Wikipedia

Ccdc78

Protein 78 sa domenom upredene zavojnice (CCDC78) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC78. Ima nekoliko alijasa, uključujući C16orf25, FLJ34512, CNM4 i JFP10.[5] Nalazi se na (–) lancu hromosoma 16 (sekvenca 16p13.3). Njegovo susjedstv uključuje NARFL (također na minus lancu), HAGHL, FAM173A i METRN. Gen CCDC78 dug je 10.892 baznih parova, a protein sadrži 438 aminokiselina.[6] Protein teži približno 4.852 KDa.[7] Postoji nekoliko izoformi, uključujući onu koja je obilježena jedinstvenom urođenom miopatijom.[8] Nekoliko profila pokazuje da ima sveprisutnu ekspresiju na umjerenim nivoima. Iako ne postoje paralozi, ima nekoliko ortologa.

Ccdc78
Identifikatori
AliasiCCDC78
Vanjski ID-jeviOMIM: 614666 MGI: 2685784 HomoloGene: 105408 GeneCards: CCDC78
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 16 (čovjek)
Hrom.Hromosom 16 (čovjek)[1]
Hromosom 16 (čovjek)
Genomska lokacija za Ccdc78
Genomska lokacija za Ccdc78
Bend16p13.3Početak722,582 bp[1]
Kraj726,954 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 17 (miš)
Hrom.Hromosom 17 (miš)[2]
Hromosom 17 (miš)
Genomska lokacija za Ccdc78
Genomska lokacija za Ccdc78
Bend17|17 A3.3Početak26,005,554 bp[2]
Kraj26,009,487 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

124093

381077

Ensembl

ENSG00000162004

ENSMUSG00000071202

UniProt

A2IDD5

D3Z5T1

RefSeq (mRNK)

NM_001031737
NM_173476
NM_001378030
NM_001378031
NM_001378033

NM_001165929

RefSeq (bjelančevina)

NP_001026907
NP_001364959
NP_001364960
NP_001364962

NP_001159401

Lokacija (UCSC)Chr 16: 0.72 – 0.73 MbChr 17: 26.01 – 26.01 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Funkcija

uredi

Funkcija ovog gena još nije poznata. Postoje dokazi da CCDC78 ima ulogu u kontrakciji skeletnih mišića. To potkrepljuju strukturne sličnosti sa ostalim mišićnim proteinima i testovi lokalizacije. Predviđena struktura CCDC78 bila je slična strukturi tropomiozina (vidi dolje).[9] Genski proizvod nalazi se prvenstveno u perijedarnom području, sarkolemnoj membrani i mrežastom obrascu sarkoplazme. Međutim, testovi lokalizacije predviđaju da će se naći i u citoplazmi.[8]

iRNK

uredi

Opća obilježja:[6]

  • Dužina genomske DNK: 10.892 bp
  • Najčešća dužina prevedene iRNK: 1.317 bp
  • 5' Netranslatirana regija: 447 bp
  • 3' Netranslatirana regija: 2.188 bp

Varijante transkripta: Poznato je 13 alternativnih obrazaca prerade.[5] Oni se mogu vidjeti na susjednoj slici. Jedan od njih je indiciran za bolest.[8]

Protein

uredi

Opća obilježja:[7]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 438 aminokiselina, a molekulska težina 48.521 Da.[10].

1020304050
MEHAATTGPRPGPPSRRVENVVLRAKDWLPGAPGGTAVWATSLEAEVPPD
LALNKEQQLQISKELVDIQITTHHLHEQHEAEIFQLKSEILRLESRVLEL
ELRGDGTSQGCAVPVESDPRHPRAAAQELRHKAQVPGHSDDHRFQVQPKN
TMNPENEQHRLGSGLQGEVKWALEHQEARQQALVTRVATLGRQLQGAREE
ARAAGQRLATQAVVLCSCQGQLRQAEAENARLQLQLKKLKDEYVLRLQHC
AWQAVEHADGAGQAPATTALRTFLEATLEDIRAAHRSREQQLARAARSYH
KRLVDLSRRHEELLVAYRAPGNPQAIFDIASLDLEPLPVPLVTDFSHRED
QHGGPGALLSSPKKRPGGASQGGTSEPQGLDAASWAQIHQKLRDFSRSTQ
SWNGSGHSCWSGPRWLKSNFLSYRSTWTSTWAGTSTKS
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Ekspresija

uredi

Kada se gledaju EST profili kod ljudi, čini se da CCDC78 pokazuje sveprisutnu ekspresiju na umjerenim nivoima.[6]

