RFFL
E3 ubikvitin-proteinski ligazni rififilin je enzim koji je kod ljudi kodiran genom RFFL.[5][6]
Dužina polipeptidnog lanca je 363 aminokiseline, a molekulska težina 40.514.[7].
Funkcija gena
urediCoumailleau et al. (2004) otkrili su da se Rffl-GFP lokalizirao na globulskim strukturama u perijedarnoj regiji. Koekspresija Rffl-GFP raznim endosomnim markerima, pokazala je da Rffl pozitivne strukture pripadaju odjeljku za endocitnu reciklažu (ERC). Morfološka analiza HeLa ćelija koje prekomjerno eksprimiraju Rffl otkrila je agregaciju tubula pozitivnih na perijedarni transferin. Eksperimenti pulsiranja pokazali su da je prekomjerna ekspresija Rffl značajno usporila recikliranje od ERC-a do plazmamembrane. Eksperimenti s delecijskim mutantima pokazali su da je Rffl N-terminalni FYVE domen neophodsn i dovoljsn za ciljanje Rffl na ERC i za inhibiranje reciklaže transferina. Suprotno tome, C-terminalni domena cinkovog prsta neophodan je za efekt posredovan prekomernom ekspresijom Rffl na recikliranju endosoma. Upotrebom inhibitora fosfatidilinozitol 3-kinaza, Coumailleau et al. (2004) otkrili su da Rffl djeluje uglavnom na putu neovisnom o PIK3.[8]
Aminokiselinska sekvenca
uredi- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MWATCCNWFC | LDGQPEEVPP | PQGARMQAYS | NPGYSSFPSP | TGLEPSCKSC | ||||
| GAHFANTARK | QTCLDCKKNF | CMTCSSQVGN | GPRLCLLCQR | FRATAFQREE | ||||
| LMKMKVKDLR | DYLSLHDIST | EMCREKEELV | LLVLGQQPVI | SQEDRTRAST | ||||
| LSPDFPEQQA | FLTQPHSSMV | PPTSPNLPSS | SAQATSVPPA | QVQENQQANG | ||||
| HVSQDQEEPV | YLESVARVPA | EDETQSIDSE | DSFVPGRRAS | LSDLTDLEDI | ||||
| EGLTVRQLKE | ILARNFVNYK | GCCEKWELME | RVTRLYKDQK | GLQHLVSGAE | ||||
| DQNGGAVPSG | LEENLCKICM | DSPIDCVLLE | CGHMVTCTKC | GKRMNECPIC | ||||
| RQYVIRAVHV | FRS |
Kloniranje i ekspresija
urediPretragom baze podataka EST, Coumailleau et al. (2004) identificirali su i zatim klonirali rififilin (prstenasti protein i FYVE-sličan domen) iz cDNK mišjeg testisa. Mišija Rffl cDNK kodira dva proteina od 336 i 364 aminokiseline, generirane alternativnom preradom. N-terminalno područje sadrži domen povezan s domenom FYVE dvostrukog cinkovog prsta, koji posreduje u vezanju za fosfatidilinozitol 3-fosfat (PIK3), a C-terminalna regija sadrži konsenzusnu sekvencu za C3HC4 RING prstnu domenu. Analiza Northern blot-a otkrila je sveprisutno izraženi transkript od približno četiri kb i manji od oko dvije kb na vrlo visokom nivou ekspresije u testisima i na umjerenom nivou u jetri. RT-PCR je pokazao da su oba proteina posvuda eksprimirani, s većom izoformom koja se gotovo isključivo eksprimira u ćelijama i bubrezima odraslih miševa i u HeLa ćelijama.
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000092871 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000020696 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Coumailleau F, Das V, Alcover A, Raposo G, Vandormael-Pournin S, Le Bras S, Baldacci P, Dautry-Varsat A, Babinet C, Cohen-Tannoudji M (Sep 2004). "Over-Expression of Rififylin, a New RING Finger and FYVE-like Domain-containing Protein, Inhibits Recycling from the Endocytic Recycling Compartment". Mol Biol Cell. 15 (10): 4444–56. doi:10.1091/mbc.E04-04-0274. PMC 519139. PMID 15229288.
- ^ "Entrez Gene: RFFL ring finger and FYVE-like domain containing 1".
- ^ "UniProt, Q8WZ73". Pristupljeno 12. 9. 2017.
- ^ Coumailleau, F., Das, V., Alcover, A., Raposo, G., Vandormael-Pournin, S., Le Bras, S., Baldacci, P., Dautry-Varsat, A., Babinet, C., Cohen-Tannoudji, M. Over-expression of rififylin, a new RING finger and FYVE-like domain-containing protein, inhibits recycling from the endocytic recycling compartment. Molec. Biol. Cell 15: 4444-4456, 2004. [PubMed]: 15229288
Dopunska literatura
uredi- Tibbetts MD, Shiozaki EN, Gu L, et al. (2005). "Crystal structure of a FYVE-type zinc finger domain from the caspase regulator CARP2". Structure. 12 (12): 2257–63. doi:10.1016/j.str.2004.10.007. PMID 15576038.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D, et al. (2004). "Large-scale characterization of HeLa cell nuclear phosphoproteins". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (33): 12130–5. doi:10.1073/pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
- McDonald ER, El-Deiry WS (2004). "Suppression of caspase-8- and -10-associated RING proteins results in sensitization to death ligands and inhibition of tumor cell growth". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (16): 6170–5. doi:10.1073/pnas.0307459101. PMC 395941. PMID 15069192.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.