LARP6

LARP6
Dostupne strukture
PDB	Pretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova
	2MTF, 2MTG
Identifikatori
Aliasi	LARP6
Vanjski ID-jevi	OMIM: 611300 MGI: 1914807 HomoloGene: 32408 GeneCards: LARP6
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 15 (čovjek)
Kraj	70,854,157 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 9 (miš)
Kraj	60,646,084 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• vezivanje sa RNK; • nucleic acid binding; • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • sequence-specific mRNA binding; • myosin binding; • RNA stem-loop binding; • mRNA 5'-UTR binding;
Ćelijska komponenta	• citoplazma; • jedro; • polysome; • ribonukleoprotein;
Biološki proces	• GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing; • regulation of translation; • positive regulation of collagen biosynthetic process; • positive regulation of translation; • positive regulation of mRNA binding;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	55323
	67557
	ENSG00000166173
	ENSMUSG00000034839
	Q9BRS8
	Q8BN59
	NM_197958; NM_001286679; NM_018357
	NM_026235
	NP_001273608; NP_060827; NP_932062
	NP_080511
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

La-srodni protein 6, znan i kao aheron ili član 6 porodice La ribonukleoproteinskog domena (LARP6), je protein koji je kod ljudi kodiran genom LARP6.^[5]

Valavanis et al. (2007) utvrdili su da gen ACHN sadrži najmanje dva egzona i obuhvata približno 22,6 kb. Analizom sekvence, mapirali su gen ACHN na hromosomu 15q23.^[6]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 491 aminokiselina, a molekulska težina 54.737 Da.^[7]

10	20	30	40	50
MAQSGGEARP	GPKTAVQIRV	AIQEAEDVDE	LEDEEEGAET	RGAGDPARYL
SPGWGSASEE	EPSRGHSGTT	ASGGENERED	LEQEWKPPDE	ELIKKLVDQI
EFYFSDENLE	KDAFLLKHVR	RNKLGYVSVK	LLTSFKKVKH	LTRDWRTTAH
ALKYSVVLEL	NEDHRKVRRT	TPVPLFPNEN	LPSKMLLVYD	LYLSPKLWAL
ATPQKNGRVQ	EKVMEHLLKL	FGTFGVISSV	RILKPGRELP	PDIRRISSRY
SQVGTQECAI	VEFEEVEAAI	KAHEFMITES	QGKENMKAVL	IGMKPPKKKP
AKDKNHDEEP	TASIHLNKSL	NKRVEELQYM	GDESSANSSS	DPESNPTSPM
AGRRHAATNK	LSPSGHQNLF	LSPNASPCTS	PWSSPLAQRK	GVSRKSPLAE
EGRLNCSTSP	EIFRKCMDYS	SDSSVTPSGS	PWVRRRRQAE	MGTQEKSPGT
SPLLSRKMQT	ADGLPVGVLR	LPRGPDNTRG	FHGHERSRAC	V

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Korištenjem protokola diferencijalnog izbora, Valavanis et al. (2007) identificirali su gen LARP6, koji je povezan s programiranom ćelijskom smrću međusegmentnih mišića moljca Manduca sexta (duhanski sokolova sovica) kada završava metamorfozu od kukuljice do odrasle jedinke. Nazvali su gen aheron (Achn), prema rijeci koja u grčkoj mitologiji vodi u carstvo mrtvih. Pregledavanjem biblioteke cDNK ljudskog hipokampusa sa sekvencom koja pokazuje visoki identitet sekvence na Manduca Achn, praćenim RT-PCR, sastavili su ljudsku ACHN cDNK pune dužine. ACHN kodira izvedeni protein od 491 aminokiseline sa tri ponavljanja N-terminalnog Lupus antigena (La), mjestom amidacije, jedarnim lokalizacijskim i eksportnim signalima, navodnim motivom prepoznavanja RNK, navodnim mjestima fosforilacija i glikozilacija i tri SP ponavljanja. Ljudski protein je 46%, a 94% sličan proteinima Manduce i miša. RT-PCR analiza miševa pokazala je najveću ekspresiju Ahna u mozgu, snažnu ekspresiju u srcu, skeletnim mišićima i sjemenicima, a nižu u timusu, slezeni i bubregu. Studije pokretljivosti na gelu pokazale su da je Achn protein posttranslacijski modificiran.

Funkcija gena

Valavanis et al. (2007) citirali su neobjavljene studije koje pokazuju da je Achn ključni regulatorni protein koji kontrolira diferencijaciju u nekoliko loza, a naročito mišića. Gubitak Achn bilo u C2C12 mioblastima in vitro, bilo u embrionima zebrica, rezultirao je neuspjehom u formiranju multijedarnih miocijevi. Zaključili su da je Achn regulatorni protein koji vjerovatno posreduje u različitim razvojnim i homeostatskim procesima.

