Stapleton M, Soares MB, Bonaldo MF, Casavant TL, Scheetz TE, Brownstein MJ, Usdin TB, Toshiyuki S, Carninci P, Prange C, Raha SS, Loquellano NA, Peters GJ, Abramson RD, Mullahy SJ, Bosak SA, McEwan PJ, McKernan KJ, Malek JA, Gunaratne PH, Richards S, Worley KC, Hale S, Garcia AM, Gay LJ, Hulyk SW, Villalon DK, Muzny DM, Sodergren EJ, Lu X, Gibbs RA, Fahey J, Helton E, Ketteman M, Madan A, Rodrigues S, Sanchez A, Whiting M, Madan A, Young AC, Shevchenko Y, Bouffard GG, Blakesley RW, Touchman JW, Green ED, Dickson MC, Rodriguez AC, Grimwood J, Schmutz J, Myers RM, Butterfield YS, Krzywinski MI, Skalska U, Smailus DE, Schnerch A, Schein JE, Jones SJ, Marra MA (Dec 2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc Natl Acad Sci U S A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- ^ "Entrez Gene: SLFN11 schlafen family member 11".
- ^ "UniProt, Q7Z7L1". Pristupljeno 12. 6. 2021.
- ^ Bustos, O., Naik, S., Ayers, G., Casola, C., Perez-Lamigueiro, M. A., Chippindale, P. T., Pritham, E. J., de la Casa-Esperon, E. Evolution of the Schlafen genes, a gene family associated with embryonic lethality, meiotic drive, immune processes, and orthopoxvirus virulence. Gene 447: 1-11, 2009. [PubMed]: 19619625
- ^ Li, M., Kao, E., Gao, X., Sandig, H., Limmer, K., Pavon-Eternod, M., Jones, T. E., Landry, S., Pan, T., Weitzman, M. D., David, M. Codon-usage-based inhibition of HIV protein synthesis by human Schlafen 11. Nature 491: 125-128, 2012. PubMed: 23000900
- ^ Geserick, P., Kaiser, F., Klemm, U., Kaufmann, S. H. E., Zerrahn, J. Modulation of T cell development and activation by novel members of the Schlafen (slfn) gene family harbouring an RNA helicase-like motif. Int. Immun. 16: 1535-1548, 2004.
- ^ van Zuylen, W. J., Garceau, V., Idris, A., Schroder, K., Irvine, K. M., Lattin, J. E., Ovchinnikov, D. A., Perkins, A. C., Cook, A. D., Hamilton, J. A., Hertzog, P. J., Stacey, K. J., Kellie, S., Hume, D. A., Sweet, M. J. Macrophage activation and differentiation signals regulate Schlafen-4 gene expression: evidence for Schlafen-4 as a modulator of myelopoiesis. PLoS One 6: e15723, 2011. Note: Electronic Article. [PubMed]: 21249125
Dopunska literatura
uredi- Schwarz DA, Katayama CD, Hedrick SM (1998). "Schlafen, a new family of growth regulatory genes that affect thymocyte development". Immunity. 9 (5): 657–68. doi:10.1016/S1074-7613(00)80663-9. PMID 9846487.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA Cloning Using In Vitro Site-Specific Recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Toward a Catalog of Human Genes and Proteins: Sequencing and Analysis of 500 Novel Complete Protein Coding Human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, et al. (2001). "Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing". EMBO Rep. 1 (3): 287–92. doi:10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Suzuki Y, Yamashita R, Shirota M, et al. (2004). "Sequence Comparison of Human and Mouse Genes Reveals a Homologous Block Structure in the Promoter Regions". Genome Res. 14 (9): 1711–8. doi:10.1101/gr.2435604. PMC 515316. PMID 15342556.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to Biology: A Functional Genomics Pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.