C8orf33
UPF0488 je protein koji je kod ljudi kodiran genom C8orf33 (otvoreni okvir čitanja 33 hromosoma 8). Otvoreni okvir čitanja hromosoma 8 (C8orf33) je gen koji kodira ljudski protein još nepoznate funkcije.
| C8orf33 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | C8orf33 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 2152337 HomoloGene: 11320 GeneCards: C8orf33 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 8: 145.05 – 145.07 Mb | Chr 15: 76.83 – 76.84 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Tkivna i subćelijska distribucija
urediProtein UPF0488 eksprimiran je u niskim do umjerenim nivoima u većini tkiva, uz neke izuzetke.[5] Predviđa se da se lokalizira u jedru i mitohondrijama, iako je predviđeno da se i nekoliko ortologa lokalizira u citosolu; dodatno, postoje eksperimentalni dokazi koji pokazuju da se ljudski C8orf33 može lokalizirati u peroksisomima. Ekspresija ovog gena regulira se nakon izlaganja litiju. C8orf33 je značajno slabija reguliran u tretmanu lijekovima protiv raka dojke.[6]
Predviđeno je nekoliko posttranslacijskih modifikacija, uključujući fosforilaciju, metilaciju i acetilaciju.[7] Osim toga, ima nekoliko posttranslacijskih modifikacija kao što su acetilacija, metilacija, fosfoprotein, što uključuje modifikacije aminokiselina (ili modificirane ostatke) kao što su N-acetilalanin, omega-N-metilarginin i fosfoserin).[8]
Gen
urediOvaj gen ima pet varijanti transkripata (prerade), 62 ortologa i član je porodice proteina 1 Ensembl. Ovaj gen je član ljudskog CCDS skupa: CCDS34974.1[9] Član je og CCDS skupa: CCDS34974. Profil ekspresije C8orf33 otkrio je da je ovaj gen prekomjerno eksprimiran nakon izlaganja litijumu.[10]
C8orf33 (UPF0488) ima 31 alternativno prerađeni egzon koji se kombinira u 13 različitih varijanti transkripta – varijanta X1 je najduža i ima najveći identitet RNK sekvenci ljudskog tkiva UPF0488.
Transkript
urediUPF0488 ima pet prerađenih varijanti transkripata. U smislu uobičajenihhaplotipskih alela gena, učestalost haplotipa je 96,3% za jedno varijantno mjesto. Primarni transkript iznosi 3.593 bp, dok je slična varijanta sa 1.666 bp. Sekundarna struktura iRNK od 3 ’i 5’ UTR -a ukazuje na različite energije savijanja. Regija 5’ UTR sadrži preklopnu energiju od –21,20 i sastoji se od 54 baze, a energija baza je –0,393. Regija 3’ UTR sadrži preklopnu energiju od –646,10, koja se sastoji od 1.873 baze, dok je energija baza –0,345.[11]
Ekspresija
urediPrema analizi tkivne ekspresije, procijenjenoj mikro-nizom koju je izvršio NCBI GEO, gen C8orf33 ima prosječne nivoe ekspresije u većini tkiva, uključujući štitnu i paratiroidnu žlijezdu. Čini se da je ekspresija niska u gušterači, tankom crijevu i drugim unutrašnjim organima, osim bubrega , i kojem je viša.[11]
Približni obrasci ekspresije izvedeni iz EST izvora. Navodni pacovski gen za kodiranje proteina predstavlja 30 EST-ova 20 iz biblioteka cDNK. EST reprezentacija je pristrasna prema fetusu. Čini se da se ekspresija gena povećava u kategorijama otpornim na gojaznost.
