Wikipedia

CCDC135

Protein 135 upredene zavojnice, znan i kao CCDC135, je protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC135.[5][6]

CCDC135
Identifikatori
AliasiDRC7
Vanjski ID-jeviMGI: 2685616 HomoloGene: 12996 GeneCards: DRC7
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 16 (čovjek)
Hrom.Hromosom 16 (čovjek)[1]
Hromosom 16 (čovjek)
Genomska lokacija za CCDC135
Genomska lokacija za CCDC135
Bend16q21Početak57,694,793 bp[1]
Kraj57,731,805 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 8 (miš)
Hrom.Hromosom 8 (miš)[2]
Hromosom 8 (miš)
Genomska lokacija za CCDC135
Genomska lokacija za CCDC135
Bend8|8 C5Početak95,781,731 bp[2]
Kraj95,804,769 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
Ćelijska komponenta• citoplazma
• projekcija ćelije
• motile cilium
• Treplja
• citoskelet
Biološki proces• flagellated sperm motility
• cell motility
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

84229

330830

Ensembl

ENSG00000159625

ENSMUSG00000031786

UniProt

Q8IY82

Q6V3W6

RefSeq (mRNK)

NM_001289162
NM_001289163
NM_032269

NM_001042715

RefSeq (bjelančevina)

NP_001276091
NP_001276092
NP_115645

NP_001036180

Lokacija (UCSC)Chr 16: 57.69 – 57.73 MbChr 8: 95.78 – 95.8 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Gen

uredi

Kod ljudi, CCDC90B se nalazi na hromosomu 16. Susjedi su:[7]

  • GPR97, G-protein spregnuti receptor 97.
  • GPR56, kodira člana porodice receptora povezanih sa G-proteinima (receptor spregnut sa G-proteinom 56). Gen je uključen u regulaciju uzorka korteksa mozga. Protein se specifično veže za transglutaminazu 2 u vanćelijskom prostoru.
  • KATNB1, katanin p80 podjedinica B 1. Pomoćni protein koji pomaže ciljanju enzima na centrosom.
  • KIFC3, član porodice kinezina C3 izoforma 3. KIFC3 pripada velikoj porodici kinezina, molekulskih motora koji koriste energiju hidrolize ATP za translokaciju tereta duž mikrotubula.

Protein

uredi

Struktura

uredi

Ovaj protein karakteriziraju dva domena.[8]

  • Sekvenca jedarne lokalizacije sa rezultatom 4 u aminokiselinama 265–279. Sekvenca aminokiselina za ovu regiju je:

KKQQEIRAQEKKRLR

  • Porodica slična transglutaminazama sa E-vrijednosti 0,0018 u aminokiselinama 149–308. Sekvenca aminokiselina za ovu regiju je
CAQFVSDFLTMVPLPDPLKPPSHLYSSTTVLKYQKGNCFDFSTLLCSMLIGSGYDAYCVNGYGSLDLCHMDLTREVCPLTVKPKETIKKEEK

VLPKKYTIKPPRDLCSRFEQEQEVKKQQEIRAQEKKRLREEEERLMEAEKAKPDALHGLRVHSWVLVL

Dužina polipeptidnog lanca je 874 aminokiseline, a molekulska težina 103.497 Da[9]

