Mali EDRK-bogati faktor 8 je protein koji je kod ljudi kodiran genom SERF8.[5][6]

SENP8
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

1XT9, 2BKQ, 2BKR

Identifikatori
AliasiSENP8
Vanjski ID-jeviOMIM: 608659 MGI: 1918849 HomoloGene: 14084 GeneCards: SENP8
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 15 (čovjek)
Hrom.Hromosom 15 (čovjek)[1]
Hromosom 15 (čovjek)
Genomska lokacija za SENP8
Genomska lokacija za SENP8
Bend15q23Početak72,114,258 bp[1]
Kraj72,143,692 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 9 (miš)
Hrom.Hromosom 9 (miš)[2]
Hromosom 9 (miš)
Genomska lokacija za SENP8
Genomska lokacija za SENP8
Bend9|9 BPočetak59,641,542 bp[2]
Kraj59,657,993 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0070122 peptidase activity
cysteine-type peptidase activity
hydrolase activity
NEDD8-specific protease activity
endopeptidase activity
Ćelijska komponenta citosol
jedro
Biološki proces Proteoliza
protein deubiquitination
protein desumoylation
Posttranslacione modifikacije
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001166340
NM_001172109
NM_001172110
NM_001172111
NM_145204

NM_001172068
NM_001172069
NM_001172070
NM_001172071
NM_027838

RefSeq (bjelančevina)

NP_001159812
NP_001165580
NP_001165581
NP_001165582
NP_660205

NP_001165539
NP_001165540
NP_001165541
NP_001165542
NP_082114

Lokacija (UCSC)Chr 15: 72.11 – 72.14 MbChr 9: 59.64 – 59.66 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Međunarodni konzorcij za radijacijsko hibridno mapiranje locirao je gen NEDP1 na hromosomu 15 (SGC33966).

NEDD8 je protein sličan ubikvitinu koji postaje konjugiran sa podjedinicom kulina nekoliko ubikvitinskih ligaza. Ova konjugacija, koja se naziva nedilacija, potrebna je za optimalnu aktivnost ubikvitin-ligaze. NEDD8-specifične denedilaze, poput NEDP1 ili DEN1, potrebne su za obradu NEDD8 propeptida na C-terminalnom motivu diglicina i uklanjanje NEDD8 iz kulina (Gan-Erdene et al., 2003).

Aminokiselinska sekvenca uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 212 aminokiselina, a molekulska težina 24.107 Da.[7].

1020304050
MDPVVLSYMDSLLRQSDVSLLDPPSWLNDHIIGFAFEYFANSQFHDCSDH
VSFISPEVTQFIKCTSNPAEIAMFLEPLDLPNKRVVFLAINDNSNQAAGG
THWSLLVYLQDKNSFFHYDSHSRSNSVHAKQVAEKLEAFLGRKGDKLAFV
EEKAPAQQNSYDCGMYVICNTEALCQNFFRQQTESLLQLLTPAYITKKRG
EWKDLITTLAKK
Simboli

Kloniranje i ekspresija uredi

Pretragom baze podataka za sekvence slične kvascu Ulp1, nakon čega slijedi PCR biblioteke cDNK bubrega, Mendoza et al. (2003) klonirali su NEDP1. Izvedeni protein od 212 aminokiselina sadrži cisteinski domen proteaze uz bok kratkim produženjima N– i C-kraja. PCR analiza pokazala je široku ekspresiju NEDP1, sa najvećom ekspresijom u bubrezima i gušterači.

Wu et al. (2003) prečistili su DEN1 iz HeLa ćelija, na osnovu njegove sposobnosti da dededilira CUL1 supstrat. Tragajući za sekvencama sličnim tipskom DEN1 fragmentu, praćenom PCR bibliotekom cDNK fetusnog mozga, klonirali su DEN1. Western blot analiza otkrila je pročišćeni protein pri prividnoj molekulskoj masi od 24 kD.

Funkcija gena uredi

Mendoza et al (2003) potvrdili su da je rekombinantni NEDP1 eksprimiran u bakterijama obrađivao proteinski prekursor NEDD8, nakon druge glije u motivu diglicina, ali nije obrađivao protein SUMO1 ili ubikvitin. NEDP1 nije pokazao nikakvu aktivnost protiv SUMO1 pune dužine, SUMO2 ili SUMO3. Studije inhibicije i mutageneze pokazale su da je NEDP1 cistein-proteaza. NEDP1 je dekonjugirao NEDD8 iz CUL2 in vitro i iz modificiranog CUL4A in vivo.[8] Wu et al. (2003) utvrdili su da je rekombinantni DEN1 vezao NEDD8 u in vitro padajućem testu, ali je pokazao mnogo niže vezivanje za SUMO1 i ubikvitin. Pokazali su da je DEN1 obrađivao prekursorske proteine NEDD8 u zreli protein i da je DEN1 dekonjugirao hipernedilirani CUL1.[9] Gan-Erdene et al. (2003) otkrili su da je DEN1 katalizirao hidrolizu supstrata NEDD8 mnogo većom brzinom od supstrata ubikvitina. Nije katalizirao hidrolizu supstrata SUMO1.[10]

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000166192 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000051705 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Scharf JM, Endrizzi MG, Wetter A, Huang S, Thompson TG, Zerres K, Dietrich WF, Wirth B, Kunkel LM (septembar 1998). "Identification of a candidate modifying gene for spinal muscular atrophy by comparative genomics". Nature Genetics. 20 (1): 83–6. doi:10.1038/1753. PMID 9731538.
  6. ^ "Entrez Gene: SERF2 small EDRK-rich factor 2".
  7. ^ "UniProt, Q96LD8". Pristupljeno 18. 7. 2021.
  8. ^ Mendoza, H. M., Shen, L., Botting, C., Lewis, A., Chen, J., Ink, B., Hay, R. T. NEDP1, a highly conserved cysteine protease that deNEDDylates cullins. J. Biol. Chem. 278: 25637-25643, 2003. [PubMed: 12730221
  9. ^ Wu, K., Yamoah, K., Dolios, G., Gan-Erdene, T., Tan, P., Chen, A., Lee, C., Wei, N., Wilkinson, K. D., Wang, R., Pan, Z.-Q. DEN1 is a dual function protease capable of processing the C terminus of Nedd8 and deconjugating hyper-neddylated CUL1. J. Biol. Chem. 278: 28882-28891, 2003. PubMed: 12759363
  10. ^ Gan-Erdene, T., Nagamalleswari, K., Yin, L., Wu, K., Pan, Z.-Q., Wilkinson, K. D. Identification and characterization of DEN1, a deneddylase of the ULP family. J. Biol. Chem. 278: 28892-28900, 2003. PubMed: 12759362

Dopunska literatura uredi

Vanjski linkovi uredi