CDC42BPB

CDC42BPB
Dostupne strukture
PDB	Pretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova
	3QFV, 3TKU, 4UAK, 4UAL
Identifikatori
Aliasi	CDC42BPB
Vanjski ID-jevi	OMIM: 614062 MGI: 2136459 HomoloGene: 55945 GeneCards: CDC42BPB
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 14 (čovjek)
Kraj	103,057,549 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 12 (miš)
Kraj	111,344,152 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• aktivnost sa transferazom; • protein kinase activity; • nucleotide binding; • vezivanje iona metala; • kinase activity; • protein serine/threonine kinase activity; • ATP binding; • magnesium ion binding; • GO:0032403 protein-containing complex binding; • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine;
Ćelijska komponenta	• citoplazma; • membrana; • cell-cell junction; • ćelijska membrana; • međućelijske veze; • cell leading edge; • actomyosin; • citoskelet; • Egzosom; • lamellipodium; • projekcija ćelije;
Biološki proces	• GO:0007243 intracellular signal transduction; • Fosforilacija; • actomyosin structure organization; • establishment or maintenance of cell polarity; • protein phosphorylation; • cytoskeleton organization; • Ćelijska migracija; • GO:0072468 Transdukcija signala; • actin cytoskeleton organization; • actin cytoskeleton reorganization; • peptidyl-threonine phosphorylation;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	9578
	217866
	ENSG00000198752
	ENSMUSG00000021279
	Q9Y5S2; Q86XZ8
	Q7TT50
	NM_006035
	NM_183016
	NP_006026; NP_006026.3
	NP_898837
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

CDC42 vezujuća protein-kinaza beta je protein koji je kod ljudi kodiran genom CDC42BPB.^[5]

Analizom hibridnog zračenja i fluerescentnom hibridizacijom in situ, Moncrieff et al. (1999) lociralui su gen CDC42BPB u hromosomskoj regiji 14q32.3.^[6]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.711 aminokiselina, a molekulska težina 194.315 Da.^[7].

10	20	30	40	50
MSAKVRLKKL	EQLLLDGPWR	NESALSVETL	LDVLVCLYTE	CSHSALRRDK
YVAEFLEWAK	PFTQLVKEMQ	LHREDFEIIK	VIGRGAFGEV	AVVKMKNTER
IYAMKILNKW	EMLKRAETAC	FREERDVLVN	GDCQWITALH	YAFQDENHLY
LVMDYYVGGD	LLTLLSKFED	KLPEDMARFY	IGEMVLAIDS	IHQLHYVHRD
IKPDNVLLDV	NGHIRLADFG	SCLKMNDDGT	VQSSVAVGTP	DYISPEILQA
MEDGMGKYGP	ECDWWSLGVC	MYEMLYGETP	FYAESLVETY	GKIMNHEERF
QFPSHVTDVS	EEAKDLIQRL	ICSRERRLGQ	NGIEDFKKHA	FFEGLNWENI
RNLEAPYIPD	VSSPSDTSNF	DVDDDVLRNT	EILPPGSHTG	FSGLHLPFIG
FTFTTESCFS	DRGSLKSIMQ	SNTLTKDEDV	QRDLEHSLQM	EAYERRIRRL
EQEKLELSRK	LQESTQTVQS	LHGSSRALSN	SNRDKEIKKL	NEEIERLKNK
IADSNRLERQ	LEDTVALRQE	REDSTQRLRG	LEKQHRVVRQ	EKEELHKQLV
EASERLKSQA	KELKDAHQQR	KLALQEFSEL	NERMAELRAQ	KQKVSRQLRD
KEEEMEVATQ	KVDAMRQEMR	RAEKLRKELE	AQLDDAVAEA	SKERKLREHS
ENFCKQMESE	LEALKVKQGG	RGAGATLEHQ	QEISKIKSEL	EKKVLFYEEE
LVRREASHVL	EVKNVKKEVH	DSESHQLALQ	KEILMLKDKL	EKSKRERHNE
MEEAVGTIKD	KYERERAMLF	DENKKLTAEN	EKLCSFVDKL	TAQNRQLEDE
LQDLAAKKES	VAHWEAQIAE	IIQWVSDEKD	ARGYLQALAS	KMTEELEALR
SSSLGSRTLD	PLWKVRRSQK	LDMSARLELQ	SALEAEIRAK	QLVQEELRKV
KDANLTLESK	LKDSEAKNRE	LLEEMEILKK	KMEEKFRADT	GLKLPDFQDS
IFEYFNTAPL	AHDLTFRTSS	ASEQETQAPK	PEASPSMSVA	ASEQQEDMAR
PPQRPSAVPL	PTTQALALAG	PKPKAHQFSI	KSFSSPTQCS	HCTSLMVGLI
RQGYACEVCS	FACHVSCKDG	APQVCPIPPE	QSKRPLGVDV	QRGIGTAYKG
HVKVPKPTGV	KKGWQRAYAV	VCDCKLFLYD	LPEGKSTQPG	VIASQVLDLR
DDEFSVSSVL	ASDVIHATRR	DIPCIFRVTA	SLLGAPSKTS	SLLILTENEN
EKRKWVGILE	GLQSILHKNR	LRNQVVHVPL	EAYDSSLPLI	KAILTAAIVD
ADRIAVGLEE	GLYVIEVTRD	VIVRAADCKK	VHQIELAPRE	KIVILLCGRN
HHVHLYPWSS	LDGAEGSFDI	KLPETKGCQL	MATATLKRNS	GTCLFVAVKR
LILCYEIQRT	KPFHRKFNEI	VAPGSVQCLA	VLRDRLCVGY	PSGFCLLSIQ
GDGQPLNLVN	PNDPSLAFLS	QQSFDALCAV	ELESEEYLLC	FSHMGLYVDP
QGRRARAQEL	MWPAAPVACS	CSPTHVTVYS	EYGVDVFDVR	TMEWVQTIGL
RRIRPLNSEG	TLNLLNCEPP	RLIYFKSKFS	GAVLNVPDTS	DNSKKQMLRT
RSKRRFVFKV	PEEERLQQRR	EMLRDPELRS	KMISNPTNFN	HVAHMGPGDG
MQVLMDLPLS	AVPPSQEERP	GPAPTNLARQ	PPSRNKPYIS	WPSSGGSEPS
VTVPLRSMSD	PDQDFDKEPD	SDSTKHSTPS	NSSNPSGPPS	PNSPHRSQLP
LEGLEQPACD	T

