Lizin-demetilaza 8 je proteinenzim koji je kod ljudi kodiran genom KDM8.[5]

KDM8
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

3UYJ, 4AAP, 4GAZ, 4GJY, 4GJZ, 4QU1

Identifikatori
AliasiKDM8
Vanjski ID-jeviOMIM: 611917 MGI: 1924285 HomoloGene: 49791 GeneCards: KDM8
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 16 (čovjek)
Hrom.Hromosom 16 (čovjek)[1]
Hromosom 16 (čovjek)
Genomska lokacija za KDM8
Genomska lokacija za KDM8
Bend16p12.1Početak27,203,508 bp[1]
Kraj27,221,768 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 7 (miš)
Hrom.Hromosom 7 (miš)[2]
Hromosom 7 (miš)
Genomska lokacija za KDM8
Genomska lokacija za KDM8
Bend7|7 F3Početak125,043,848 bp[2]
Kraj125,061,441 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija dioxygenase activity
chromatin binding
oxidoreductase activity
vezivanje iona metala
histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity
histone demethylase activity
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
GO:0070122 peptidase activity
hydrolase activity
aminopeptidase activity
endopeptidase activity
2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity
methylated histone binding
Ćelijska komponenta jedro
nukleoplazma
citosol
hromosom
Biološki proces GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
ćelijski ciklus
G2/M transition of mitotic cell cycle
GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
histone H3-K36 demethylation
transcription, DNA-templated
Proteoliza
GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
protein destabilization
circadian regulation of gene expression
GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated
rhythmic process
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001145348
NM_024773

NM_029842

RefSeq (bjelančevina)

NP_001138820
NP_079049

NP_084118

Lokacija (UCSC)Chr 16: 27.2 – 27.22 MbChr 7: 125.04 – 125.06 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Patricia Hartz (2008) mapirala je gen JMJD5 na hromosom 16p12.1, na osnovu poravnanja sekvence JMJD5 (GenBank AK225066) sa genomskom sekvencom (gradnja 36.1).

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 416 aminokiselina, a molekulska težina 47.270 Da.[6]

Simboli
1020304050
MAGDTHCPAEPLAREGTLWEALRALLPHSKEDLKLDLGEKVERSVVTLLQ
RATELFYEGRRDECLQSSEVILDYSWEKLNTGTWQDVDKDWRRVYAIGCL
LKALCLCQAPEDANTVAAALRVCDMGLLMGAAILGDILLKVAAILQTHLP
GKRPARGSLPEQPCTKKARADHGLIPDVKLEKTVPRLHRPSLQHFREQFL
VPGRPVILKGVADHWPCMQKWSLEYIQEIAGCRTVPVEVGSRYTDEEWSQ
TLMTVNEFISKYIVNEPRDVGYLAQHQLFDQIPELKQDISIPDYCSLGDG
EEEEITINAWFGPQGTISPLHQDPQQNFLVQVMGRKYIRLYSPQESGALY
PHDTHLLHNTSQVDVENPDLEKFPKFAKAPFLSCILSPGEILFIPVKYWH
YVRALDLSFSVSFWWS

Funkcija

uredi

Ovaj gen vjerovatno kodira histonsku lizin-demetilazu. Studije sličnih proteina na miševima ukazuju na potencijalnu ulogu ovog proteina kao supresora tumora. Opisane su i alternativno prerađene varijante transkripta.

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000155666 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000030752 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: Lysine demethylase 8". Pristupljeno 9. 4. 2016.
  6. ^ "UniProt, Q8N371". Pristupljeno 6. 7. 2021.

Dopunska literatura

uredi