Funkcionalnom karakterizacijom kvasca, Hussain et al. (2013) pokazali su da ljudski LARP4, LARP6 i LARP7, u punoj dužini nisu supresori posredovani putem tRNK, iako su njihovi La moduli (tj. La motiv (LAM) i susjedni motiv RNK prepoznavanja (RRM)) sami imali aktivnost supresije koja je bila neovisna o stabilnoj 3-prim end-zaštiti pre-tRNK. Umjesto toga, LARP4, LARP6 i LARP7 bili su RNK šaperoni čije su aktivnosti bile neovisne od UUU-3-prim-OH vezivanja i bile su usredotočene oko RRM-a i sekvence neposredno nizvodno od RRM-a. Aktivnost supresije posredstvom tRNK posredovanih La modula povezana je s aktivnošću šaperona, budući da je LAM djelovao kao pomoćna struktura koja je pomogla regrutovanju RNK u susjedni RRM.^[8]

Klinički značaj

U nedavnoj studiji povezanosti genoma, gen LARP6 povezan je sa osobinama glukoze natašte, diabetes mellitus tip 2 i gojaznost.^[9]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000166173 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000034839 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Entrez Gene: La ribonucleoprotein domain family".
^ Valavanis, C., Wang, Z., Sun, D., Vaine, M., Schwartz, L. M. Acheron, a novel member of the lupus antigen family, is induced during the programmed cell death of skeletal muscles in the moth Manduca sexta. Gene 393: 101-109, 2007. PubMed: 17383118
^ "UniProt, Q9BRS8". Pristupljeno 15. 7. 2021.
^ Hussain, R. H., Zawawi, M., Bayfield, M. A. Conservation of RNA chaperone activity of the human La-related proteins 4, 6 and 7. Nucleic Acids Res. 41: 8715-8725, 2013. PubMed: 23887937
^ Strawbridge RJ, Dupuis J, Prokopenko I, et al. (august 2011). "Genome-Wide Association Identifies Nine Common Variants Associated With Fasting Proinsulin Levels and Provides New Insights Into the Pathophysiology of Type 2 Diabetes". Diabetes. 60 (10): 2624–34. doi:10.2337/db11-0415. PMC 3178302. PMID 21873549.

Dopunska literatura

Cai L, Fritz D, Stefanovic L, Stefanovic B (2010). "Binding of LARP6 to the conserved 5' stem-loop regulates translation of mRNAs encoding type I collagen". J. Mol. Biol. 395 (2): 309–26. doi:10.1016/j.jmb.2009.11.020. PMC 2826804. PMID 19917293.
Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, et al. (2006). "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks". Cell. 127 (3): 635–48. doi:10.1016/j.cell.2006.09.026. PMID 17081983.
Glenn HL, Wang Z, Schwartz LM (2010). "Acheron, a Lupus antigen family member, regulates integrin expression, adhesion, and motility in differentiating myoblasts". Am. J. Physiol., Cell Physiol. 298 (1): C46–55. doi:10.1152/ajpcell.00387.2009. PMC 2806151. PMID 19889961.
Valavanis C, Wang Z, Sun D, et al. (2007). "Acheron, a novel member of the Lupus Antigen family, is induced during the programmed cell death of skeletal muscles in the moth Manduca sexta". Gene. 393 (1–2): 101–9. doi:10.1016/j.gene.2007.01.033. PMC 2739619. PMID 17383118.
Barbe L, Lundberg E, Oksvold P, et al. (2008). "Toward a confocal subcellular atlas of the human proteome". Mol. Cell. Proteomics. 7 (3): 499–508. doi:10.1074/mcp.M700325-MCP200. PMID 18029348.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000166173 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000034839 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-5] "Entrez Gene: La ribonucleoprotein domain family".

[6] Valavanis, C., Wang, Z., Sun, D., Vaine, M., Schwartz, L. M. Acheron, a novel member of the lupus antigen family, is induced during the programmed cell death of skeletal muscles in the moth Manduca sexta. Gene 393: 101-109, 2007. PubMed: 17383118

[UniProt-7] "UniProt, Q9BRS8". Pristupljeno 15. 7. 2021.

[8] Hussain, R. H., Zawawi, M., Bayfield, M. A. Conservation of RNA chaperone activity of the human La-related proteins 4, 6 and 7. Nucleic Acids Res. 41: 8715-8725, 2013. PubMed: 23887937

[pmid21873549-9] Strawbridge RJ, Dupuis J, Prokopenko I, et al. (august 2011). "Genome-Wide Association Identifies Nine Common Variants Associated With Fasting Proinsulin Levels and Provides New Insights Into the Pathophysiology of Type 2 Diabetes". Diabetes. 60 (10): 2624–34. doi:10.2337/db11-0415. PMC 3178302. PMID 21873549.

[5]

[1]

[2]

[3]

[4]

[6]

[7]

[8]

[9]