Protein 13D pridružen vakuolskom sortiranju jest protein koji je kod ljudi kodiran genom VPS13D sa hromosoma 1.[5]

VPS13D
Identifikatori
AliasiVPS13D
Vanjski ID-jeviOMIM: 608877 MGI: 2448530 HomoloGene: 15583 GeneCards: VPS13D
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za VPS13D
Genomska lokacija za VPS13D
Bend1p36.22-p36.21Početak12,230,030 bp[1]
Kraj12,512,047 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 4 (miš)
Hrom.Hromosom 4 (miš)[2]
Hromosom 4 (miš)
Genomska lokacija za VPS13D
Genomska lokacija za VPS13D
Bend4|4 E1Početak144,699,192 bp[2]
Kraj144,921,575 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije




Više referentnih podataka o ekspresiji
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_018156
NM_015378

NM_001033190
NM_001128198
NM_001276465
NM_001276502

RefSeq (bjelančevina)

NP_056193
NP_060626

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 1: 12.23 – 12.51 MbChr 4: 144.7 – 144.92 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 4.388 aminokiselina, a molekulska težina 491.916 Da.[6]

1020304050
MLEGLVAWVLNTYLGKYVNNLNTDQLSVALLKGAVELENLPLKKDALKEL
ELPFEVKAGFIGKVTLQIPFYRPHVDPWVISISSLHLIGAPEKIQDFNDE
KEKLLERERKKALLQALEEKWKNDRQQKGESYWYSVTASVVTRIVENIEL
KIQDVHLRFEDGVTNPSHPFAFGICIKNVSMQNAVNEPVQKLMRKKQLDV
AEFSIYWDVDCTLLGDLPQMELQEAMARSMESRSHHYVLEPVFASALLKR
NCSKKPLRSRHSPRIDCDIQLETIPLKLSQLQYRQIMEFLKELERKERQV
KFRRWKPKVAISKNCREWWYFALNANLYEIREQRKRCTWDFMLHRARDAV
SYTDKYFNKLKGGLLSTDDKEEMCRIEEEQSFEELKILRELVHDRFHKQE
ELAESLREPQFDSPGACPGAPEPGGGSGMLQYLQSWFPGWGGWYGQQTPE
GNVVEGLSAEQQEQWIPEEILGTEEFFDPTADASCMNTYTKRDHVFAKLN
LQLQRGTVTLLHKEQGTPQMNESAFMQLEFSDVKLLAESLPRRNSSLLSV
RLGGLFLRDLATEGTMFPLLVFPNPQKEVGRVSQSFGLQTTSADRSDHYP
AADPDGPVFEMLYERNPAHSHFERRLNVSTRPLNIIYNPQAIKKVADFFY
KGKVHTSGFGYQSELELRVAEAARRQYNKLKMQTKAEIRQTLDRLLVGDF
IEESKRWTVRLDISAPQVIFPDDFKFKNPVLVVVDLGRMLLTNTQDNSRR
KSRDGSASEETQFSDDEYKTPLATPPNTPPPESSSSNGEKTPPFSGVEFS
EEQLQAHLMSTKMYERYSLSFMDLQIMVGRVKDNWKHVQDIDVGPTHVVE
KFNVHLQLERRLIYTSDPKYPGAVLSGNLPDLKIHINEDKISALKNCFAL
LTTPEMKTSDTQIKEKIFPQEEQRGSLQDSVMNLTQSIVLLEQHTREVLV
ESQLLLAEFKVNCMQLGVESNGRYISVLKVFGTNAHFVKRPYDAEVSLTV
HGLLLVDTMQTYGADFDLLMASHKNLSFDIPTGSLRDSRAQSPVSGPNVA
