Wikipedia

C9orf135

C9orf135 je gen koji kodira protein sa 229 aminokiselina. Nalazi se na hromosomu 9 genoma Homo sapiens, na poziciji 9q12.21.[5] Protein ima transmembranski domen iz aminokiselina 124-140 i glikozolacijsko mjesto na aminokiselini 75. C9orf135 je dio gena GRCh37 na hromosomu 9 i nalazi se u domenu nepoznate funkcije superporodice 4572.[6] Gen c9orf135 također je poznat pod imenom LOC138255 što je opis lokacije gena na hromosomu 9.1.[7]

CFAP95
Identifikatori
AliasiCFAP95
Vanjski ID-jeviMGI: 1914733 HomoloGene: 49850 GeneCards: CFAP95
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 9 (čovjek)
Hrom.Hromosom 9 (čovjek)[1]
Hromosom 9 (čovjek)
Genomska lokacija za CFAP95
Genomska lokacija za CFAP95
Bend9q21.12Početak69,820,817 bp[1]
Kraj69,906,227 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 19 (miš)
Hrom.Hromosom 19 (miš)[2]
Hromosom 19 (miš)
Genomska lokacija za CFAP95
Genomska lokacija za CFAP95
Bend19|19 BPočetak23,536,117 bp[2]
Kraj23,630,176 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

138255

67483

Ensembl

ENSG00000204711

ENSMUSG00000033053

UniProt

Q5VTT2

Q9CQC3

RefSeq (mRNK)

NM_001010940
NM_001308084
NM_001308085
NM_001308086

NM_026188

RefSeq (bjelančevina)

NP_001010940
NP_001295013
NP_001295014
NP_001295015

NP_080464

Lokacija (UCSC)Chr 9: 69.82 – 69.91 MbChr 19: 23.54 – 23.63 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš
Lokacija c9orf135 i susjednih gena na hromosomu 9

Postoje neki dokazi koji povezuju gen c9orf135 s preranom insuficijencijom jajnika.[8] Kod oboljelih žena dolazi do autosomno recesivne mikroduplikacije koja može biti povezana s preranom insuficijencijom jajnika. Jedan jednonukleotidni polimorfizam (SNP) gena c9orf135 povezan je sa Parkinsonovom bolešću; statistički značajna mutacija je viđena na Manhattanskom prikazu.[9] Da bi se utvrdilo je li c9orf135 povezan s Parkinsonovom bolešću, potrebna su daljnja istraživanja.[9]

iRNK

uredi
 
Prerađene varijante c9orf135 prema NCBI AceView

IRNK c9orf135 je duga 906 nukleotida.[10] Neprevedene regije (UTR) 5' i 3' sadrže ukosnice.[11] UTR 3' sadrži 123, a 5' UTR 18 nukleotida. Ova iRNK kodira protein sa sekundarnom strukturom sastavljenom i od beta-listova i alfa-heliksa.[12]

  •  
    Sekundarna struktura c9orf135
  •  
    5' UTR struktura iRNK petlje c9orf135
  •  
    3' UTR struktura iRNK petlje c9orf135

Protein

uredi

Svojstva c9orf135

uredi

Vjerouje ae da je c9orf135 jedarni protein, jer ima svojstva koja odgovaraju atributima jedarnih proteina, a ne onih sa sekretornim putevima.[13][14] Nadalje, postoji signal jedarne lokalizacije (PEKVKKL) između aminokiselina 67 i 73 na c9orf135.[15] C9orf135 je rastvorljiv sa prosječnom hidrofobnošću od –0,772. Negativna vrijednost hidrofobnosti posljedica je blago kiselih svojstava.[16]

Posttranslacijske modifikacije

uredi

Mjesta fosforilacija serina nalaze se na pozicijama aminokiselina 7, 50, 86, 98 i 194. Fosforilacija treonina javlja se na 34, 129, 155 i 201. Fosforilacija tirozina pojavljuje se na 78, 160, 177 i 209. Također, mjesto N-terminalne acetilacije prisutno je na aminokiselini 3. Mjesto cijepanja signala prisutno je između aminokiselina 11 i 12.[17]

Interakcija proteina

uredi

PB2 stupa u interakciju s c9orf135, koji je pronađen u dvohibridnom testu kvasca. Podaci o PB2 (polimerazni osnovni protein 2) su da je to virusni protein koji je uključen u virus influence A. Prvenstveno je uključen u zadržavanje kapiranja, u kojem veže pre-iRNK kapu i na kraju odcijepi 10-13 nukleotida. PB2 je također važan za početak replikacije virusnih genoma. Također je poznato da PB2 inhibira interferon tipa 1, inhibiranjem mitohondrijskog antivirusnog signalnog proteina mitohondrijskog antivirusno-signalnog proteina (MAVS).[18]

Mutacije

uredi

Identificirano je jedanaest različitih uobičajenih varijanti genomske DNK ljudskog gena c9orf135. Sve mutacije unutar ovih varijanti genoma predstavljene su u sljedećoj tabeli.[19] Mutacije koje su bile prisutne na nivoima od 0,01 ili više učestale su uključene u tabelu; sinonimne mutacije su isključene.