Puna aminokiselinska sekvenca je
1020304050
MEVLREKVEEEEEAEREEAAEWAEWARMEKMMRPVEVRKEEITLKQETLR
DLEKKLSEIQITVSAELPAFTKDTIDISKLPISYKTNTPKEEHLLQVADN
FSRQYSHLCPDRVPLFLHPLNECEVPKFVSTTLRPTLMPYPELYNWDSCA
QFVSDFLTMVPLPDPLKPPSHLYSSTTVLKYQKGNCFDFSTLLCSMLIGS
GYDAYCVNGYGSLDLCHMDLTREVCPLTVKPKETIKKEEKVLPKKYTIKP
PRDLCSRFEQEQEVKKQQEIRAQEKKRLREEEERLMEAEKAKPDALHGLR
VHSWVLVLSGKREVPENFFIDPFTGHSYSTQDEHFLGIESLWNHKNYWIN
MQDCWNCCKDLIFDLGDPVRWEYMLLGTDKSQLSLTEEDDSGINDEDDVE
NLGKEDEDKSFDMPHSWVEQIEISPEAFETRCPNGKKVIQYKRAKLEKWA
PYLNSNGLVSRLTTYEDLQCTNILEIKEWYQNREDMLELKHINKTTDLKT
DYFKPGHPQALRVHSYKSMQPEMDRVIEFYETARVDGLMKREETPRTMTE
YYQGRPDFLSYRHASFGPRVKKLTLSSAESNPRPIVKITERFFRNPAKPA
EEDVAERVFLVAEERIQLRYHCREDHITASKREFLRRTEVDSKGNKIIMT
PDMCISFEVEPMEHTKKLLYQYEAMMHLKREEKLSRHQVWESELEVLEIL
KLREEEEAAHTLTISIYDTKRNEKSKEYREAMERMMHEEHLRQVETQLDY
LAPFLAQLPPGEKLTCWQAVRLKDECLSDFKQRLINKANLIQARFEKETQ
ELQKKQQWYQENQVTLTPEDEDLYLSYCSQAMFRIRILEQRLNRHKELAP
LKYLALEEKLYKDPRLGELQKIFA
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Protein ima 17 predviđenih alfa-heliksnih mjesta, karakterističnih za proteine sa upredenom zavojnicom i jedan predviđeni beta-list. Sljedeća slika prikazuje predviđena područja alfa-heliksa i beta-listova dva programa STRAP [10] i Quickphyre:[11] Napomena: prikazane su sekundarne konsenzusne strukture. To je izvedeno konstrukcijom višestrukim poravnavanjem sekvenci proteina sa njihovim sekundarnim strukturama (kao što je prikazano dolje). Zatim su predviđene regije unakrsno provjerene pomoću programa Quickphyre Arhivirano 30. 4. 2017. na Wayback Machine.

 

Predviđena svojstva

uredi
Tranzicijski peptidi hloroplasta: Nema
Signalni vrhovi: Da[8]
Sekvenca jedarne lokalizacije: KKQQEIRAQEKKRLR
Mjesta C-manozilacije: Nijedno (međutim, predviđeno je 14 mjesta s ocjenom nižom od praga.[13])
Ciljanje mitohondrija: Nema
Mjesta N-glikozilacije: Da
Sekvenca gi|223941912 na pozicijama 100 i 493 sa potencijalima of 0,7200, odnosno 0,6031.

Ćelijska lokacija

uredi

Predviđa se da je CCDC135 citosolno /jedarni protein [14] with no transmembrane spans or segments. It is predicted to contain at least 56 specific phosphorylation sites[15] koji uključuju: 20 mjesta fosforilacija proteina-kinaza C, 11 mjesta fosforilacije kazein-kinaze II i osam mjesta ovisnih o fosforilaciji cAMP/cGMP.

Također se predviđa da aminokiselinska sekvenca sadrži 10 sumoilacija [16] ns pozicijama K236, K236, K45, K773, K499, K679, K249, K167, K540, K445, and K292.

Homologija

uredi
 
Sekvenca sa označenim CCDC135.

LRRC57 je izuzetno dobro konzerviran, kao što je prikazano u bilješci sekvence s desne strane. Anotacija sekvence kreirana je pomoću 20 ortologa prikazanih u donjoj tabeli i pripremljena je pomoću ClustalX2[17] i ClustalW (u programu Biology Workbench).[18]

Sljedeća tabela pruža nekoliko detalja o ortolozima ljudske verzije CCDC135. Ovi ortolozi su prikupljeni iz BLAT-a.[19] u pretragom BLAST-a ,[20]

