LSm4 (engleski: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LSM4.[5][6][7]

LSM4
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

3JCR

Identifikatori
AliasiLSM4
Vanjski ID-jeviOMIM: 607284 MGI: 1354692 HomoloGene: 134555 GeneCards: LSM4
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 19 (čovjek)
Hrom.Hromosom 19 (čovjek)[1]
Hromosom 19 (čovjek)
Genomska lokacija za LSM4
Genomska lokacija za LSM4
Bend19p13.11Početak18,306,236 bp[1]
Kraj18,323,112 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 8 (miš)
Hrom.Hromosom 8 (miš)[2]
Hromosom 8 (miš)
Genomska lokacija za LSM4
Genomska lokacija za LSM4
Bend8|8 B3.3Početak71,125,898 bp[2]
Kraj71,131,402 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
U6 snRNA binding
vezivanje sa RNK
PH domain binding
Ćelijska komponenta spliceosomal tri-snRNP complex
U6 snRNP
P-tijelo
nukleoplazma
neuron projection
spliceosomal complex
jedro
citosol
membrana
GO:0009327 makromolekulani kompleks
U4/U6 x U5 tri-snRNP complex
U2-type precatalytic spliceosome
Lsm2-8 complex
Biološki proces GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing
mRNA processing
spliceosomal snRNP assembly
spliceosomal complex assembly
P-body assembly
exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA
Prerada RNK
mRNA splicing, via spliceosome
nuclear-transcribed mRNA catabolic process
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_012321
NM_001252129

NM_015816
NM_001359042

RefSeq (bjelančevina)

NP_001239058
NP_036453

NP_056631
NP_001345971

Lokacija (UCSC)Chr 19: 18.31 – 18.32 MbChr 8: 71.13 – 71.13 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Sm-oliki proteini identificirani su u različitim organizmima na osnovu homolognih sekvenci sa porodicom Sm-proteina (vidi SNRPD2; MIM 601061). Sm- slični proteini sadrže motiv sekvence Sm koji se sastoji od dvije regije odvojene linkerom promjenjive dužine koji se savija kao petlja. Smatra se da sm-oliki proteini tvore stabilni heteromer, prisutan u tri-snRNP česticama, koje su važne za preradu pre-iRNK (prema OMIMu).[7]

Kloniranje i ekspresija

uredi

U potrazi za ljudskim Sm-sličnim proteinima, Achsel et al. (1999) našli su da su frakcionirani proteini prisutni u pročišćenim (U4 / U6.U5) tri-snRNP-ima i izolirali 7 Sm-sličnih proteina, koje su nazvali LSm2-LSm8. Koristeći djelomičnu sekvencu peptida za pretraživanja baze podataka, identificirali su i sekvencirali EST klonove. Koristeći dodatnu sekvencu, dobijenu PCR amplifikacijom HeLa cDNK biblioteke, sastavili su sekvence cDNK pune dužine za LSM2-LSM8.

Salgado-Garrido et al. (1999) pretražili su sekvence baze podataka za Sm proteine i identificirali 16 potencijalnih gena povezanih sa Sm u kvascima, kao i neke gene povezane sa Sm kod ljud i Archaebacteria. Koristeći višestruko poravnanje Sm domena, izgradili su Sm i Sm filogenetsko stablo proteina kvasca, čovjeka i Archaea.

Aminokiselinska sekvenca

uredi
Simboli
1020304050
MLPLSLLKTAQNHPMLVELKNGETYNGHLVSCDNWMNINLREVICTSRDG
DKFWRMPECYIRGSTIKYLRIPDEIIDMVKEEVVAKGRGRGGLQQQKQQK
GRGMGGAGRGVFGGRGRGGIPGTGRGQPEKKPGRQAGKQ

Funkcija gena

uredi

Koristeći elektronsku mikroskopiju, Achsel et al. (1999) su primijetili da pročišćeni LSm proteini tvore heteromer koji je stabilan čak i u odsustvu RNK i pokazuje strukturu u obliku krofne sličnu strukturi RNP jezgra Sm. Pokazali su da se pročišćeni LSm heteromer specifično veže za U6 snRNK na svom U-traktu s tri glavna terminala. Oni su također pokazali da LSm proteini olakšavaju stvaranje U4 / U6 RNK dupleksa in vitro i zaključili su da LSm proteini mogu imati ulogu u stvaranju U4 / U6 snRNP.