Lokacija Položaj aminokiseline Mutacija Frekvencija
5' UTR 57 N/A 0,386
5' UTR 93 N/A 0,047
5' UTR 138 N/A 0,018
Egzon 169 Misens K30T 0,018
Egzon 237 Misens R53K 0,047
Egzon 456 Misens E126K 0,01

Ekspresija gena

uredi

Gen c9orf135 je eksprimiran u vezivnom tkivu i tkivu sjemenika na visokim nivoima.[20] Vjerovatno je da je ekspresija c9orf135 izražena na niskim razinama u ljudskim ćelijama. Također je otkriveno da se c9orf135 nalazi u znatno višim nivoima u pupčanoj vrpci odraslog čovjeka u odnosu na fetusnu ljudsku pupčanu vrpcu.[21] Nadalje, kod žena s adenokarcinomom jajnika ekspresija c9orf135 mnogo je veća u epitelnim ćelijama unutar jajnika.[22] Žene sa sindromom policistastih jajnika imaju nižu ekspresiju c9orf135 od onih koji nemaju to stanje.[23]

  •  
    Ekspresija pupčane vrpce fetusa i odraslih
  •  
    Epitel normalne površine jajnika i epitelne ćelije raka jajnika
  •  
    Sindrom policistnih jajnika u odnosu na c9orf135 gojazne žene.

Količina aminokiselina

uredi

Ovdje je opisano poređenje između c9orf135 iz Mus musculus (kućni miš) i Pteropus alecto (šišmiša crna leteća lisica). Nije bilo značajnih aminokiselina koje su se razlikovale u c9orf135 od ostatka mišjeg tijela. Međutim, kod crne leteće lisice bio je siromašan valinom i bogat triptofanom. Kao što se vidi iz rezultata kod ljudi, crna leteća lisica dijelila je samo višak triptofana. Kućni miš i crna leteća lisica korišteni su zato što dijele 64% odnosno 79% sličnosti u genomu c9orf135. Analiza pokazuje da bi alanin i tirozin mogli biti predviđene interesne tačke, jer su oba imala rezultate koji se razlikuju od ostatka prosjeka ljudskih gena.[16]

Aminokiselina od interesa Sastavni postotak

Poređeno sa normalnom količinom proteina kod H. sapiens

Alanin 3,1% Potprosječan
Tirozin 5,2% Natprosječan
Triptofan 3,1% Natprosječan

Homologija

uredi

Gen c9orf135 je konzerviran u eukariota, u rasponu od sisara, gmizavaca i Annelida.

Ortolozi

uredi

Ortolozi c9orf135 su sekvencirani u BLAST-u i odabrano je 20 ortologa. Svi su bili kod višećelijskih organizama i bili su ograničeni na vodene životinje, gmizavce, vodozemce i toplokrvne životinje. Također, protisti, bakterije, arheje i gljive nisu imali ortologe. Međutim, sekvenciranjem c9orf135 u BLAST-u, nisu pronađeni paralozi. Za potpunu listu ortologa na c9orf135 pogledati tabelu. Vremenako stablo (datiranja) je bio program koji je korišten za pronalaženje evolucijskog grananja prikazanog u milionima godina.[24] There were no paralogs found for c9orf135.

Rod/vrsta Uobičajeno ime Divergencijs od ljudi (milioni godina) Pristupni broj Dužina (aminokiselina) Identitet sekvence Sličnost sekvence
Homo sapiens Čovjek -- Q5VTT2 229 -- --
Pongo abelii Sumatranski orangutan 15,8 XP_002819904 206 86% 87%
Rhinopithecus roxellana Zlatni nosogrbi majmun 29.1 XP_010361250 229 93% 95%
Mus musculus Kućni miš 90.9 EDL41604 228 64% 73%
Pteropus alecto Crna leteća lisica 97,5 XP_785964 230 79% 86%
Equus przewalskii Konj Przewalskog 97,5 XP_008504806 183 77% 86%
Panthera tigris altaica Sibirski tigar 97,5 XP_007077537 187 73% 83%
Ovis aries Ovca 97.5 XP_014948670 207 69% 77%
Elephantulus edwardii Kapasta slonovska verirovka 105 XP_006894485 254 72% 82%
Pelodiscus sinensis Kineska mehkooklopna kornjača 320,5 XP_006137902 217 55% 68%
Gekko japonicus Gekon 320,5 XP_015275999 221 52% 64%
Alligator mississippiensis Američki aligator 320,5 XP_014464144 212 51% 64%
Ophiophagus hannah Carska kobra 320.5 ETE61720 215 43% 59%
Salmo Salar Atlantski losos 429,6 XP_013998840 99 34% 55%
Esox lucius Sjeverna štuka 429.6 XP_010901691 154 30% 47%
Branchiostoma floridae Kopljača 733 XP_002591786 221 45% 59%
Strongylocentrotus purpuratus Morski jež 747,8 XP_785964 241 47% 62%
Saccoglossus kowalevskii Žirnjsčka glista 747,8 XP_002733410 153 38% 58%
Lingula anatina Okeanska školjka 847 XP_013398605 220 43% 59%
Crassostrea gigas Pacifička ostriga 847 XP_011426944 215 40% 57%
Helobdella robusta Pijavica 847 XP_009019861 256 29% 44%

