LSM4
LSm4 (engleski: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LSM4.[5][6][7]
Sm-oliki proteini identificirani su u različitim organizmima na osnovu homolognih sekvenci sa porodicom Sm-proteina (vidi SNRPD2; MIM 601061). Sm- slični proteini sadrže motiv sekvence Sm koji se sastoji od dvije regije odvojene linkerom promjenjive dužine koji se savija kao petlja. Smatra se da sm-oliki proteini tvore stabilni heteromer, prisutan u tri-snRNP česticama, koje su važne za preradu pre-iRNK (prema OMIMu).[7]
Kloniranje i ekspresija
urediU potrazi za ljudskim Sm-sličnim proteinima, Achsel et al. (1999) našli su da su frakcionirani proteini prisutni u pročišćenim (U4 / U6.U5) tri-snRNP-ima i izolirali 7 Sm-sličnih proteina, koje su nazvali LSm2-LSm8. Koristeći djelomičnu sekvencu peptida za pretraživanja baze podataka, identificirali su i sekvencirali EST klonove. Koristeći dodatnu sekvencu, dobijenu PCR amplifikacijom HeLa cDNK biblioteke, sastavili su sekvence cDNK pune dužine za LSM2-LSM8.
Salgado-Garrido et al. (1999) pretražili su sekvence baze podataka za Sm proteine i identificirali 16 potencijalnih gena povezanih sa Sm u kvascima, kao i neke gene povezane sa Sm kod ljud i Archaebacteria. Koristeći višestruko poravnanje Sm domena, izgradili su Sm i Sm filogenetsko stablo proteina kvasca, čovjeka i Archaea.
Aminokiselinska sekvenca
uredi- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLPLSLLKTA | QNHPMLVELK | NGETYNGHLV | SCDNWMNINL | REVICTSRDG | ||||
| DKFWRMPECY | IRGSTIKYLR | IPDEIIDMVK | EEVVAKGRGR | GGLQQQKQQK | ||||
| GRGMGGAGRG | VFGGRGRGGI | PGTGRGQPEK | KPGRQAGKQ |
Funkcija gena
urediKoristeći elektronsku mikroskopiju, Achsel et al. (1999) su primijetili da pročišćeni LSm proteini tvore heteromer koji je stabilan čak i u odsustvu RNK i pokazuje strukturu u obliku krofne sličnu strukturi RNP jezgra Sm. Pokazali su da se pročišćeni LSm heteromer specifično veže za U6 snRNK na svom U-traktu s tri glavna terminala. Oni su također pokazali da LSm proteini olakšavaju stvaranje U4 / U6 RNK dupleksa in vitro i zaključili su da LSm proteini mogu imati ulogu u stvaranju U4 / U6 snRNP.
Koristeći eksperimente imunoprecipitacije, Salgado-Garrido et al. (1999) zaključili su da u kvascu postoji kompleks od sedam Sm-sličnih proteina vezanih za RNK. Lsm2-Lsm8 koprecipitiraju U4, U5 i U6 snRNK i direktno se povezuju s U6 snRNK prisutnom u slobodnom U6 snRNP. Pored toga, utvrđeno je da su proteini kvasca Lsm2-Lsm7 povezani s pre-RNase P RNA, ali ne i sa zrelom RNase RNA. Koristeći eksperimente imunoprecipitacije iz ekstrakata ljudskih ćelija, Salgado-Garrido et al. (1999) pokazali su da su proteini LSM3 i LSM4 specifično povezani sa snRNP kompleksima, koji sadrže U6 snRNK. Zaključili su da se Sm i Sm-slični proteini okupljaju u najmanje dva funkcionalno konzervirana kompleksa dubokog evolucijskog porijekla.
Prekidajući Sm i Sm-slične gene u kvascu, također su zaključili su da su poremećaji gena koji kodiraju Sm-slične proteine direktno povezani sa U6 snRNK (Lsm2-8) stvorili varijabilne fenotipove. Lsm2, Lsm3, Lsm4 i Lsm8 su neophodni za vegetativni rast. Lsm5, Lsm6 i Lsm7 nisu bitni za rast; međutim, njihovi poremećaji dovode do usporenog rasta, posebno na povišenoj temperaturi. Nivoi U6 snRNK bili su snažno smanjeni u sojevima koji prekrivaju poremećaje Lsm5, Lsm6 i Lsm7. Lsm1 i Lsm9 su neophodni za vegetativni rast, ali Lsm1 je potreban za optimalan vegetativni rast na 30 stepeni i osjetljiv je na temperaturu.
