LSR (gen)

(Preusmjereno sa LSR)

Lipolizno stimulirani lipoproteinski receptor je protein koji je kod ljudi kodiran genom LSR.[5][6]

LSR (gen)
Identifikatori
AliasiLSR
Vanjski ID-jeviOMIM: 616582 MGI: 1927471 HomoloGene: 9306 GeneCards: LSR
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 19 (čovjek)
Hrom.Hromosom 19 (čovjek)[1]
Hromosom 19 (čovjek)
Genomska lokacija za LSR (gen)
Genomska lokacija za LSR (gen)
Bend19q13.12Početak35,248,330 bp[1]
Kraj35,267,964 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 7 (miš)
Hrom.Hromosom 7 (miš)[2]
Hromosom 7 (miš)
Genomska lokacija za LSR (gen)
Genomska lokacija za LSR (gen)
Bend7|7 B1Početak30,657,195 bp[2]
Kraj30,672,889 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
Ćelijska komponenta chylomicron
integral component of membrane
Egzosom
membrana
low-density lipoprotein particle
very-low-density lipoprotein particle
tricellular tight junction
ćelijska membrana
Biološki proces regulation of lipid metabolic process
liver development
establishment of blood-brain barrier
tricellular tight junction assembly
protein localization to tricellular tight junction
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_001260489
NM_001260490
NM_015925
NM_205834
NM_205835

NM_001385215

NM_001164184
NM_001164185
NM_017405

RefSeq (bjelančevina)

NP_001247418
NP_001247419
NP_057009
NP_991403
NP_991404

NP_001157656
NP_001157657
NP_059101

Lokacija (UCSC)Chr 19: 35.25 – 35.27 MbChr 7: 30.66 – 30.67 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Kloniranje i ekspresija

uredi

Koristeći analizu imunoprecipitacije, Yen et al. (1999) otkrili su da je Lsr pacova izražen kao heterotrimer ili tetramer, koji se sastoji od podjedinica 68-kD alfa i 56-kD beta. Klonirali su tri prerađene varijante pacova Lsr. Alfa podjedinica 593 sa aminokiseline ima N-terminalne hidrofobne regije, praćene NPGY motivom, signalom za ciljanje dileucinskih lizosoma, transmembranskog domena, translacijom sekvence TNF-alfa receptora i C-terminalnim klasterom pozitivno i negativno nabijenih ostataka, koji mogu pružiti mjesto vezanja za apolipoprotein. Alfa-primarnoj podjedinici od 574 aminokiseline nedostaje motiv dileucina, a beta podjedinici sa 525 aminokiselina nedostaje dileucinski motiv, transmembranski domen i sekvenca translacija TNF-alfa receptora. Northern blot analiza tkiva pacova otkrila je ekspresiju transkripata od 2,1 i 1,9 kb, prvenstveno u jetri. Western blot analiza pokazala je ekspresiju 66-kD i 58-kD proteina, u skladu s izračunatim molekulskim masama Lsr-alfa i -beta.

Analizom Northern blot-a, Mesli et al. (2004) otkrili su Lsr iRNK u svim testiranim tkivima odraslih miševa, osim u mišićima i srcu. Lsr iRNK bila je najzastupljenija u jetri, plućima, crijevima, bubrezima, jajnicima i sjemenicima. Analiza imunofluorescencije pokazala je ekspresiju na periferiji hepatocita u jetri odraslih i fetusa 12. dana embriona (E12) i E15. Kloniranjem ekspresije zasnovane na lokaciji u psećim ćelijama bubrega, pomoću biblioteke cDNK ljudskog karcinoma debelog crijeva, Masuda et al. (2011) pokazali su da je ljudski LSR komponenta trićelijskih uskih spojeva. Ljudski LSR sadrži 581 aminokiselinu i ima vanćelijski domen imunoglobulina, praćen transmembranskim i citoplazmatskim domenom. Analiza imunofluorescencije potvrdila je da se Lsr miša lokalizirao na trićelijskim tijesnim vezama u epitelnim ćelijama.[7]

Analizom baze podataka, Hemmasi et al. (2015) identificirali su šest izoformi ljudskog LSR, koje su rezultat alternativne prerade ili pokretanja diferencijalne translacije. Protein pune dužine sadrži 649 aminokiselina. U ostalim izoformama nedostaju mali unutarćelijski segmenti, mali vanćrlijski segmenti i/ili transmembranski domen i regija bogata cisteinom. PCR analiza ljudske cDNK ćelija karcinoma debelog crijeva otkrila je dodatnu varijantu koja kodira izoformu u kojoj nedostaje veliki dio središnjeg regiona, uključujući transmembranski domen i regiju bogatu cisteinom.[8]

