LSR (gen)
Lipolizno stimulirani lipoproteinski receptor je protein koji je kod ljudi kodiran genom LSR.[5][6]
Kloniranje i ekspresija uredi
Koristeći analizu imunoprecipitacije, Yen et al. (1999) otkrili su da je Lsr pacova izražen kao heterotrimer ili tetramer, koji se sastoji od podjedinica 68-kD alfa i 56-kD beta. Klonirali su tri prerađene varijante pacova Lsr. Alfa podjedinica 593 sa aminokiseline ima N-terminalne hidrofobne regije, praćene NPGY motivom, signalom za ciljanje dileucinskih lizosoma, transmembranskog domena, translacijom sekvence TNF-alfa receptora i C-terminalnim klasterom pozitivno i negativno nabijenih ostataka, koji mogu pružiti mjesto vezanja za apolipoprotein. Alfa-primarnoj podjedinici od 574 aminokiseline nedostaje motiv dileucina, a beta podjedinici sa 525 aminokiselina nedostaje dileucinski motiv, transmembranski domen i sekvenca translacija TNF-alfa receptora. Northern blot analiza tkiva pacova otkrila je ekspresiju transkripata od 2,1 i 1,9 kb, prvenstveno u jetri. Western blot analiza pokazala je ekspresiju 66-kD i 58-kD proteina, u skladu s izračunatim molekulskim masama Lsr-alfa i -beta.
Analizom Northern blot-a, Mesli et al. (2004) otkrili su Lsr iRNK u svim testiranim tkivima odraslih miševa, osim u mišićima i srcu. Lsr iRNK bila je najzastupljenija u jetri, plućima, crijevima, bubrezima, jajnicima i sjemenicima. Analiza imunofluorescencije pokazala je ekspresiju na periferiji hepatocita u jetri odraslih i fetusa 12. dana embriona (E12) i E15. Kloniranjem ekspresije zasnovane na lokaciji u psećim ćelijama bubrega, pomoću biblioteke cDNK ljudskog karcinoma debelog crijeva, Masuda et al. (2011) pokazali su da je ljudski LSR komponenta trićelijskih uskih spojeva. Ljudski LSR sadrži 581 aminokiselinu i ima vanćelijski domen imunoglobulina, praćen transmembranskim i citoplazmatskim domenom. Analiza imunofluorescencije potvrdila je da se Lsr miša lokalizirao na trićelijskim tijesnim vezama u epitelnim ćelijama.[7]
Analizom baze podataka, Hemmasi et al. (2015) identificirali su šest izoformi ljudskog LSR, koje su rezultat alternativne prerade ili pokretanja diferencijalne translacije. Protein pune dužine sadrži 649 aminokiselina. U ostalim izoformama nedostaju mali unutarćelijski segmenti, mali vanćrlijski segmenti i/ili transmembranski domen i regija bogata cisteinom. PCR analiza ljudske cDNK ćelija karcinoma debelog crijeva otkrila je dodatnu varijantu koja kodira izoformu u kojoj nedostaje veliki dio središnjeg regiona, uključujući transmembranski domen i regiju bogatu cisteinom.[8]
Funkcija gena uredi
Koristeći eksperimente inhibicije i transfekcije, Yen et al. (1999) pronašli su pacova Lsr s vezanim lipoproteinom male gustine (LDL). Imunofluorescentna mikroskopija pokazala je da je za unos LDL potrebno prisustvo i Lsr-alfa i -beta i oleata. Masuda et al. (2011) otkrili su da suzbijanje Lsr putem interferencije RNK u epitelnim ćelijama miša inhibira stvaranje čvrstih spojeva, ekspresiju epitelne barijere i lokalizaciju tricelulina (MARVELD2) na trićelijskim kontaktima. Analiza mutacija pokazala je da je citoplazmatski domen miša Lsr regrutovao tricelulin u trićelijske kontakte. Koristeći rekombinantne komponente toksina (CST) Clostridium spiroforme, Papatheodorou et al. (2012) pokazali su da je CST ušao u ljudske ćelijske linije kroz LSR i da je LSR potreban za toksičnost.