HLTDGATLNDRSATSVSLDKILTKEQESLIKLEYQFVSSECPSMNLDSTL
QVISLQVNNLDIILNPETIVELIGFLQKSFPKEKDDLSPQPLMTDFERSF
REQGTYQSTYEQNTEVAVEIHRLNLLLLRTVGMANREKYGRKIATASIGG
TKVNVSMGSTFDMNGSLGCLQLMDLTQDNVKNQYVVSIGNSVGYENIISD
IGYFESVFVRMEDAALTEALSFTFVERSKQECFLNLKMASLHYNHSAKFL
KELTLSMDELEENFRGMLKSAATKVTTVLATKTAEYSEMVSLFETPRKTR
EPFILEENEIYGFDLASSHLDTVKLILNINIESPVVSIPRKPGSPELLVG
HLGQIFIQNFVAGDDESRSDRLQVEIKDIKLYSLNCTQLAGREAVGSEGS
RMFCPPSGSGSANSQEEAHFTRHDFFESLHRGQAFHILNNTTIQFKLEKI
PIERESELTFSLSPDDLGTSSIMKIEGKFVNPVQVVLAKHVYEQVLQTLD
NLVYSEDLNKYPASATSSPCPDSPLPPLSTCGESSVERKENGLFSHSSLS
NTSQKSLSVKEVKSFTQIQATFCISELQVQLSGDLTLGAQGLVSLKFQDF
EVEFSKDHPQTLSIQIALHSLLMEDLLEKNPDSKYKNLMVSRGAPKPSSL
AQKEYLSQSCPSVSNVEYPDMPRSLPSHMEEAPNVFQLYQRPTSASRKKQ
KEVQDKDYPLTPPPSPTVDEPKILVGKSKFDDSLVHINIFLVDKKHPEFS
SSYNRVNRSIDVDFNCLDVLITLQTWVVILDFFGIGSTADNHAMRLPPEG
ILHNVKLEPHASMESGLQDPVNTKLDLKVHSLSLVLNKTTSELAKANVSK
LVAHLEMIEGDLALQGSIGSLSLSDLTCHGEFYRERFTTSGEEALIFQTF
KYGRPDPLLRREHDIRVSLRMASVQYVHTQRFQAEVVAFIQHFTQLQDVL
GRQRAAIEGQTVRDQAQRCSRVLLDIEAGAPVLLIPESSRSNNLIVANLG
KLKVKNKFLFAGFPGTFSLQDKESVPSASPTGIPKHSLRKTTSTEEPRGT
HSQGQFTMPLAGMSLGSLKSEFVPSTSTKQQGPQPTLSVGQESSSPEDHV
CLLDCVVVDLQDMDIFAAERHPREYSKAPEDSSGDLIFPSYFVRQTGGSL
LTEPCRLKLQVERNLDKEISHTVPDISIHGNLSSVHCSLDLYKYKLIRGL
LENNLGEPIEEFMRPYDLQDPRIHTVLSGEVYTCMCFLIDMVNVSLELKD
PKRKEGAGSLARFDFKKCKLLYESFSNQTKSINLVSHSMMAFDTRYAGQK
TSPGMTNVFSCIFQPAKNSSTTQGSIQIELHFRSTKDSSCFTVVLNNLRV
FLIFDWLLLVHDFLHTPSDIKKQNHVTPSRHRNSSSESAIVPKTVKSGVV
TKRSSLPVSNERHLEVKVNVTGTEFVVIEDVSCFDTNAIILKGTTVLTYK
PRFVDRPFSGSLFGIEVFSCRLGNEHDTALSIVDPVQIQMELVGNSSYQN
SSGLMDAFNSEDFPPVLEIQLQALDIRLSYNDVQLFLAIAKSIPEQANAA
VPDSVALESDSVGTYLPGASRVGEEIREGTRHTLDPVLELQLARLQELGF
SMDDCRKALLACQGQLKKAASWLFKNAEPLKSLSLASTSRDSPGAVAAPL
ISGVEIKAESVCICFIDDCMDCDVPLAELTFSRLNFLQRVRTSPEGYAHF
TLSGDYYNRALSGWEPFIEPWPCSVSWQQQAASRLHPPRLKLEAKAKPRL
DINITSVLIDQYVSTKESWMADYCKDDKDIESAKSEDWMGSSVDPPCFGQ
SLPLVYLRTRSTASLTNLEHQIYARAEVKTPKRRQPFVPFALRNHTGCTL
WFATLTTTPTRAALSHSGSPGVVPEGNGTFLDDTHNVSEWREVLTGEEIP
FEFEARGKLRHRHTHDLRIHQLQVRVNGWEQVSPVSVDKVGTFFRYAAPD
KNSSSSTIGSPSSRTNIIHPQVYFSSLPPVRVVFAVTMEGSARKVITVRS
ALIVRNRLETPMELRLDSPSAPDKPVVLPAIMPGDSFAVPLHLTSWRLQA
RPKGLGVFFCKAPIHWTNVVKTAEISSSKRECHSMDTEKSRFFRFCVAIK