Cloning :Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Koristeći CDC42 kao sondu u skriningu za ekspresiju biblioteke cDNK ljudskog mozga, Leung et al. (1998) dobili su djelimičnu cDNK za CDC42BPB, koju su označili kao MRCK-beta. Dobili su cDNK pune dužine koja kodira Mrck-beta i srodni protein Mrck-alfa (CDC42BPA) iz biblioteke cDNK pacova. Izvedeni pacovski proteini Mrck-alfa i Mrck-beta sadrže 1.732, odnosno 1.702 aminokiseline. Obje imaju N-terminalni kinazni domen, nakon čega slijedi centralna upredena zavojnica , regija bogata cisteinom, domen homologije plekstrina (PLEK; PH) i C-terminalna p21 GTPaza-vezujući domen. Northern blot analizom otkrivena je ekspresija Mrck-beta u svim ispitivanim tkivima pacova, s najvećom ekspresijom u bubrezima i plućima. Ekspresija MRCK-alfa i MRCK-beta takođe je otkrivena i u HeLa ćelijama.

RT-PCR analizom, gornjepomenuti Moncrieff et al. (1999) klonirali su ljudski CDC42BPB pune dužine iz iRNK ljudskog fetusnog mozga. Izvedeni protein sadrži 1.711 aminokiselina. Dijeli 90% aminokiselinskog identiteta i konzerviranost strukture pacovskog domena Cdc42bpb. Northern blot analiza otkrila je glavni transkript od 7 kb u svim ispitivanim ljudskim tkivima, s najvećom ekspresijom u srcu, mozgu i posteljici.

Funkcija

Ovaj gen kodira člana porodice serin/treonin protein- kinaza. Kodirani protein sadrži Cdc42/ Rac-vezujući p21 vezujući domen nalik na domen PAK-kinaza. Kinazni domen ovog proteina najuže je povezan sa domenom miotonusne distrofije kinaznog ROK-a. Studije sličnog gena kod pacova sugerirale su da ova kinaza može djelovati kao efektor nizvodnog procesa Cdc42 u eorganizaciji citoskeleta.

Ng et al. (2004) pokazali su da izolirani motiv inhibicije kinaze MRCK-gama (CDC42BPG) veže kinazne domene MRCK-alfa i MRCK-beta i inhibira njihovo katalitsko djelovanje.^[8]

Analizom imunoprecipitacije, Tan et al. (2008) otkrili su da je Lrap35a (LURAP1) u interakciji s Mrck-alfa i Mrck-beta te sa citoskeletnim miozinom Myo18a u ekstraktima pscovskog mozga. Sličan kompleks MRCK, LRAP35A i MYO18A identificiran je u ljudskim ćelijskim linijama. Studije nokdauna i prekomerne ekspresije otkrile su da je MRCK kompleks odgovoran za sastavljanje lamelnih snopova aktomiozina i subjedarne mreže aktomiozina. LRAP35A je funkcionirao kao protein-adapter koji se neovisno vezao za MYO18A i MRCK. Vezivanje LRAP35A na motiv inhibicije kinaze MRCK aktivira MRCK za fosforilaciju MYO18A. Kompleks MRCK kretao se u skladu s retrogradnim protokom snopova aktomiozina i bio je potreban za protruziju i migraciju ćelija.^[9]

