PCNX
Pekaneksoliki protein 1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom PCNX.[5][6][7] Gen se nalazi u Homo sapiens i funkcionira kao kompetitivni endogeni RNK protein 2 povezan sa S-fazom kinaza u raku pluća.[8][9]
| PCNX | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | PCNX1 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 617655 MGI: 1891924 HomoloGene: 40997 GeneCards: PCNX1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 14: 70.91 – 71.12 Mb | Chr 12: 81.91 – 82.05 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Radijacijskom hibridnom analizom , Nagase et al. (1998) i Nagase et al. (1999) mapirali su gen PCNX1 na hromosomu 14.[10][11]
Analizom genomske sekvence, Geisinger et al. (2005) locirali su PCNX1 također na hromosomu 14, ali precizirali i sekvencu na hromosom 14q24.1. Mapirali su i mišji gen Pcnx1 na hromosomu 12C3.[12] Zatim Hartz (2017) lociralala je gen PCNX1 na poziciji 14q24.2 hromosoma 14, na osnovu poravnavanja sekvence PCNX1 (GenBank AB023212) sa genomskom sekvencom (GRCh38).[13]
Aminokiselinska sekvenca uredi
Dužina polipeptidnog lanca je 2.341 aminokiselina, a molekulska težina 258.676 Da [14].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MGSQTLQILR | QGVWAALSGG | WYYDPHQATF | VNALHLYLWL | FLLGLPFTLY | ||||
| MALPSTMIIV | AVYCPVIAAV | FIVLKMVNYR | LHRALDAGEV | VDRTANEFTD | ||||
| QRTKAEQGNC | STRRKDSNGP | SDPGGGIEMS | EFIREATPPV | GCSSRNSYAG | ||||
| LDPSNQIGSG | SSRLGTAATI | KGDTDTAKTS | DDISLSLGQS | SSLCKEGSEE | ||||
| QDLAADRKLF | RLVSNDSFIS | IQPSLSSCGQ | DLPRDFSDKV | NLPSHNHHHH | ||||
| VDQSLSSACD | TEVASLVPLH | SHSYRKDHRP | RGVPRTSSSA | VAFPDTSLND | ||||
| FPLYQQRRGL | DPVSELESSK | PLSGSKESLV | ENSGLSGEFQ | LAGDLKINTS | ||||
| QPPTKSGKSK | PLKAEKSMDS | LRSLSTRSSG | STESYCSGTD | RDTNSTVSSY | ||||
| KSEQTSSTHI | ESILSEHEES | PKAGTKSGRK | KECCAGPEEK | NSCASDKRTS | ||||
| SEKIAMEAST | NSGVHEAKDP | TPSDEMHNQR | GLSTSASEEA | NKNPHANEFT | ||||
| SQGDRPPGNT | AENKEEKSDK | SAVSVDSKVR | KDVGGKQKEG | DVRPKSSSVI | ||||
| HRTASAHKSG | RRRTGKKRAS | SFDSSRHRDY | VCFRGVSGTK | PHSAIFCHDE | ||||
| DSSDQSDLSR | ASSVQSAHQF | SSDSSSSTTS | HSCQSPEGRY | SALKTKHTHK | ||||
| ERGTDSEHTH | KAHLVPEGTS | KKRATRRTSS | TNSAKTRARV | LSLDSGTVAC | ||||
| LNDSNRLMAP | ESIKPLTTSK | SDLEAKEGEV | LDELSLLGRA | SQLETVTRSR | ||||
| NSLPNQVAFP | EGEEQDAVSG | AAQASEEAVS | FRRERSTFRR | QAVRRRHNAG | ||||
| SNPTPPTLLI | GSPLSLQDGQ | QGQQSTAQVK | VQSRPPSQAA | VLSASASLLV | ||||
| RNGSVHLEAS | HDNASAVGGS | SLHDELGKFS | STLYETGGCD | MSLVNFEPAA | ||||
| RRASNICDTD | SHVSSSTSVR | FYPHDVLSLP | QIRLNRLLTI | DTDLLEQQDI | ||||