Ingelfinger et al. (2002) utvrdili su da su ljudski LSM1 do LSM7, ali ne i LSM8, izraženi u HeLa ćelijama unutar citoplazmatskih žarišta. Žarišta su također sadržavala enzim za razgradnju (DCP1 / 2) i egzonukleazu XRN1. Koekspresija divljih i mutiranih LSM proteina, kao i prijenos energije fluorescentne rezonancije, ukazali su da LSM proteini tvore kompleks sličan onome koji se nalazi u kvascu. Zaključili su da žarišta sadrže djelimično ili potpuno sastavljene mehanizme za razgradnju iRNK.[8][9][10]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000130520 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000031848 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Salgado-Garrido J, Bragado-Nilsson E, Kandels-Lewis S, Seraphin B (Aug 1999). "Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin". EMBO J. 18 (12): 3451–62. doi:10.1093/emboj/18.12.3451. PMC 1171424. PMID 10369684.
- ^ Achsel T, Brahms H, Kastner B, Bachi A, Wilm M, Luhrmann R (Dec 1999). "A doughnut-shaped heteromer of human Sm-like proteins binds to the 3'-end of U6 snRNA, thereby facilitating U4/U6 duplex formation in vitro". EMBO J. 18 (20): 5789–802. doi:10.1093/emboj/18.20.5789. PMC 1171645. PMID 10523320.
- ^ a b "Entrez Gene: LSM4 LSM4 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae)".
- ^ Achsel, T., Brahms, H., Kastner, B., Bachi, A., Wilm, M., Luhrmann, R. A doughnut-shaped heteromer of human Sm-like proteins binds to the 3-prime end of U6 snRNA, thereby facilitating U4/U6 duplex formation in vitro. EMBO J. 18: 5789-5802, 1999. [PubMed]: 10523320
- ^ Ingelfinger, D., Arndt-Jovin, D. J., Luhrmann, R., Achsel, T. The human LSm1-7 proteins colocalize with the mRNA-degrading enzymes Dcp1/2 and Xrn1 in distinct cytoplasmic foci. RNA 8: 1489-1501, 2002. [PubMed]: 12515382
- ^ Salgado-Garrido, J., Bragado-Nilsson, E., Kandels-Lewis, S., Seraphin, B. Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin. EMBO J. 18: 3451-3462, 1999. [PubMed]: 10369684
Dopunska literatura
uredi- Singer J, Roberts-Ems J, Luthardt FW, Riggs AD (1980). "Methylation of DNA in mouse early embryos, teratocarcinoma cells and adult tissues of mouse and rabbit". Nucleic Acids Res. 7 (8): 2369–85. doi:10.1093/nar/7.8.2369. PMC 342390. PMID 523320.
- Friesen WJ, Dreyfuss G (2000). "Specific sequences of the Sm and Sm-like (Lsm) proteins mediate their interaction with the spinal muscular atrophy disease gene product (SMN)". J. Biol. Chem. 275 (34): 26370–5. doi:10.1074/jbc.M003299200. PMID 10851237.
- Hu RM, Han ZG, Song HD, et al. (2000). "Gene expression profiling in the human hypothalamus-pituitary-adrenal axis and full-length cDNA cloning". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97 (17): 9543–8. Bibcode:2000PNAS...97.9543H. doi:10.1073/pnas.160270997. PMC 16901. PMID 10931946.
- Eystathioy T, Peebles CL, Hamel JC, et al. (2002). "Autoantibody to hLSm4 and the heptameric LSm complex in anti-Sm sera". Arthritis Rheum. 46 (3): 726–34. doi:10.1002/art.10220. PMID 11920408.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Lührmann R, Achsel T (2003). "The human LSm1-7 proteins colocalize with the mRNA-degrading enzymes Dcp1/2 and Xrnl in distinct cytoplasmic foci". RNA. 8 (12): 1489–501. doi:10.1017/S1355838202021726 (neaktivno 11. 1. 2021). PMC 1370355. PMID 12515382.CS1 održavanje: DOI nije aktivan od 2021 (link)
- Lehner B, Sanderson CM (2004). "A Protein Interaction Framework for Human mRNA Degradation". Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10.1101/gr.2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Fürst J, Schedlbauer A, Gandini R, et al. (2005). "ICln159 folds into a pleckstrin homology domain-like structure. Interaction with kinases and the splicing factor LSm4". J. Biol. Chem. 280 (35): 31276–82. doi:10.1074/jbc.M500541200. PMID 15905169.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005Natur.437.1173R. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
- Yang ZQ, Streicher KL, Ray ME, et al. (2007). "Multiple interacting oncogenes on the 8p11-p12 amplicon in human breast cancer". Cancer Res. 66 (24): 11632–43. doi:10.1158/0008-5472.CAN-06-2946. PMID 17178857.
- Ewing RM, Chu P, Elisma F, et al. (2007). "Large-scale mapping of human protein–protein interactions by mass spectrometry". Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.