KENYPDYMPSNIFSDSAKQIFRQPGHTIYLLPTVVICNLLPCELDFYVKG
MPINGTLKPGKEAALHTADTSQNIELGVSLENFPLCKELLIPPGTQNYMV
RMRLYDVNRRQLNLTIRIVCRAEGSLKIFISAPYWLINKTGLPLIFRQDN
AKTDAAGQFEEHELARSLSPLLFCYADKEQPNLCTMRIGRGIHPEGMPGW
CQGFSLDGGSGVRALKVIQQGNRPGLIYNIGIDVKKGRGRYIDTCMVIFA
PRYLLDNKSSHKLAFAQREFARGQGTANPEGYISTLPGSSVVFHWPRNDY
DQLLCVRLMDVPNCIWSGGFEVNKNNSFHINMRDTLGKCFFLRVEITLRG
ATYRISFSDTDQLPPPFRIDNFSKVPVVFTQHGVAEPRLRTEVKPMTSLD
YAWDEPTLPPFITLTVKGAGSSEINCNMNDFQDNRQLYYENFIYIAATYT
FSGLQEGTGRPVASNKAITCAELVLDVSPKTQRVILKKKEPGKRSQLWRM
TGTGMLAHEGSSVPHNPNKPSAARSTEGSAILDIAGLAAVTDNRYEPLML
RKPDRRRSTTQTWSFREGKLTCGLHGLVVQAKGGLSGLFDGAEVVLGPDT
SMELLGPVPPEQQFINQKMRPGSGMLSIRVIPDGPTRALQITDFCHRKSS
RSYEVDELPVTEQELQKLKNPDTEQELEVLVRLEGGIGLSLINKVPEELV
FASLTGINVHYTQLATSHMLELSIQDVQVDNQLIGTTQPFMLYVTPLSNE
NEVIETGPAVQVNAVKFPSKSALTNIYKHLMITAQRFTVQIEEKLLLKLL
SFFGYDQAESEVEKYDENLHEKTAEQGGTPIRYYFENLKISIPQIKLSVF
TSNKLPLDLKALKSTLGFPLIRFEDAVINLDPFTRVHPYETKEFIINDIL
KHFQEELLSQAARILGSVDFLGNPMGLLNDVSEGVTGLIKYGNVGGLIRN
VTHGVSNSAAKFAGTLSDGLGKTMDNRHQSEREYIRYHAATSGEHLVAGI
HGLAHGIIGGLTSVITSTVEGVKTEGGVSGFISGLGKGLVGTVTKPVAGA
LDFASETAQAVRDTATLSGPRTQAQRVRKPRCCTGPQGLLPRYSESQAEG
QEQLFKLTDNIQDEFFIAVENIDSYCVLISSKAVYFLKSGDYVDREAIFL
EVKYDDLYHCLVSKDHGKVYVQVTKKAVSTSSGVSIPGPSHQKPMVHVKS
EVLAVKLSQEINYAKSLYYEQQLMLRLSENREQLELDS

Funkcija

uredi

Ovaj gen kodira protein koji pripada porodici gena vakuolskih-sortirajućih proteina-13. U kvascima, vakuolno-protein-sortirajući-13 proteini uključeni su u promet membranskih proteina između trans-Golgi jeve mreže i prevakuolskog odjeljka.

Iako za ovaj gen može postojati nekoliko varijanti transkripta, do danas su opisane pune prirode samo dvije. Ova dva predstavljaju glavne varijante ovog gena i kodiraju različite izoforme.[5]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000048707 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000020220 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b "Entrez Gene: VPS13D vacuolar protein sorting 13 homolog D (S. cerevisiae)".
  6. ^ "UniProt, Q5THJ4" (jezik: eng.). Pristupljeno 29. 11. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)

Dopunska literatura

uredi