| DLSPDLAATY | GPTEEAAQKV | KHYYRFWILP | QLWIGINFDR | LTLLALFDRN | ||||
| REILENVLAV | ILAILVAFLG | SILLIQGFFR | DIWVFQFCLV | IASCQYSLLK | ||||
| SVQPDSSSPR | HGHNRIIAYS | RPVYFCICCG | LIWLLDYGSR | NLTATKFKLY | ||||
| GITFTNPLVF | ISARDLVIVF | TLCFPIVFFI | GLLPQVNTFV | MYLCEQLDIH | ||||
| IFGGNATTSL | LAALYSFICS | IVAVALLYGL | CYGALKDSWD | GQHIPVLFSI | ||||
| FCGLLVAVSY | HLSRQSSDPS | VLFSLVQSKI | FPKTEEKNPE | DPLSEVKDPL | ||||
| PEKLRNSVSE | RLQSDLVVCI | VIGVLYFAIH | VSTVFTVLQP | ALKYVLYTLV | ||||
| GFVGFVTHYV | LPQVRKQLPW | HCFSHPLLKT | LEYNQYEVRN | AATMMWFEKL | ||||
| HVWLLFVEKN | IIYPLIVLNE | LSSSAETIAS | PKKLNTELGA | LMITVAGLKL | ||||
| LRSSFSSPTY | QYVTVIFTVL | FFKFDYEAFS | ETMLLDLFFM | SILFNKLWEL | ||||
| LYKLQFVYTY | IAPWQITWGS | AFHAFAQPFA | VPHSAMLFIQ | AAVSAFFSTP | ||||
| LNPFLGSAIF | ITSYVRPVKF | WERDYNTKRV | DHSNTRLASQ | LDRNPGSDDN | ||||
| NLNSIFYEHL | TRSLQHSLCG | DLLLGRWGNY | STGDCFILAS | DYLNALVHLI | ||||
| EIGNGLVTFQ | LRGLEFRGTY | CQQREVEAIT | EGVEEDEGFC | CCEPGHIPHM | ||||
| LSFNAAFSQR | WLAWEVIVTK | YILEGYSITD | NSAASMLQVF | DLRKVLTTYY | ||||
| VKGIIYYVTT | SSKLEEWLAN | ETMQEGLRLC | ADRNYVDVDP | TFNPNIDEDY | ||||
| DHRLAGISRE | SFCVIYLNWI | EYCSSRRAKP | VDVDKDSSLV | TLCYGLCVLG | ||||
| RRALGTASHH | MSSNLESFLY | GLHALFKGDF | RISSIRDEWI | FADMELLRKV | ||||
| VVPGIRMSIK | LHQDHFTSPD | EYDDPTVLYE | AIVSHEKNLV | IAHEGDPAWR | ||||
| SAVLANSPSL | LALRHVMDDG | TNEYKIIMLN | RRYLSFRVIK | VNKECVRGLW | ||||
| AGQQQELVFL | RNRNPERGSI | QNAKQALRNM | INSSCDQPIG | YPIFVSPLTT | ||||
| SYSDSHEQLK | DILGGPISLG | NIRNFIVSTW | HRLRKGCGAG | CNSGGNIEDS | ||||
| DTGGGTSCTG | NNATTANNPH | SNVTQGSIGN | PGQGSGTGLH | PPVTSYPPTL | ||||
| GTSHSSHSVQ | SGLVRQSPAR | ASVASQSSYC | YSSRHSSLRM | STTGFVPCRR | ||||
| SSTSQISLRN | LPSSIQSRLS | MVNQMEPSGQ | SGLACVQHGL | PSSSSSSQSI | ||||
| PACKHHTLVG | FLATEGGQSS | ATDAQPGNTL | SPANNSHSRK | AEVIYRVQIV | ||||
| DPSQILEGIN | LSKRKELQWP | DEGIRLKAGR | NSWKDWSPQE | GMEGHVIHRW | ||||
| VPCSRDPGTR | SHIDKAVLLV | QIDDKYVTVI | ETGVLELGAE | V |
- Simboli
Kloniranje i ekspresija uredi
Sekvenciranjem klonova dobijenih iz frakcionirane biblioteke cDNK ljudskog mozga, Nagase et al. (1998) dobili su djelimični klon PCNX1, koji su označili KIAA0805. Izvedena sekvenca od 1.327 aminokiselina imala je značajan identitet sa Drosophila pecanex. RT-PCR ELISA otkrila je varijabilnu ekspresiju KIAA0805 u svih 10 ispitivanih tkiva odraslih ljudi, sa najvećom ekspresijom u mozgu, plućima i jajnicima, praćeno sjemenicima, a najnižom ekspresijom u gušterači i slezeni.
