PEX11G
PEX11G je ljudski gen koji za peroksisome kodira biosintezu peroksisomskog faktora biogeneze 11 gama.[5]
| PEX11G | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | PEX11G, peroksisomski faktor biogeneze 11 gama | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 607583 MGI: 1920905 HomoloGene: 12298 GeneCards: PEX11G | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 19: 7.48 – 7.5 Mb | Chr 8: 3.46 – 3.47 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Aminokiselinska sekvenca
uredi- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MASLSGLASA | LESYRGRDRL | IRVLGYCCQL | VGGVLVEQCP | ARSEVGTRLL | ||||
| VVSTQLSHCR | TILRLFDDLA | MFVYTKQYGL | GAQEEDAFVR | CVSVLGNLAD | ||||
| QLYYPCEHVA | WAADARVLHV | DSSRWWTLST | TLWALSLLLG | VARSLWMLLK | ||||
| LRQRLRSPTA | PFTSPLPRGK | RRAMEAQMQS | EALSLLSNLA | DLANAVHWLP | ||||
| RGVLWAGRFP | PWLVGLMGTI | SSILSMYQAA | RAGGQAEATT | P |
Kloniranje i ekspresija
uredi
Ćelije fibroblasta ljudske kože transficirane su pcDNA3-HsPEX11γmyc ili pcDNA3-mycHsPEX11γ elektroporacijom. Dva dana nakon transfekcije, ćelije su obrađene za imunofluorescentnu mikroskopiju, antitijelima specifičnim za myc epitop tag (A, C, E i G) i PEX14 (B, D, F i H), protein peroksizomskih membrana.
U tim eksperimentima, ćelije su fiksirane, a zatim permeabilizovane sa graničnom koncentracijom digitonina, tako da antitijela imaju pristup citoplazmatski izloženim epitopima, ali ne i epitopima koji su boravili u peroksisomima.[6]
Analizom genomske sekvence i pretraživanjem baze podataka EST, koristeći kao upit PEX11B, Li et al. (2002) identificirali su PEX11G i dobili cDNK čovjeka i miša u punoj dužini. I ljudski i mišji PEX11G sadrže po 241 aminokiselinu. Filogenetička analiza utvrdila je da PEX11G predstavlja potporodicu proteina PEX11, koja se razlikuje od grane koja uključuje PEX11A i PEX11B. Northern blot analizom mišjih tkiva otkrivena je njihova specifična ekspresija, s visokim nivoima u jetri i znatno nižim nivoima u ostalim tkivima. U fibroblastima miša, ekspresija Pex11g bila je ispod nivoa detekcije. Transfekcija PEX11G označenog epitopom u ćelijsku liniju ljudskih fibroblasta otkrila je kolokalizaciju sa PEX14, proteinskim markerom peroksisoma. Analiza domena PEX11G otkrivenih u permeabiliziranim ćelijama sugerirala je da je PEX11G peroksisomski membranski protein i N– i C-kraja izložen prema citoplazmi. Tanaka et al. (2003) identificirali su PEX11G, koristeći homologiju s PEX11A. Klonirali su cDNK PEX11G-a pune dužine. pomoću RT-PCR fibroblasta pacijenta sa poremećajem biogeneze peroksisoma, grupa komplementacije 11. Izvedeni protein od 241 aminokiseline ima izračunatu molekulsku masu od oko 27 kD. PEX11G sadrži dva segmenta koji se protežu kroz membranu. Diferencijalnom permeabilizacijom, potvrdili su da su N– i C-krajevi PEX11G izloženi citosolu.
Funkcija gena
urediLi et al (2002) otkrili su da ekspresija Pex11g u jetri miša nije inducirana ciprofibratom i nije zabilježena promjena u ekspresiji Pex11g u ćelijama kojima nije bilo Pex11a ni Pex11b. Prekomjerna ekspresija gena PEX11G nije povećala obilnost peroksisoma, već inducirala tubulaciju, povećanje i nakupljanje peroksisoma.[7][8]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000104883 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000069633 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "See PEX11G peroxisomal biogenesis factor 11 gamma in the Gene database". Ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 5. 7. 2018.
- ^ Xiaoling Li, Eveline Baumgart, Gao-Xiang Dong, James C. Morrell, Gerardo Jimenez-Sanchez, David Valle, Kirby D. Smith, and Stephen J. Gould PEX11α Is Required for Peroxisome Proliferation in Response to 4-Phenylbutyrate but Is Dispensable for Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Alpha-Mediated Peroxisome Proliferation . Mol Cell Biol. 2002 Dec; 22(23): 8226–8240.
- ^ Li, X., Baumgart, E., Dong, G.-X., Morrell, J. C., Jimenez-Sanchez, G., Valle, D., Smith, K. D., Gould, S. J. PEX11-alpha is required for peroxisome proliferation in response to 4-phenylbutyrate but is dispensable for peroxisome proliferator-activated receptor alpha-mediated peroxisome proliferation. Molec. Cell. Biol. 22: 8226-8240, 2002. [PubMed]: 12417726
- ^ Tanaka, A., Okumoto, K., Fujiki, Y. cDNA cloning and characterization of the third isoform of human peroxin Pex11p. Biochem. Biophys. Res. Commun. 300: 819-823, 2003. [PubMed]: 12559946