GPBP1
Vaskulin jest protein koji je kod ljudi kodiran genom GPBP1 sa hromosoma 5.[5][6]
Aminokiselinska sekvenca uredi
Dužina polipeptidnog lanca je 473 aminokiseline, а molekulska težina 53.339 Da.[7]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MAQHDFAPAW | LNFPTPPSST | KSSLNFEKHS | ENFAWTENRY | DVNRRRHNSS | ||||
| DGFDSAIGRP | NGGNFGRKEK | NGWRTHGRNG | TENINHRGGY | HGGSSRSRSS | ||||
| IFHAGKSQGL | HENNIPDNET | GRKEDKRERK | QFEAEDFPSL | NPEYEREPNH | ||||
| NKSLAAGVWE | YPPNPKSRAP | RMLVIKKGNT | KDLQLSGFPV | VGNLPSQPVK | ||||
| NGTGPSVYKG | LVPKPAAPPT | KPTQWKSQTK | ENKVGTSFPH | ESTFGVGNFN | ||||
| AFKSTAKNFS | PSTNSVKECN | RSNSSSPVDK | LNQQPRLTKL | TRMRTDKKSE | ||||
| FLKALKRDRV | EEEHEDESRA | GSEKDDDSFN | LHNSNSTHQE | RDINRNFDEN | ||||
| EIPQENGNAS | VISQQIIRSS | TFPQTDVLSS | SLEAEHRLLK | EMGWQEDSEN | ||||
| DETCAPLTED | EMREFQVISE | QLQKNGLRKN | GILKNGLICD | FKFGPWKNST | ||||
| FKPTTENDDT | ETSSSDTSDD | DDV |
Funkcija uredi
Nedavna analiza supresivne suptraktivne hibridizacije na ljudskoj RNK izvedenoj iz aterosklerotskih plakova otkrila je gene povećane regulacije u plakovima s trombom u odnosu na stabilne plakove. Klon SSH6, koji sadrži dio navodno otvorenog okvira čitanja nepoznatog proteina, dodatno je istražen. cDNK pune dužine, koja kodira protein od 473-aminokiselina (aa), identificirana je u biblioteci cDNK vaskularnih ćelija glatkih mišića (SMC). Bioinformatička pretraga sugerirala je prisustvo više varijanti SSH6 zbog alternativne prerade egzona 3.[5]
Analiza više tkiva Northern blotom pokazala je različit obrazac ekspresije ovih varijanti, jer je sveprisutno izražena SSH6 iRNK kojoj nedostaje egzon 3, otkrivena i van navodnog vaskularnog SMC-specifičnog oblika koji sadrži egzon 3. Western blot analiza pokazala je sveprisutni protein od 35 kDa (SSH6-beta), pored proteina od 45 kDa (vaskulin), otkrivenog u vaskularnom zidu i plazmi. Analiza arterija koje pokazuju različite faze ateroskleroze pokazala je da se omjer vaskulin/SSH6-beta povećava tokom aterogeneze. Imunohistokemijska pretraga pokazala je citoplazmatsku ekspresiju produkata gena SSH6 u makrofagima, endotelnim ćelijama i SMC-ima. Ukratko, identificirna je novua IRNK/protein, vaskulin, u arterijskom zidu i plazmi. Regulirana ekspresija vaskulina u plakovima ukazuje na ulogu u aterogenezi. Štaviše, njegovo prisustvo u plazmi otvara perspektive za vaskulin kao marker za aterosklerozu.[5]
Reference uredi
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000062194 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000032745 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b c Bijnens AP, Gils A, Jutten B, Faber BC, Heeneman S, Kitslaar PJ, Tordoir JH, de Vries CJ, Kroon AA, Daemen MJ, Cleutjens KB (Oct 2003). "Vasculin, a novel vascular protein differentially expressed in human atherogenesis". Blood. 102 (8): 2803–10. doi:10.1182/blood-2003-01-0306. PMID 12842993.
- ^ "Entrez Gene: GPBP1 GC-rich promoter binding protein 1".
- ^ "UniProt, Q86WP2" (jezik: engleski). Pristupljeno 15. 10. 2021.
Dopunska literatura uredi
- Szafranski K, Schindler S, Taudien S, et al. (2008). "Violating the splicing rules: TG dinucleotides function as alternative 3' splice sites in U2-dependent introns". Genome Biol. 8 (8): R154. doi:10.1186/gb-2007-8-8-r154. PMC 2374985. PMID 17672918.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Hsu LC, Liu S, Abedinpour F, et al. (2003). "The murine G+C-rich promoter binding protein mGPBP is required for promoter-specific transcription". Mol. Cell. Biol. 23 (23): 8773–85. doi:10.1128/MCB.23.23.8773-8785.2003. PMC 262660. PMID 14612417.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, et al. (2001). "Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing". EMBO Rep. 1 (3): 287–92. doi:10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.