Lizin-specifična demetilaza 2A (KDM2A), znana i kao F-boksni i lucinlm bogati ponavljajući protein 11 (FBXL11) je enzim koji je kod ljudi kodiran genom KDM2A.[5][6][7] KDM2A je član natporodice alfa-ketoglutarat-zavisnih hidroksilaza, koje su proteini koji ne sadrže hem i sadrže gvožđe.

KDM2A
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

2YU1, 2YU2, 4BBQ

Identifikatori
AliasiKDM2A
Vanjski ID-jeviOMIM: 605657 MGI: 1354736 HomoloGene: 56564 GeneCards: KDM2A
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 11 (čovjek)
Hrom.Hromosom 11 (čovjek)[1]
Hromosom 11 (čovjek)
Genomska lokacija za KDM2A
Genomska lokacija za KDM2A
Bend11q13.2Početak67,119,263 bp[1]
Kraj67,258,082 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 19 (miš)
Hrom.Hromosom 19 (miš)[2]
Hromosom 19 (miš)
Genomska lokacija za KDM2A
Genomska lokacija za KDM2A
Bend19|19 APočetak4,364,447 bp[2]
Kraj4,448,313 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije




Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija vezivanje sa DNK
oxidoreductase activity
vezivanje iona cinka
dioxygenase activity
vezivanje iona metala
histone demethylase activity
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Ćelijska komponenta nukleoplazma
jedro
Biološki proces double-strand break repair via nonhomologous end joining
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
histone H3-K36 demethylation
transcription, DNA-templated
GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
negative regulation of transcription by competitive promoter binding
circadian regulation of gene expression
regulation of circadian rhythm
rhythmic process
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001256405
NM_012308

NM_001001984

RefSeq (bjelančevina)

NP_001243334
NP_036440

NP_001001984

Lokacija (UCSC)Chr 11: 67.12 – 67.26 MbChr 19: 4.36 – 4.45 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 1.162 aminokiseline, a molekulska težina 132.793 Da.[8].

1020304050
MEPEEERIRYSQRLRGTMRRRYEDDGISDDEIEGKRTFDLEEKLHTNKYN
ANFVTFMEGKDFNVEYIQRGGLRDPLIFKNSDGLGIKMPDPDFTVNDVKM
CVGSRRMVDVMDVNTQKGIEMTMAQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSH
TRLENMVQRPSTVDFIDWVDNMWPRHLKESQTESTNAILEMQYPKVQKYC
LMSVRGCYTDFHVDFGGTSVWYHIHQGGKVFWLIPPTAHNLELYENWLLS
GKQGDIFLGDRVSDCQRIELKQGYTFVIPSGWIHAVYTPTDTLVFGGNFL
HSFNIPMQLKIYNIEDRTRVPNKFRYPFYYEMCWYVLERYVYCITNRSHL
TKEFQKESLSMDLELNGLESGNGDEEAVDREPRRLSSRRSVLTSPVANGV
NLDYDGLGKTCRSLPSLKKTLAGDSSSDCSRGSHNGQVWDPQCAPRKDRQ
VHLTHFELEGLRCLVDKLESLPLHKKCVPTGIEDEDALIADVKILLEELA
NSDPKLALTGVPIVQWPKRDKLKFPTRPKVRVPTIPITKPHTMKPAPRLT
PVRPAAASPIVSGARRRRVRCRKCKACVQGECGVCHYCRDMKKFGGPGRM
KQSCVLRQCLAPRLPHSVTCSLCGEVDQNEETQDFEKKLMECCICNEIVH
PGCLQMDGEGLLNEELPNCWECPKCYQEDSSEKAQKRKMEESDEEAVQAK
VLRPLRSCDEPLTPPPHSPTSMLQLIHDPVSPRGMVTRSSPGAGPSDHHS
ASRDERFKRRQLLRLQATERTMVREKENNPSGKKELSEVEKAKIRGSYLT
VTLQRPTKELHGTSIVPKLQAITASSANLRHSPRVLVQHCPARTPQRGDE
EGLGGEEEEEEEEEEEDDSAEEGGAARLNGRGSWAQDGDESWMQREVWMS
VFRYLSRRELCECMRVCKTWYKWCCDKRLWTKIDLSRCKAIVPQALSGII
KRQPVSLDLSWTNISKKQLTWLVNRLPGLKDLLLAGCSWSAVSALSTSSC
PLLRTLDLRWAVGIKDPQIRDLLTPPADKPGQDNRSKLRNMTDFRLAGLD
ITDATLRLIIRHMPLLSRLDLSHCSHLTDQSSNLLTAVGSSTRYSLTELN
MAGCNKLTDQTLIYLRRIANVTLIDLRGCKQITRKACEHFISDLSINSLY
CLSDEKLIQKIS

