LINE-1 tip transposaze sa domenom 1, znan i kao L1TD1, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom L1TD1 sa hromosoma 1.

L1TD1
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

2LR6, 3SOO

Identifikatori
AliasiL1TD1
Vanjski ID-jeviMGI: 3578435 HomoloGene: 136289 GeneCards: L1TD1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za L1TD1
Genomska lokacija za L1TD1
Bend1p31.3Početak62,194,849 bp[1]
Kraj62,212,328 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 4 (miš)
Hrom.Hromosom 4 (miš)[2]
Hromosom 4 (miš)
Genomska lokacija za L1TD1
Genomska lokacija za L1TD1
Bend4|4 C6Početak98,614,971 bp[2]
Kraj98,626,717 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija single-stranded RNA binding
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
Ćelijska komponenta ribonukleoprotein
Biološki proces transposition, RNA-mediated
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_019079
NM_001164835

NM_001081202

RefSeq (bjelančevina)

NP_001158307
NP_061952

NP_001074671

Lokacija (UCSC)Chr 1: 62.19 – 62.21 MbChr 4: 98.61 – 98.63 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 865 aminokiselina, a molekulska težina 98.850 Da.[5].

1020304050
MSDVSTSVQSKFARLAKKKENITYMKREQLTETDKDIAPVLDLKCKDVSA
IMNKFKVLMEIQDLMFEEMRETLKNDLKAVLGGKATIPEVKNSENSSSRT
EFQQIINLALQKTGMVGKIEGENSKIGDDNENLTFKLEVNELSGKLDNTN
EYNSNDGKKLPQGESRSYEVMGSMEETLCNIDDRDGNRNVHLEFTERESR
KDGEDEFVKEMREERKFQKLKNKEEVLKASREEKVLMDEGAVLTLVADLS
SATLDISKQWSNVFNILRENDFEPKFLCEVKLAFKCDGEIKTFSDLQSLR
KFASQKSSVKELLKDVLPQKEEINQGGRKYGIQEKRDKTLIDSKHRAGEI
TSDGLSFLFLKEVKVAKPEEMKNLETQEEEFSELEELDEEASGMEDDEDT
SGLEEEEEEPSGLEEEEEEEASGLEEDEASGLEEEEEQTSEQDSTFQGHT
LVDAKHEVEITSDGMETTFIDSVEDSESEEEEEGKSSETGKVKTTSLTEK
KASRRQKEIPFSYLVGDSGKKKLVKHQVVHKTQEEEETAVPTSQGTGTPC
LTLCLASPSKSLEMSHDEHKKHSHTNLSISTGVTKLKKTEEKKHRTLHTE
ELTSKEADLTEETEENLRSSVINSIREIKEEIGNLKSSHSGVLEIENSVD
DLSSRMDILEERIDSLEDQIEEFSKDTMQMTKQIISKERQRDIEERSRSC
NIRLIGIPEKESYENRAEDIIKEIIDENFAELKKGSSLEIVSACRVPSKI
DEKRLTPRHILVKFWNSSDKEKIIRASRERREITYQGTRIRLTADLSLDT
LDARSKWSNVFKVLLEKGFNPRILYPAKMAFDFRGKTKVFLSIEEFRDYV
LHMPTLRELLGNNIP

Funkcija

uredi

L1TD1 je RNK-vezujući protein koji je uključen u samoobnavljanje nediferenciranih ljudskih embrionskih matičnih ćelija i proliferacije ćelija raka. Prijavljeno je da je L1TD1 povezan s razvojem nekoliko karcinoma. [6] [7] [8] [9]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000240563 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000087166 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "UniProt, Q5T7N2" (jezik: eng.). Pristupljeno 29. 11. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
  6. ^ Iwabuchi KA, Yamakawa T, Sato Y, Ichisaka T, Takahashi K, Okita K, Yamanaka S (maj 2011). "ECAT11/L1td1 is enriched in ESCs and rapidly activated during iPSC generation, but it is dispensable for the maintenance and induction of pluripotency". PLOS ONE. 6 (5): e20461. Bibcode:2011PLoSO...620461I. doi:10.1371/journal.pone.0020461. PMC 3102727. PMID 21637830.
  7. ^ Närvä E, Rahkonen N, Emani MR, Lund R, Pursiheimo JP, Nästi J, Autio R, Rasool O, Denessiouk K, Lähdesmäki H, Rao A, Lahesmaa R (mart 2012). "RNA-binding protein L1TD1 interacts with LIN28 via RNA and is required for human embryonic stem cell self-renewal and cancer cell proliferation". Stem Cells. 30 (3): 452–60. doi:10.1002/stem.1013. PMC 3507993. PMID 22162396.
  8. ^ Wong RC, Ibrahim A, Fong H, Thompson N, Lock LF, Donovan PJ (april 2011). "L1TD1 is a marker for undifferentiated human embryonic stem cells". PLOS ONE. 6 (4): e19355. Bibcode:2011PLoSO...619355W. doi:10.1371/journal.pone.0019355. PMC 3084827. PMID 21559406.
  9. ^ Yamamoto E, Toyota M, Suzuki H, Kondo Y, Sanomura T, Murayama Y, Ohe-Toyota M, Maruyama R, Nojima M, Ashida M, Fujii K, Sasaki Y, Hayashi N, Mori M, Imai K, Tokino T, Shinomura Y (oktobar 2008). "LINE-1 hypomethylation is associated with increased CpG island methylation in Helicobacter pylori-related enlarged-fold gastritis". Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 17 (10): 2555–64. doi:10.1158/1055-9965.EPI-08-0112. PMID 18842996.

Dopunska literatura

uredi