Koristeći eksperimente imunoprecipitacije, Salgado-Garrido et al. (1999) zaključili su da u kvascu postoji kompleks od sedam Sm-sličnih proteina vezanih za RNK. Lsm2-Lsm8 koprecipitiraju U4, U5 i U6 snRNK i direktno se povezuju s U6 snRNK prisutnom u slobodnom U6 snRNP. Pored toga, utvrđeno je da su proteini kvasca Lsm2-Lsm7 povezani s pre-RNase P RNA, ali ne i sa zrelom RNase RNA. Koristeći eksperimente imunoprecipitacije iz ekstrakata ljudskih ćelija, Salgado-Garrido et al. (1999) pokazali su da su proteini LSM3 i LSM4 specifično povezani sa snRNP kompleksima, koji sadrže U6 snRNK. Zaključili su da se Sm i Sm-slični proteini okupljaju u najmanje dva funkcionalno konzervirana kompleksa dubokog evolucijskog porijekla.

Prekidajući Sm i Sm-slične gene u kvascu, također su zaključili su da su poremećaji gena koji kodiraju Sm-slične proteine direktno povezani sa U6 snRNK (Lsm2-8) stvorili varijabilne fenotipove. Lsm2, Lsm3, Lsm4 i Lsm8 su neophodni za vegetativni rast. Lsm5, Lsm6 i Lsm7 nisu bitni za rast; međutim, njihovi poremećaji dovode do usporenog rasta, posebno na povišenoj temperaturi. Nivoi U6 snRNK bili su snažno smanjeni u sojevima koji prekrivaju poremećaje Lsm5, Lsm6 i Lsm7. Lsm1 i Lsm9 su neophodni za vegetativni rast, ali Lsm1 je potreban za optimalan vegetativni rast na 30 stepeni i osjetljiv je na temperaturu.

Ingelfinger et al. (2002) utvrdili su da su ljudski LSM1 do LSM7, ali ne i LSM8, izraženi u HeLa ćelijama unutar citoplazmatskih žarišta. Žarišta su također sadržavala enzim za razgradnju (DCP1 / 2) i egzonukleazu XRN1. Koekspresija divljih i mutiranih LSM proteina, kao i prijenos energije fluorescentne rezonancije, ukazali su da LSM proteini tvore kompleks sličan onome koji se nalazi u kvascu. Zaključili su da žarišta sadrže djelimično ili potpuno sastavljene mehanizme za razgradnju iRNK.[8][9][10]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000130520 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000031848 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Salgado-Garrido J, Bragado-Nilsson E, Kandels-Lewis S, Seraphin B (Aug 1999). "Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin". EMBO J. 18 (12): 3451–62. doi:10.1093/emboj/18.12.3451. PMC 1171424. PMID 10369684.
  6. ^ Achsel T, Brahms H, Kastner B, Bachi A, Wilm M, Luhrmann R (Dec 1999). "A doughnut-shaped heteromer of human Sm-like proteins binds to the 3'-end of U6 snRNA, thereby facilitating U4/U6 duplex formation in vitro". EMBO J. 18 (20): 5789–802. doi:10.1093/emboj/18.20.5789. PMC 1171645. PMID 10523320.
  7. ^ a b "Entrez Gene: LSM4 LSM4 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae)".
  8. ^ Achsel, T., Brahms, H., Kastner, B., Bachi, A., Wilm, M., Luhrmann, R. A doughnut-shaped heteromer of human Sm-like proteins binds to the 3-prime end of U6 snRNA, thereby facilitating U4/U6 duplex formation in vitro. EMBO J. 18: 5789-5802, 1999. [PubMed]: 10523320
  9. ^ Ingelfinger, D., Arndt-Jovin, D. J., Luhrmann, R., Achsel, T. The human LSm1-7 proteins colocalize with the mRNA-degrading enzymes Dcp1/2 and Xrn1 in distinct cytoplasmic foci. RNA 8: 1489-1501, 2002. [PubMed]: 12515382
  10. ^ Salgado-Garrido, J., Bragado-Nilsson, E., Kandels-Lewis, S., Seraphin, B. Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin. EMBO J. 18: 3451-3462, 1999. [PubMed]: 10369684

Dopunska literatura

uredi