Clostridium difficile je ljudski crijevni patogen koji uzrokuje proljev izazvan antibioticima i pseudomembranozni kolitis. Hemmasi et al. (2015) pokazali su da je C kraj transferaze (CDT), C. difficile, koji posreduje u kolapsu ćelijskog aktinskog citoskeleta i eventualnoj ćelijskoj smrti, u interakciji s vanćelijskim, Ig-sličnim domenom ljudskog LSR s visokim afinitetom. Krnje LSR posredovano CRISPR/Casp9 pokazalo je da unutarćelijski domeni LSR nisu potrebni za ciljanje plazmamembrane i ćelijsko preuzimanje CDT-a.[9][10][11]
Reference uredi
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000105699 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000001247 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Yen FT, Masson M, Clossais-Besnard N, Andre P, Grosset JM, Bougueleret L, Dumas JB, Guerassimenko O, Bihain BE (Jun 1999). "Molecular cloning of a lipolysis-stimulated remnant receptor expressed in the liver". J Biol Chem. 274 (19): 13390–8. doi:10.1074/jbc.274.19.13390. PMID 10224102.
- ^ "Entrez Gene: LSR lipolysis stimulated lipoprotein receptor".
- ^ Masuda, S., Oda, Y., Sasaki, H., Ikenouchi, J., Higashi, T., Akashi, M., Nishi, E., Furuse, M. LSR defines cell corners for tricellular tight junction formation in epithelial cells. J. Cell Sci. 124: 548-555, 2011. [PubMed]: 21245199
- ^ Hemmasi et al. (2015) izvijestili su da gen LSR sadrži 10 egzona. Hemmasi, S., Czulkies, B. A., Schorch, B., Veit, A., Aktories, K., Papatheodorou, P. Interaction of the Clostridium difficile binary toxin CDT and its host cell receptor, lipolysis-stimulated lipoprotein receptor (LSR). J. Biol. Chem. 290: 14031-14044, 2015. [PubMed]: 25882847
- ^ Mesli, S., Javorschi, S., Berard, A. M., Landry, M., Priddle, H., Kivlichan, D., Smith, A. J., Yen, F. T., Bihain, B. E., Darmon, M. Distribution of the lipolysis stimulated receptor in adult and embryonic murine tissues and lethality of LSR -/- embryos at 12.5 to 14.5 days of gestation.Europ. J. Biochem. 271: 3103-3114, 2004. [PubMed[]: 15265030
- ^ Papatheodorou, P., Wilczek, C., Nolke, T., Guttenberg, G., Hornuss, D., Schwan, C., Aktories, K.Identification of the cellular receptor of Clostridium spiroforme toxin. Infect. Immun. 80: 1418-1423, 2012. PubMed: 22252869
- ^ Yen, F. T., Masson, M., Clossias-Besnard, N., Andre, P., Grosset, J.-M., Bougueleret, L., Dumas, J.-B., Guerassimenko, O., Bihain, B. E. Molecular cloning of a lipolysis-stimulated remnant receptor expressed in rat liver. J. Biol. Chem. 274: 13390-13398, 1999. [PubMed]: 10224102
Dopunska literatura uredi
- García JM, Peña C, García V, et al. (2008). "Prognostic value of LISCH7 mRNA in plasma and tumor of colon cancer patients". Clin. Cancer Res. 13 (21): 6351–8. doi:10.1158/1078-0432.CCR-07-0882. PMID 17975147.
- Otsuki T, Ota T, Nishikawa T, et al. (2007). "Signal sequence and keyword trap in silico for selection of full-length human cDNAs encoding secretion or membrane proteins from oligo-capped cDNA libraries". DNA Res. 12 (2): 117–26. doi:10.1093/dnares/12.2.117. PMID 16303743.
- Kim JE, Tannenbaum SR, White FM (2005). "Global phosphoproteome of HT-29 human colon adenocarcinoma cells". J. Proteome Res. 4 (4): 1339–46. doi:10.1021/pr050048h. PMID 16083285.
- Benzinger A, Muster N, Koch HB, et al. (2005). "Targeted proteomic analysis of 14-3-3 sigma, a p53 effector commonly silenced in cancer". Mol. Cell. Proteomics. 4 (6): 785–95. doi:10.1074/mcp.M500021-MCP200. PMID 15778465.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Jin J, Smith FD, Stark C, et al. (2004). "Proteomic, functional, and domain-based analysis of in vivo 14-3-3 binding proteins involved in cytoskeletal regulation and cellular organization". Curr. Biol. 14 (16): 1436–50. doi:10.1016/j.cub.2004.07.051. PMID 15324660. S2CID 2371325.
- Grimwood J, Gordon LA, Olsen A, et al. (2004). "The DNA sequence and biology of human chromosome 19". Nature. 428 (6982): 529–35. doi:10.1038/nature02399. PMID 15057824.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.