NCLN

Nicalin je protein koji kod ljudi kodiran genom NCLN.

NCLN
Identifikatori
Aliasi	NCLN, NET59, nicalin
Vanjski ID-jevi	OMIM: 609156 MGI: 1926081 HomoloGene: 10604 GeneCards: NCLN
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 19 (čovjek) Bend 19p13.3 Početak 3,185,563 bp Kraj 3,209,575 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 10 (miš) Bend 10|10 C1 Početak 81,322,083 bp Kraj 81,332,226 bp
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine Ćelijska komponenta • integral component of membrane • endoplasmic reticulum membrane • membrana • Endoplazmatski retikulum • GO:0009327 makromolekulani kompleks Biološki proces • GO:0106159 regulation of protein-containing complex assembly • protein destabilization • regulation of signal transduction • protein stabilization • regulation of protein complex stability Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	56926	103425
Ensembl	ENSG00000125912	ENSMUSG00000020238
UniProt	Q969V3	Q8VCM8
RefSeq (mRNK)	NM_020170 NM_001321463	NM_134009
RefSeq (bjelančevina)	NP_001308392 NP_064555	NP_598770
Lokacija (UCSC)	Chr 19: 3.19 – 3.21 Mb	Chr 10: 81.32 – 81.33 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Kloniranje i ekspresija

Pretragom baza podataka za sekvence koje sadrže ektodomen porodice proteina nikastrin, Haffner et al. (2004) identificirali nicalin. Izvedeni transmembranski protein tipa I ima izračunatu molekulsku masu od 63,7 kD. Nicalin sadrži područje slično domenu aminopeptidaza, ali mu nedostaju aminokiseline potrebne za katalitsku aktivnost. Northern blot analizom otkriveni su transkripti nicalina od 4,6, 4,0 i 2,3 kb. Najsnažnija ekspresija bila je u gušterači i skeletnim mišićima, s nešto nižom ekspresijom u srcu i vrlo niskom ekspresijom u svim ostalim ispitivanim tkivima. SDS-PAGE obogaćenih membranskih preparata ćelija ljudskog embrionskog bubrega i ćelija neuroblastoma ukazuje na to da endogeni nicalin ima prividnu molekulsku masu od 60 kD. Nicalin je takođe otkriven u kompleksu od 500 do 550 kD, koji sadrži NOMO2 . Nicalin i NOMO2 kofrakcionirani su s membranama endoplazmatskog retikuluma.

Funkcija gena

Koimunoprecipitacijom kotransficiranih ćelija, Haffner et al. (2004) potvrdili su da su NOMO2 i nicalin povezani u kompleksu visoke molekulske mase i izravno u interakciji. Ektopska ekspresija oba proteina u embrionima zebrica uzrokovala je ciklopiju, fenotip koji može nastati zbog defekta u obrascu mezendodermno posredovanog signalnim putem Nodal. Nadalje, signali inducirani čvorovima i aktivinom inhibirani nicalinom i NOMO2 u testu reportera zasnovanog na ćelijama. Koristeći afinitetno pročišćavanje i eksperimente koimunoprecipitacije, Dettmer et al. (2010) pokazali su da su NOMO i nicalin u interakciji s TMEM147. Interferencijom RNK pokazalo se da svake narušavanje ovih od komponenata dokazuje da su se one stabilizirane. Studije nokdauna i prekomjerne ekspresije sugeriraju da je nicalin ključni regulator kompleksa i da se veže za NOMO prije uključivanja TMEM147 u kompleks. Analiza mutacije otkrila je da je za interakciju s TMEM147 potreban transmembranski domen nicalina, ali ne i NOMO. Studije koprecipitacije sa embrionima zebricde otkrile su konzerviranje kompleksa nicalin-NOMO-TMEM147.

Aminokiselinska sekvenca

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MLEEAGEVLE		NMLKASCLPL		GFIVFLPAVL		LLVAPPLPAA		DAAHEFTVYR
MQQYDLQGQP		YGTRNAVLNT		EARTMAAEVL		SRRCVLMRLL		DFSYEQYQKA
LRQSAGAVVI		ILPRAMAAVP		QDVVRQFMEI		EPEMLAMETA		VPVYFAVEDE
ALLSIYKQTQ		AASASQGSAS		AAEVLLRTAT		ANGFQMVTSG		VQSKAVSDWL
IASVEGRLTG		LGGEDLPTIV		IVAHYDAFGV		APWLSLGADS		NGSGVSVLLE
LARLFSRLYT		YKRTHAAYNL		LFFASGGGKF		NYQGTKRWLE		DNLDHTDSSL
LQDNVAFVLC		LDTVGRGSSL		HLHVSKPPRE		GTLQHAFLRE		LETVAAHQFP
EVRFSMVHKR		INLAEDVLAW		EHERFAIRRL		PAFTLSHLES		HRDGQRSSIM
DVRSRVDSKT		LTRNTRIIAE		ALTRVIYNLT		EKGTPPDMPV		FTEQMQIQQE
QLDSVMDWLT		NQPRAAQLVD		KDSTFLSTLE		HHLSRYLKDV		KQHHVKADKR
DPEFVFYDQL		KQVMNAYRVK		PAVFDLLLAV		GIAAYLGMAY		VAVQHFSLLY
KTVQRLLVKA		KTQ

Dopunska literatura

• Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Grimwood J, Gordon LA, Olsen A, et al. (2004). "The DNA sequence and biology of human chromosome 19". Nature. 428 (6982): 529–35. Bibcode:2004Natur.428..529G. doi:10.1038/nature02399. PMID 15057824.
• Haffner C, Frauli M, Topp S, et al. (2005). "Nicalin and its binding partner Nomo are novel Nodal signaling antagonists". EMBO J. 23 (15): 3041–50. doi:10.1038/sj.emboj.7600307. PMC 514924. PMID 15257293.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
• Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.