Vrsta Uobičsjrni naziv organizma Pristup bazi NCBI Identitet sekvence (%) Sličnost sekvence (%) Dužina (aminokiseline) Uobičajena oznaka gena
Homo sapiens Čovjek NP_115645.4 100 100 874 Domen upredene zavojnice ljudi 135 (CCDC135)
Macaca mulatta Rezus majmun XP_001100628.1 96 98 830 Predcviđajnje: slično otvorenom okviru čitanja 50 hromosoma 16
Bos taurus Govedo NP_001033120.1 86 93 872 Protein 135 upredene zavojnice
Canis familiaris Pas XP_544386.2 85 92 903 Predviđanje: slično otvorenom okviru čitanja 50 hromosoma 16
Equus caballus Konj XP_001915581 81 87 831 Predviđanje: slično domenuupredene zavojnice 135
Rattus norvegicus Pacov NP_001099639 84 91 874 hypothetical protein LOC291853
Mus musculus Miš NP_001036180 82 90 876 Domen upredene zavojnice sa proteinom 135
Ornithorhynchus anatinus Kljunar XP_001508368.1 71 85 860 Predviđanje: slično proteinu 135 domena upredene zavojnice
Monodelphis domestica Oposum XP_001363193.1 70 84 866 Predviđanje: hipotetska proteinska izoforma 1
Gallus gallus Kokoš XP_425101.2 57 72 868 Predviđanje: hipotetski protein
Taeniopygia guttata Zebrasta zeba XP_002195392.1 50 67 731 - Xenopus troicalis Žaba NP_001072331.1 56 71 856 Protein 135 domena upredene zavojnice
Danio rerio Zebrica XP_683491 46 66 721 Slično proteinu 135 domena upredene zavojnice
Tetraodon nigroviridis Tetraodon CAG07272 42 59 526 Neimenovani proteinski proizvod
Nematostella vectensis Morska sasa XP_001632291 53 70 817 Predviđeni protein
Branchiostoma floridae Floridski kopljar XP_002610594 51 71 850 Hipotetski protein BRAFLDRAFT_275841
Ciona intestinalis Morski mlaz XP_002123665 49 69 837 Slično proteinu 135 domena upredene zavojnice
Anopheles gambiae Komarac XP_312247.4 32 49 662 AGAP002677-PA
Nasonia vitripennis Vaš XP_001607094 34 55 868 Predviđanje: hipotetski protein
Drosophila melanogaster Vinska mušica NP_001036757.1 28 47 897 CG34110

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000159625 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000031786 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B, Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (mart 2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
  6. ^ "Entrez Gene: coiled-coil domain containing 135".
  7. ^ http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?insideX=115&revCmplDisp=0&hgsid=157359316&hgt.out1=1.5x&position=chr16%3A56276931-56332628&hgtgroup_map_close=0&hgtgroup_phenDis_close=1&hgtgroup_genes_close=0&hgtgroup_rna_close=0&hgtgroup_expression_close=1&hgtgroup_regulation_close=0&hgtgroup_compGeno_close=0&hgtgroup_varRep_close=1&hgtgroup_encodeGenes_close=1&hgtgroup_encodeTxLevels_close=1&hgtgroup_encodeChip_close=1&hgtgroup_encodeChrom_close=1&hgtgroup_encodeCompAndVar_close=1
  8. ^ a b http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:84229
  9. ^ "UniProt, Q8IY82". Pristupljeno 4. 7. 2021.
  10. ^ http://www.bioinformatics.org/strap/
  11. ^ http: //www.sbg .bio.ic.ac.uk / ~ phyre /
  12. ^ "ExPASy". SIB Switzerland. 5. 1. 2009. Pristupljeno 14. 5. 2009.
  13. ^ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetCGlyc/
  14. ^ "Archived copy". Arhivirano s originala, 29. 3. 2009. Pristupljeno 9. 5. 2010.CS1 održavanje: arhivirana kopija u naslovu (link)
  15. ^ "Arhivirana kopija". Arhivirano s originala, 9. 7. 2021. Pristupljeno 4. 7. 2021.CS1 održavanje: arhivirana kopija u naslovu (link)
  16. ^ http://www.abgent.com/tools/sumoplot
  17. ^ "Clustal Home Page". Pristupljeno 4. 5. 2009.
  18. ^ http://workbench.sdsc.edu/
  19. ^ "BLAT Search Genome". Pristupljeno 4. 5. 2009.
  20. ^ "BLAST". Pristupljeno 4. 5. 2009.

Vanjski linkovi

uredi
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=CCDC135&oldid=3551277"