Funkcija gena

uredi

Koristeći eksperimente inhibicije i transfekcije, Yen et al. (1999) pronašli su pacova Lsr s vezanim lipoproteinom male gustine (LDL). Imunofluorescentna mikroskopija pokazala je da je za unos LDL potrebno prisustvo i Lsr-alfa i -beta i oleata. Masuda et al. (2011) otkrili su da suzbijanje Lsr putem interferencije RNK u epitelnim ćelijama miša inhibira stvaranje čvrstih spojeva, ekspresiju epitelne barijere i lokalizaciju tricelulina (MARVELD2) na trićelijskim kontaktima. Analiza mutacija pokazala je da je citoplazmatski domen miša Lsr regrutovao tricelulin u trićelijske kontakte. Koristeći rekombinantne komponente toksina (CST) Clostridium spiroforme, Papatheodorou et al. (2012) pokazali su da je CST ušao u ljudske ćelijske linije kroz LSR i da je LSR potreban za toksičnost.

Clostridium difficile je ljudski crijevni patogen koji uzrokuje proljev izazvan antibioticima i pseudomembranozni kolitis. Hemmasi et al. (2015) pokazali su da je C kraj transferaze (CDT), C. difficile, koji posreduje u kolapsu ćelijskog aktinskog citoskeleta i eventualnoj ćelijskoj smrti, u interakciji s vanćelijskim, Ig-sličnim domenom ljudskog LSR s visokim afinitetom. Krnje LSR posredovano CRISPR/Casp9 pokazalo je da unutarćelijski domeni LSR nisu potrebni za ciljanje plazmamembrane i ćelijsko preuzimanje CDT-a.[9][10][11]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000105699 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000001247 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Yen FT, Masson M, Clossais-Besnard N, Andre P, Grosset JM, Bougueleret L, Dumas JB, Guerassimenko O, Bihain BE (Jun 1999). "Molecular cloning of a lipolysis-stimulated remnant receptor expressed in the liver". J Biol Chem. 274 (19): 13390–8. doi:10.1074/jbc.274.19.13390. PMID 10224102.
  6. ^ "Entrez Gene: LSR lipolysis stimulated lipoprotein receptor".
  7. ^ Masuda, S., Oda, Y., Sasaki, H., Ikenouchi, J., Higashi, T., Akashi, M., Nishi, E., Furuse, M. LSR defines cell corners for tricellular tight junction formation in epithelial cells. J. Cell Sci. 124: 548-555, 2011. [PubMed]: 21245199
  8. ^ Hemmasi et al. (2015) izvijestili su da gen LSR sadrži 10 egzona. Hemmasi, S., Czulkies, B. A., Schorch, B., Veit, A., Aktories, K., Papatheodorou, P. Interaction of the Clostridium difficile binary toxin CDT and its host cell receptor, lipolysis-stimulated lipoprotein receptor (LSR). J. Biol. Chem. 290: 14031-14044, 2015. [PubMed]: 25882847
  9. ^ Mesli, S., Javorschi, S., Berard, A. M., Landry, M., Priddle, H., Kivlichan, D., Smith, A. J., Yen, F. T., Bihain, B. E., Darmon, M. Distribution of the lipolysis stimulated receptor in adult and embryonic murine tissues and lethality of LSR -/- embryos at 12.5 to 14.5 days of gestation.Europ. J. Biochem. 271: 3103-3114, 2004. [PubMed[]: 15265030
  10. ^ Papatheodorou, P., Wilczek, C., Nolke, T., Guttenberg, G., Hornuss, D., Schwan, C., Aktories, K.Identification of the cellular receptor of Clostridium spiroforme toxin. Infect. Immun. 80: 1418-1423, 2012. PubMed: 22252869
  11. ^ Yen, F. T., Masson, M., Clossias-Besnard, N., Andre, P., Grosset, J.-M., Bougueleret, L., Dumas, J.-B., Guerassimenko, O., Bihain, B. E. Molecular cloning of a lipolysis-stimulated remnant receptor expressed in rat liver. J. Biol. Chem. 274: 13390-13398, 1999. [PubMed]: 10224102

Dopunska literatura

uredi