Pretpostavljeni faktor prerade RNK, arginin/serinom bogati protein 14 je protein koji je kod ljudi kodiran genom SFRS14.[5][6]

SFRS14
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

1X4P

Identifikatori
AliasiSUGP2
Vanjski ID-jeviOMIM: 607993 MGI: 2678085 HomoloGene: 8923 GeneCards: SUGP2
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 19 (čovjek)
Hrom.Hromosom 19 (čovjek)[1]
Hromosom 19 (čovjek)
Genomska lokacija za SFRS14
Genomska lokacija za SFRS14
Bend19p13.11Početak18,990,888 bp[1]
Kraj19,034,023 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 8 (miš)
Hrom.Hromosom 8 (miš)[2]
Hromosom 8 (miš)
Genomska lokacija za SFRS14
Genomska lokacija za SFRS14
Bend8|8 B3.3Početak70,234,226 bp[2]
Kraj70,279,915 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije




Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija nucleic acid binding
vezivanje sa RNK
Ćelijska komponenta jedro
nukleoplazma
nuclear body
Biološki proces mRNA processing
GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing
Prerada RNK
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_001017392
NM_014884
NM_001321697
NM_001321698
NM_001321699

NM_001352071

NM_001168290
NM_172755

RefSeq (bjelančevina)
NP_001017392
NP_001308626
NP_001308627
NP_001308628
NP_055699

NP_001339000

NP_001161762
NP_766343

Lokacija (UCSC)Chr 19: 18.99 – 19.03 MbChr 8: 70.23 – 70.28 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi
Simboli
1020304050
MAARRITQETFDAVLQEKAKRYHMDASGEAVSETLQFKAQDLLRAVPRSR
AEMYDDVHSDGRYSLSGSVAHSRDAGREGLRSDVFPGPSFRSSNPSISDD
SYFRKECGRDLEFSHSDSRDQVIGHRKLGHFRSQDWKFALRGSWEQDFGH
PVSQESSWSQEYSFGPSAVLGDFGSSRLIEKECLEKESRDYDVDHPGEAD
SVLRGGSQVQARGRALNIVDQEGSLLGKGETQGLLTAKGGVGKLVTLRNV
STKKIPTVNRITPKTQGTNQIQKNTPSPDVTLGTNPGTEDIQFPIQKIPL
GLDLKNLRLPRRKMSFDIIDKSDVFSRFGIEIIKWAGFHTIKDDIKFSQL
FQTLFELETETCAKMLASFKCSLKPEHRDFCFFTIKFLKHSALKTPRVDN
EFLNMLLDKGAVKTKNCFFEIIKPFDKYIMRLQDRLLKSVTPLLMACNAY
ELSVKMKTLSNPLDLALALETTNSLCRKSLALLGQTFSLASSFRQEKILE
AVGLQDIAPSPAAFPNFEDSTLFGREYIDHLKAWLVSSGCPLQVKKAEPE
PMREEEKMIPPTKPEIQAKAPSSLSDAVPQRADHRVVGTIDQLVKRVIEG
SLSPKERTLLKEDPAYWFLSDENSLEYKYYKLKLAEMQRMSENLRGADQK
PTSADCAVRAMLYSRAVRNLKKKLLPWQRRGLLRAQGLRGWKARRATTGT
QTLLSSGTRLKHHGRQAPGLSQAKPSLPDRNDAAKDCPPDPVGPSPQDPS
LEASGPSPKPAGVDISEAPQTSSPCPSADIDMKTMETAEKLARFVAQVGP
EIEQFSIENSTDNPDLWFLHDQNSSAFKFYRKKVFELCPSICFTSSPHNL
HTGGGDTTGSQESPVDLMEGEAEFEDEPPPREAELESPEVMPEEEDEDDE
DGGEEAPAPGGAGKSEGSTPADGLPGEAAEDDLAGAPALSQASSGTCFPR
KRISSKSLKVGMIPAPKRVCLIQEPKVHEPVRIAYDRPRGRPMSKKKKPK
DLDFAQQKLTDKNLGFQMLQKMGWKEGHGLGSLGKGIREPVSVGTPSEGE
GLGADGQEHKEDTFDVFRQRMMQMYRHKRANK

Kloniranje i ekspresija

uredi

Sekvenciranjem nasumično odabranih cDNK, koje odgovaraju relativno dugim transkriptima iz ljudskog mozga, Nagase et al. (1997) identificirali su djelimičnu SFRS14 cDNK, koju su nazvali KIAA0365.

Pretragom baze podataka EST i analizom genomskih sekvenci, Sampson i Hewitt (2003) identificirali su SFRS14 u punoj dužini, kao i povezanog člana porodice SURP, SF4 (SUGP1). SFRS14 kodira izvedeni protein od 1,083 aminokiseline, s procijenjenom molekulskom masom od 120,2 kD. I SF4 i SFRS14 sadrže 2 SURP motiv i jedna domen G-plohe na svojim C-krajevima. SFRS14 također sadrži N-kraj bogat argininima /serinima, što sugerira da je novi član porodice pre-iRNK faktora prerade povezanih sa SR.

Sampson i Hewitt (2003) također su klonirali mišje ortologe SF4 i SFRS14. Mišji protein Sfrs14 ima identičnu organizaciju domena i 73% identiteta sekvence sa svojim ljudskim homologom. Northern blot analiza otkrila je ekspresiju otprilike 3,5 kb SFRS14 transkripta samo u sjemenicima i fetusnom mozgu i bubrezima. RT-PCR identificirao je ekspresiju SFRS14 u skeletnim mišićima i mozgu odraslih.

Funkcija gena

uredi

Na temelju prisutnosti domena SURP, G-plohe i RS, Sampson i Hewitt (2003) sugeriraju da SFRS14 funkcionira u mehanizmima prerade preiRNK.

Struktura gena

uredi

Sampson i Hewitt (2003) utvrdili su da gen SFRS14 sadrži 12 egzona i da se proteže na 41,2 kb. SFRS14 podvrgava se [[alternativna prerada RNK|alternativnoj 3-osnovnoj preradi. Najvećem SFRS14 transkriptu nedostaje egzon 11, koji čini prva 103 bazna para UTR-a s tri prajmera.

Mapiranje

uredi

Hibridnom analizom zračenja Nagase et al. (1997) mapirali su gen SFRS14 na hromosomu 19. Analizom sekvence, Sampson i Hewitt (2003) mapirali su gene SFRS14 i SF4 unutar 300 kb, jedan od drugog, na hromosomu 19, pozicija na kratkom kraku: p13.11.[7][8]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000064607 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000036054 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Sampson ND, Hewitt JE (Feb 2003). "SF4 and SFRS14, two related putative splicing factors on human chromosome 19p13.11". Gene. 305 (1): 91–100. doi:10.1016/S0378-1119(02)01230-1. PMID 12594045.
  6. ^ "Entrez Gene: SFRS14 splicing factor, arginine/serine-rich 14".
  7. ^ Nagase, T., Ishikawa, K., Nakajima, D., Ohira, M., Seki, N., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. VII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which can code for large proteins in vitro. DNA Res. 4: 141-150, 1997. [PubMed]: 9205841
  8. ^ Sampson, N. D., Hewitt, J. E. SF4 and SFRS14, two related putative splicing factors on human chromosome 19p13.11. Gene 305: 91-100, 2003. [PubMed]: 12594045

Dopunska literatura

uredi

Vanjski linkovi

uredi

SUGP2 detalji ljudskog genoma u UCSC Genome Browser.