Funkcija

uredi

Ovaj gen kodira člana porodice proteinska F-kutija koju karakterizira približno 40 aminokiselinskih motiva, F-kutija. Proteini F-kutije čine jednu od četiri podjedinice kompleksa ubikvitin protein-ligaze pod nazivom SCF (SKP1-kulin-F-kutija), koji funkcioniraju u fosforilaciji-zavisnoj sveprisutnoj upotrebi. Proteini F-boksa su podijeljeni u tri klase: Fbws koji sadrže domene WD-40, Fbls koji sadrže ponavljanja bogata leucinom i Fbx koji sadrže ili različite module interakcije protein-protein ili bez prepoznatljivih motiva. Protein kodiran ovim genom pripada klasi Fbls i, osim F-boks-a, sadrži najmanje šest visoko degeneriranih ponavljanja bogatih leucinom.[7]

FBXL11/KDM2A je histon H3 lizin 36 demetilazni enzim. Enzimska aktivnost FBXL11/KDM2A oslanja se na konzervirani domen JmjC u N-kraju proteina koji koordinira gvožđe i alfaketoglutarat, kako bi katalizirao demetilaciju putem mehanizam zasnovanog na hidroksilaciji.[9] Nedavno je pokazano da domen koji veže ZF-CxxC DNK unutar FBXL11/KDM2A ima sposobnost interakcije s nemetiliranom DNK i taj domen cilja FBXL11/KDM2A na otočnim regijama genoma CpG-a, gdje posebno uklanja metilacija histon H3-lizin 36.[10] Ovaj mehanizam djeluje tako da stvara hromatinsko okruženje na CpG otocima koji ističe ove regulatorne elemente i razlikuje ih od neregulativnih regija u velikim složenim genomima sisara. U istraživanju na mišjim hepatocitima pokazalo se da ovaj gen regulira jetrenu glukoneogenezu.[11]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000173120 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000054611 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Hirosawa M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (Jul 1999). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro". DNA Res. 6 (1): 63–70. doi:10.1093/dnares/6.1.63. PMID 10231032.
  6. ^ Winston JT, Koepp DM, Zhu C, Elledge SJ, Harper JW (Dec 1999). "A family of mammalian F-box proteins". Curr Biol. 9 (20): 1180–2. doi:10.1016/S0960-9822(00)80021-4. PMID 10531037. S2CID 14341845.
  7. ^ a b "Entrez Gene: FBXL11 F-box and leucine-rich repeat protein 11".
  8. ^ "UniProt, Q9Y2K7". Pristupljeno 23. 8. 2021.
  9. ^ Tsukada Y, Fang J, Erdjument-Bromage H, Warren ME, Borchers CH, Tempst P, Zhang Y (februar 2006). "Histone demethylation by a family of JmjC domain-containing proteins". Nature. 439 (7078): 811–6. doi:10.1038/nature04433. PMID 16362057. S2CID 4415889.
  10. ^ Blackledge NP, Zhou JC, Tolstorukov MY, Farcas AM, Park PJ, Klose RJ (Apr 2010). "CpG islands recruit a histone H3 lysine 36 demethylase". Molecular Cell. 38 (2): 179–90. doi:10.1016/j.molcel.2010.04.009. PMC 3098377. PMID 20417597.
  11. ^ Pan D, Mao C, Zou T, Yao AY, Cooper MP, Boyartchuk V, Wang YX (2012). "The Histone Demethylase Jhdm1a Regulates Hepatic Gluconeogenesis". PLOS Genetics. 8 (6): e1002761. doi:10.1371/journal.pgen.1002761. PMC 3375226. PMID 22719268.

Dopunska literatura

uredi

Vanjski linkovi

uredi