Protein ERCC-8 ekscizijke popravke DNK jest protein koji je kod ljudi kodiran genom ERCC8.[5][6]

ERCC8
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

4A11

Identifikatori
AliasiERCC8
Vanjski ID-jeviOMIM: 609412 MGI: 1919241 HomoloGene: 62 GeneCards: ERCC8
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 5 (čovjek)
Hrom.Hromosom 5 (čovjek)[1]
Hromosom 5 (čovjek)
Genomska lokacija za ERCC8
Genomska lokacija za ERCC8
Bend5q12.1Početak60,866,454 bp[1]
Kraj60,945,073 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 13 (miš)
Hrom.Hromosom 13 (miš)[2]
Hromosom 13 (miš)
Genomska lokacija za ERCC8
Genomska lokacija za ERCC8
Bend13|13 D2.1Početak108,295,265 bp[2]
Kraj108,331,898 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija ATP-dependent activity, acting on DNA
GO:0004003 DNA helicase activity
GO:0050372 aktivnost sa transferazom ubikvitina
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
GO:0032403 protein-containing complex binding
Ćelijska komponenta nukleoplazma
nucleotide-excision repair complex
nuclear matrix
Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex
jedro
Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex
citoplazma
perikaryon
GO:0009327 makromolekulani kompleks
Biološki proces response to X-ray
protein polyubiquitination
GO:1900404 positive regulation of DNA repair
proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process
protein ubiquitination
protein autoubiquitination
transcription-coupled nucleotide-excision repair
GO:0001306 response to oxidative stress
response to UV
cellular response to DNA damage stimulus
Popravak ekscizijom nukleotida
GO:0100026 Popravka DNK
Posttranslacione modifikacije
response to auditory stimulus
GO:1904578 response to organic cyclic compound
DNA duplex unwinding
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001290285
NM_000082
NM_001007233
NM_001007234

NM_028042
NM_001362403

RefSeq (bjelančevina)

NP_000073
NP_001007234
NP_001007235
NP_001277214

NP_082318
NP_001349332

Lokacija (UCSC)Chr 5: 60.87 – 60.95 MbChr 13: 108.3 – 108.33 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 396 aminokiselina, а molekulska težina 44.055 Da.[7]

1020304050
MLGFLSARQTGLEDPLRLRRAESTRRVLGLELNKDRDVERIHGGGINTLD
IEPVEGRYMLSGGSDGVIVLYDLENSSRQSYYTCKAVCSIGRDHPDVHRY
SVETVQWYPHDTGMFTSSSFDKTLKVWDTNTLQTADVFNFEETVYSHHMS
PVSTKHCLVAVGTRGPKVQLCDLKSGSCSHILQGHRQEILAVSWSPRYDY
ILATASADSRVKLWDVRRASGCLITLDQHNGKKSQAVESANTAHNGKVNG
LCFTSDGLHLLTVGTDNRMRLWNSSNGENTLVNYGKVCNNSKKGLKFTVS
CGCSSEFVFVPYGSTIAVYTVYSGEQITMLKGHYKTVDCCVFQSNFQELY
SGSRDCNILAWVPSLYEPVPDDDETTTKSQLNPAFEDAWSSSDEEG

Funkcija

uredi

Ovaj gen kodira protein ponovljenog WD-a, koji stupa u interakciju s Cockayneovim sindromom tipa B (CSB) i p44 proteinima, a potonji je podjedinica RNK-polimeraze II transkripcijskog faktora II H . Mutacije u ovom genu identificirane su kod pacijenata s nasljednom bolešću Cockayneov sindrom (CS). CS je poremećaj ubrzanog starenja koji karakterizira fotoosjetljivost, poremećen razvoj i višesistemska progresivna degeneracija. CS ćelije su abnormalno osjetljive na ultraljubičasto zračenje i neispravne su u popravljanju transkripcijski aktivnih gena. Alternativno je za ovaj gen pronađeno više prerađenih varijanti transkripta koje kodiraju različite izoforme.[6]

Smatra se da proteini CSA i CSB funkcioniraju u transkripciji i popravkama DNK, ponajviše u popravljanju ekscizije (isijecanja) nukleotida povezanih s transkripcijom. Ćelije s nedostatkom CSA i CSB pokazuju nedostatak preferencijalne popravke UV-induciranih ciklobutanskih pirimidinskih dimera u aktivno transkribiranim genima, u skladu s neuspjelim odgovorom popravljanja ekscizije vezanih nukleotida pri transkripciji.[8] Unutar ćelije, CSA protein nalazi se na mjestima oštećenja DNK, posebno međulančanim unakrsnim vezama, dvolančanim prekidima i nekim monoadodacima.[9]

CS nastaje zbog mutacija zametne linije u bilo kojem od dva gena, CSA (ERCC8) ili CSB (ERCC6) . Mutacije CSA općenito uzrokuju umjereniji oblik CS-a od mutacija CSB.[9] Mutacije u genu CSA čine oko 20% slučajeva CS-a.[10]

Interakcije

uredi

Za ERCC8 pokazano je daima interakcije sa XAB2.[11]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000049167 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021694 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Itoh T, Shiomi T, Shiomi N, Harada Y, Wakasugi M, Matsunaga T, Nikaido O, Friedberg EC, Yamaizumi M (april 1996). "Rodent complementation group 8 (ERCC8) corresponds to Cockayne syndrome complementation group A". Mutat Res. 362 (2): 167–74. doi:10.1016/0921-8777(95)00046-1. PMID 8596535.
  6. ^ a b "Entrez Gene: ERCC8 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 8".
  7. ^ "UniProt, Q13216" (jezik: engleski). Pristupljeno 14. 10. 2021.
  8. ^ van Hoffen A, Natarajan AT, Mayne LV, van Zeeland AA, Mullenders LH, Venema J (1993). "Deficient repair of the transcribed strand of active genes in Cockayne's syndrome cells". Nucleic Acids Res. 21 (25): 5890–5. doi:10.1093/nar/21.25.5890. PMC 310470. PMID 8290349.
  9. ^ a b Iyama T, Wilson DM (2016). "Elements That Regulate the DNA Damage Response of Proteins Defective in Cockayne Syndrome". J. Mol. Biol. 428 (1): 62–78. doi:10.1016/j.jmb.2015.11.020. PMC 4738086. PMID 26616585.
  10. ^ Koch S, Garcia Gonzalez O, Assfalg R, Schelling A, Schäfer P, Scharffetter-Kochanek K, Iben S (2014). "Cockayne syndrome protein A is a transcription factor of RNA polymerase I and stimulates ribosomal biogenesis and growth". Cell Cycle. 13 (13): 2029–37. doi:10.4161/cc.29018. PMC 4111694. PMID 24781187.
  11. ^ Nakatsu Y, Asahina H, Citterio E, Rademakers S, Vermeulen W, Kamiuchi S, Yeo JP, Khaw MC, Saijo M, Kodo N, Matsuda T, Hoeijmakers JH, Tanaka K (novembar 2000). "XAB2, a novel tetratricopeptide repeat protein involved in transcription-coupled DNA repair and transcription". J. Biol. Chem. UNITED STATES. 275 (45): 34931–7. doi:10.1074/jbc.M004936200. ISSN 0021-9258. PMID 10944529.

Dopunska literatura

uredi

Vanjski linkovi

uredi