Divergenija c9orf135

uredi

Na grafikonu je prikazano poređenje divergencije c9orf135 sa brzodivergirajućim citohromom C i sporodivergirajućim fibrinogenom. Sve u svemu, c9orf135 je značajno brže divergirao od fibrinogena i nešto sporije od citohroma C.

 

Također pogladajte

uredi

Hromosom 9

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000204711 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000033053 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Q5VTT2.1". NCBI, Protein.
  6. ^ "BLAST protein sequence, c9orf135".
  7. ^ Result Filters. (n.d.). Retrieved February 07, 2016, from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/Q5VTT2.1 Arhivirano 23. 6. 2018. na Wayback Machine
  8. ^ McGuire MM, Bowden W, Engel NJ, Ahn HW, Kovanci E, Rajkovic A (april 2011). "Genomic analysis using high-resolution single-nucleotide polymorphism arrays reveals novel microdeletions associated with premature ovarian failure". Fertility and Sterility. 95 (5): 1595–600. doi:10.1016/j.fertnstert.2010.12.052. PMC 3062633. PMID 21256485.
  9. ^ a b Chung SJ, Armasu SM, Biernacka JM, Anderson KJ, Lesnick TG, Rider DN, Cunningham JM, Eric Ahlskog J, Frigerio R, Maraganore DM (august 2012). "Genomic determinants of motor and cognitive outcomes in Parkinson's disease". Parkinsonism & Related Disorders. 18 (7): 881–6. doi:10.1016/j.parkreldis.2012.04.025. PMC 3606821. PMID 22658654.
  10. ^ NCBI, Nucleotide, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/809279636?report=fasta Arhivirano 15. 9. 2016. na Wayback Machine
  11. ^ Sfold, Srna, http://sfold.wadsworth.org/cgi-bin/showcentroid.pl Arhivirano 6. 5. 2016. na Wayback Machine
  12. ^ Iheliks]]a-Tasser, http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/ Arhivirano 24. 2. 2020. na Wayback Machine
  13. ^ YLoc http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Services/YLoc/webloc.cgi?id=86ac5008fd25bd20a065f49a970fd19c Arhivirano 3. 6. 2016. na Wayback Machine
  14. ^ SOSUI Classification and Secondary Structure Prediction of Membrane Proteins, http://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/sosui/ Arhivirano 5. 5. 2016. na Wayback Machine
  15. ^ PSORT II, PSORT II Prediction, http://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl[trajno mrtav link]
  16. ^ a b SDSC Biology Workbench, SAPS, http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# Arhivirano 11. 8. 2003. na Wayback Machine!
  17. ^ ExPasy, Sibs bioinformatics analysis, http://www.expasy.org/ Arhivirano 30. 1. 2018. na Wayback Machine
  18. ^ "1 binary interaction found for search term C9orf135". IntAct Molecular Interaction Database. EMBL-EBI. Arhivirano s originala, 25. 8. 2018. Pristupljeno 25. 8. 2018.
  19. ^ NCBI SNP Geneview https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?geneId=138255&ctg=NT_008470.20&mrna=XM_011518232.1&prot=XP_011516534.1&orien=forward Arhivirano 23. 6. 2018. na Wayback Machine
  20. ^ EST profile, NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001308086.1 Arhivirano 16. 9. 2016. na Wayback Machine
  21. ^ Geo Profile, NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/78193260 Arhivirano 15. 9. 2016. na Wayback Machine
  22. ^ Geo profil, epiteli normalne površine jajnika i epitelne ćelije raka jajnika, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS3592:236519_at Arhivirano 19. 8. 2018. na Wayback Machine
  23. ^ Geo Profile, Obese women with polycystic ovary syndrome and obese, healthy women: skeletal muscle, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS4133:243610_at Arhivirano 19. 8. 2018. na Wayback Machine
  24. ^ Hedges SB, Marin J, Suleski M, Paymer M, Kumar S (april 2015). "Tree of life reveals clock-like speciation and diversification". Molecular Biology and Evolution. 32 (4): 835–45. doi:10.1093/molbev/msv037. PMC 4379413. PMID 25739733.
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=C9orf135&oldid=3580847"