Nagase et al. (1999) također su dobili parcijalni klon PCNX1, koji su označili kao KIAA0995. Izvedeni protein dijeli sličnost sekvence s ljudskim profilagrinom (FLG). RT-PCR ELISA test otkrio je KIAA0995 u svim ispitivanim tkivima odraslih i fetusa, kao i u svim ispitivanim regijama mozga odraslih.
Geisinger et al. (2005) dobili su djelomični pacovski klon Pcnx1 i izveli kodirajuću regiju pune dužine, ispitivanjem odgovarajuće genomske sekvence. Na osnovu poređenja sa Pcnx1 pacova, za ljudski protein PCNX1 pune dužine predviđeno je da sadrži 2.341 aminokiselinu. Northern blot i hibridizacija in situ otkrili su ekspresiju Pcnx1 samo u sjemenicima odraslih pacova, sa specifičnom ekspresijom u ćelijama zametne linije i najvećim intenzitetom nakon mejotske profaze.
Reference uredi
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000100731 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021140 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Roux AF, Rommens JM, Read L, Duncan AM, Cox DW (juli 1997). "Physical and transcription map in the region 14q24.3: identification of six novel transcripts". Genomics. 43 (2): 130–40. doi:10.1006/geno.1997.4786. PMID 9244429.
- ^ Geisinger A, Alsheimer M, Baier A, Benavente R, Wettstein R (april 2005). "The mammalian gene pecanex 1 is differentially expressed during spermatogenesis". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Structure and Expression. 1728 (1–2): 34–43. doi:10.1016/j.bbaexp.2005.01.010. PMID 15777640.
- ^ "Entrez Gene: PCNX pecanex homolog (Drosophila)".
- ^ "PCNX1 pecanex 1 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 18. 10. 2018.
- ^ Li J, Tian H, Pan J, Jiang N, Yang J, Zhou C, Xu D, Meng X, Gong Z (oktobar 2017). "Pecanex functions as a competitive endogenous RNA of S-phase kinase associated protein 2 in lung cancer". Cancer Letters. 406: 36–46. doi:10.1016/j.canlet.2017.07.030. PMID 28789966.
- ^ Nagase, T., Ishikawa, K., Suyama, M., Kikuno, R., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 5: 277-286, 1998. PubMed: 9872452
- ^ Nagase, T., Ishikawa, K., Suyama, M., Kikuno, R., Hirosawa, M., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 6: 63-70, 1999. PubMed: 10231032
- ^ Geisinger, A., Alsheimer, M., Baier, A., Benavente, R., Wettstein, R. The mammalian gene pecanex 1 is differentially expressed during spermatogenesis. Biochim. Biophys. Acta 1728: 34-43, 2005. PubMed: 15777640
- ^ Hartz, P. A. Personal Communication. Baltimore, Md. 08/30/2017.
- ^ "UniProt, Q96RV3". Pristupljeno 28. 7. 2021.
Dopunska literatura uredi
- Nakajima D, Okazaki N, Yamakawa H, Kikuno R, Ohara O, Nagase T (juni 2002). "Construction of expression-ready cDNA clones for KIAA genes: manual curation of 330 KIAA cDNA clones". DNA Research. 9 (3): 99–106. CiteSeerX 10.1.1.500.923. doi:10.1093/dnares/9.3.99. PMID 12168954.
- Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (oktobar 1998). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro". DNA Research. 5 (5): 277–86. doi:10.1093/dnares/5.5.277. PMID 9872452.
- Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Hirosawa M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (februar 1999). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro". DNA Research. 6 (1): 63–70. doi:10.1093/dnares/6.1.63. PMID 10231032.