Predviđene posttranslacijske modifikacije: Fosforilacija nekoliko ostataka serina predviđena je upotrebom alata na ExPasy.[11]

Predviđena sekundarna struktura

uredi

Sekundarna struktura CCDC78 predviđena je pomoću alata za predviđanje sekundarne strukture proteina PELE. Kao što bi se moglo očekivati kod domena sa upredenom zavojnicom koja sadrži protein, postoji nekoliko α-heliksa.[7] Predviđeno je da će model proteina biti tačan 98% do 65%. Ovaj predviđeni model usko je povezan sa tropomiozinom – kontraktilnim proteinom.[9]

Interakcije protein-protein

uredi

Utvrđeno je da samo jedan protein komunicira sa CCDC78. Analiza izvedena iz IntAct-a pokazala je interakciju između CCDC78 i dAK1_1 u Yersinia pestis.[12]

Homologija

uredi

CCDC78 nema poznate paraloge u ljudskom genomu. Međutim, ima nekoliko ortologa u drugim organizmima. Ortolozi se mogu naći u čitavom životinjskom carstvu. CCDC78 je vrlo konzerviran kod sisara.[7]Upredena zavojnica je visoko konzervirana u svim ortolozima, što pokazuje važnost ovih domena.

Klinički značaj

uredi

Pokazalo se da mutacija ovog gena uzrokuje jedinstvenu urođenu miopatiju.[8] Ovu mutaciju uzrokuje alternativna prerada – insercija okvira od 222 bp. Grupa istraživača sa Univerziteta u Michiganu analizirala je porodicu sa dominantno nasljednom urođenom miopatijom. Nakon analize povezanosti, uslijedilo je zadržavanje cijelog egzoma i sekvenciranje sljedeće generacije, otkrivši da je CCDC78 prisutan kod pogođenih osoba i da ga nema u >10.000 kontrola.[8] Zatim su uspješno modelirali ovu urođenu miopatiju u zebricama. CCDC78 je također povezan sa imunskim odgovorom na hepatitis B.[13]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000162004 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000071202 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b GeneCards. "CCDC78 Gene". The Human Gene Compendium. Pristupljeno 2. 5. 2013.
  6. ^ a b c "CCDC78". National Center for Biotechnology Information.
  7. ^ a b c d "Arhivirana kopija". Biology WorkBench. San Diego Supercomputer Center. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 2. 7. 2021.CS1 održavanje: arhivirana kopija u naslovu (link)
  8. ^ a b c d e Majczenko K, Davidson AE, Camelo-Piragua S, Agrawal PB, Manfready RA, Li X, Joshi S, Xu J, Peng W, Beggs AH, Li JZ, Burmeister M, Dowling JJ (august 2012). "Dominant mutation of CCDC78 in a unique congenital myopathy with prominent internal nuclei and atypical cores". American Journal of Human Genetics. 91 (2): 365–71. doi:10.1016/j.ajhg.2012.06.012. PMC 3415545. PMID 22818856.
  9. ^ a b "Phyre2". Structural Bioinformatics Group.[trajno mrtav link]
  10. ^ "UniProt, A2IDD5". Pristupljeno 2. 7. 2021.
  11. ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Home". ExPasy. Swiss Institute of Bioinformatics.
  12. ^ "3 binary interactions found for search term Ccdc78". IntAct Molecular Interaction Database. EMBL-EBI. Pristupljeno 25. 8. 2018.
  13. ^ Davila S, Froeling FE, Tan A, Bonnard C, Boland GJ, Snippe H, Hibberd ML, Seielstad M (april 2010). "New genetic associations detected in a host response study to hepatitis B vaccine". Genes and Immunity. 11 (3): 232–8. doi:10.1038/gene.2010.1. PMID 20237496.
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=Ccdc78&oldid=3580866"