Koristeći 2-hibridnu analizu kvasca, Huo et sl. (2011) otkrili su da se MRCK-beta veže za C-terminalni ZU5 domen ZO1 (TJP1). Interakcija je vjerovatno prouzrokovala konformacijsku promjenu u ZU5 domenu. Kotransfekcija MRCK-beta i ZO1 dovela je do istaknute kolokalizacije dva proteina na prednjoj ivici ćelija COS-7. Analiza mutacije pokazala je da je ZU5 domen ZO1 potreban za ciljanje MRCK-beta na vodeću ivicu. Formiranje kompleksa ZO1-MRCK-beta zahtijevalo je nanošenje MRCK-beta CDC42. Prekid ZO1 / MRCK-beta kompleksa inhibirao je MRCK-beta-posredovanu migraciju ćelija.^[10]^[11]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000198752 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021279 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Entrez Gene: CDC42 binding protein kinase beta". Pristupljeno 31. 5. 2017.
^ Moncrieff, C. L., Bailey, M. E. S., Morrison, N., Johnson, K. J. Cloning and chromosomal localization of human Cdc42-binding protein kinase-beta. Genomics 57: 297-300, 1999. PubMed: 10198171
^ "UniProt, Q9Y5S2". Pristupljeno 22. 7. 2021.
^ Ng, Y., Tan, I., Lim, L., Leung, T. Expression of the human myotonic dystrophy kinase-related Cdc42-binding kinase gamma is regulated by promoter DNA methylation and Sp1 binding. J. Biol. Chem. 279: 34156-34164, 2004. PubMed: 15194684
^ Tan, I., Yong, J., Dong, J. M., Lim, L., Leung, T. A tripartite complex containing MRCK modulates lamellar actomyosin retrograde flow. Cell 135: 123-136, 2008. PubMed: 18854160
^ Huo, L., Wen, W., Wang, R., Kam, C., Xia, J., Feng, W., Zhang, M. Cdc42-dependent formation of the ZO-1/MRCK-beta complex at the leading edge controls cell migration. EMBO J. 30: 665-678, 2011. PubMed: 21240187
^ Leung, T., Chen, X.-Q., Tan, I., Manser, E., Lim, L. Myotonic dystrophy kinase-related Cdc42-binding kinase acts as a Cdc42 effector in promoting cytoskeletal reorganization. Molec. Cell. Biol. 18: 130-140, 1998. PubMed: 9418861

Dopunska literatura

Choi SH, Czifra G, Kedei N, Lewin NE, Lazar J, Pu Y, Marquez VE, Blumberg PM (2008). "Characterization of the interaction of phorbol esters with the C1 domain of MRCK (myotonic dystrophy kinase-related Cdc42 binding kinase) alpha/beta". J. Biol. Chem. 283 (16): 10543–9. doi:10.1074/jbc.M707463200. PMC 2447637. PMID 18263588.
Kim YJ, Kim NY, Lee MK, Choi HJ, Baek HJ, Nam CH (2010). "Overexpression and unique rearrangement of VH2 transcripts in immunoglobulin variable heavy chain genes in ankylosing spondylitis patients". Exp. Mol. Med. 42 (5): 319–26. doi:10.3858/emm.2010.42.5.030. PMC 2877252. PMID 20177145.
Rose JE, Behm FM, Drgon T, Johnson C, Uhl GR (2010). "Personalized smoking cessation: interactions between nicotine dose, dependence and quit-success genotype score". Mol. Med. 16 (7–8): 247–53. doi:10.2119/molmed.2009.00159. PMC 2896464. PMID 20379614.
Huo L, Wen W, Wang R, Kam C, Xia J, Feng W, Zhang M (2011). "Cdc42-dependent formation of the ZO-1/MRCKβ complex at the leading edge controls cell migration". EMBO J. 30 (4): 665–78. doi:10.1038/emboj.2010.353. PMC 3041950. PMID 21240187.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000198752 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021279 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-5] "Entrez Gene: CDC42 binding protein kinase beta". Pristupljeno 31. 5. 2017.

[6] Moncrieff, C. L., Bailey, M. E. S., Morrison, N., Johnson, K. J. Cloning and chromosomal localization of human Cdc42-binding protein kinase-beta. Genomics 57: 297-300, 1999. PubMed: 10198171

[UniProt-7] "UniProt, Q9Y5S2". Pristupljeno 22. 7. 2021.

[8] Ng, Y., Tan, I., Lim, L., Leung, T. Expression of the human myotonic dystrophy kinase-related Cdc42-binding kinase gamma is regulated by promoter DNA methylation and Sp1 binding. J. Biol. Chem. 279: 34156-34164, 2004. PubMed: 15194684

[9] Tan, I., Yong, J., Dong, J. M., Lim, L., Leung, T. A tripartite complex containing MRCK modulates lamellar actomyosin retrograde flow. Cell 135: 123-136, 2008. PubMed: 18854160

[10] Huo, L., Wen, W., Wang, R., Kam, C., Xia, J., Feng, W., Zhang, M. Cdc42-dependent formation of the ZO-1/MRCK-beta complex at the leading edge controls cell migration. EMBO J. 30: 665-678, 2011. PubMed: 21240187

[11] Leung, T., Chen, X.-Q., Tan, I., Manser, E., Lim, L. Myotonic dystrophy kinase-related Cdc42-binding kinase acts as a Cdc42 effector in promoting cytoskeletal reorganization. Molec. Cell. Biol. 18: 130-140, 1998. PubMed: 9418861

[5]

[1]

[2]

[3]

[4]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]