Promotor
urediPromotorska regija za c8orf33 pokriva 1191 bazu DNK i sadrži preko 700 potencijalnih mjesta vezanja faktora. Odabrano je i prikazano 15 transkripcijskih faktora sa visoko konzerviranim mjestima vezivanja u regijama promotora više vrsta za c8orf33. CDF1 (ciklirajući DOF faktor 1) fizički stupa u interakciju s FKF1, a protein CDF1 je stabilniji u mutantima FKF1.[12] Drugi transkripcijski faktor, transkripcijski faktor II B (TFIIB) je opći transkripcijski faktor koji je uključen u formiranje kompleksa preinicijacije RNK-polimeraze II (PIC).[13]
Protein
urediIzoelektrična tačka proteina (UPF0488) je 9,16, s obzirom na detaljnu analizu izoelektrične tačke prema različitim skalama za pojedine proteine. Neto naboj je određen korištenjem vrijednosti dostupnih u Lehningerovoj knjizi o biohemiji. Proteinski prekursor ima molekulsku masu od približno 24,9925 kDa. To je nešto više od prosječnog pI od 6,81 za ljudski proteom. Sadrži ponavljanja od 149 do 166 i 167 do 186. Međutim, ponavljanja sadrže visok stupanj degeneracije.[14]
UPF0488 protein bogat je alaninom, u odnosu na druge proteine i ima malo svih drugih aminokiselina osim arginina, leucina i prolina.
Funkcija
urediUtvrđeno je da je aktivnost C8orf33 povezana sa signalnim putem G-protein spregnutih receptora, interakcijom neuroaktivnih liganada i receptora, kalcijskim signalnim putem i regulacijom aktinskog citoskeleta. Slijedeće tvari stupaju u interakciju s UPF0488: 7,8-dihidro-7,8-dihidroksibenzo (a) pirin 9,10-oksid, benzo (a) piren, metotreksat i vitamin E.[15][16]
Homologija i evolucija
urediEvolucijska loza UPF0488 može se pratiti tako daleko kao i beskičmenjaci sa brzinom evolucije većom od fibrinogena.
Grafikon prikazuje divergenciju UPF0488 u datoj vremenskoj skali u odnosu na fibrinogen i citohrom c. Usklađivanje pomoću SDSC Biology Workbench-a daje 27,7% podudaranja sa Danio rerio. ALIGN izračunava globalno poravnavanje dvije sekvence, dajući opću ocjenu poravnavanja od 215.[17]
iRNK UPF0488 ima vrlo visok nivo degeneracije među organizmima. Sekvence vrlo niskog identiteta za ljudsku iRNK mogle su se identificirati samo u blisko povezanim organizmima. Međutim, protein je imao daleko udaljenije srodnike, uključujući nekoliko beskičmenjaka. Usklađivanje proteina za UPF0488 Homo sapiens izvedeno je pomoću San Diego Workbencha; ta su poravnavanja izvedena protiv nekoliko različitih taksona, uključujući kičmenjake poput sisara, gmizavaca, ptica i beskičmenjaka poput insekata. Proteinske sekvence za UPf0488 su vrlo visoko konzervirane među bliskim srodnicima čovjeka, kao što je Gorila gorila gorila. Sličnost u sekvenci proteina je obrnuto proporcionalna divergenciji (u milionima godina, tabela homologa).
Patologija
urediEkspresija gena UPF0488 povećava se nakon tretmana cefaloridinom, polusintetskim derivatom cefalosporina C, koji inhibira glukoneogenezu i u ciljnim (bubrezi) i u neciljnim (jetra) organima.[12]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182307 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000063236 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "C8orf33 chromosome 8 open reading frame 33 [Homo sapiens]". Entrez Gene.
- ^ Ma C, Chen HI, Flores M, Huang Y, Chen Y (2013). "BRCA-Monet: a breast cancer specific drug treatment mode-of-action network for treatment effective prediction using large scale microarray database". BMC Systems Biology. 7 Suppl 5: S5. doi:10.1186/1752-0509-7-S5-S5. PMC 4029357. PMID 24564956.
- ^ "UPF0488 protein C8orf33 [Homo sapiens]". Entrez Protein.
- ^ "C8orf33". Gene Cards.
- ^ "Gene: C8orf33 ENSG00000182307". Ensembl. European Bioinformatics Institute – European Molecular Biology Laboratory.
- ^ Aitchison K, Serretti A, Goldman D, Curran S, Drago A, Malhotra AK (2009). "The 8th annual pharmacogenetics in psychiatry meeting report". The Pharmacogenomics Journal. 9 (6): 358–61. doi:10.1038/tpj.2009.47. PMC 2945913. PMID 19841640.
- ^ a b "C8orf33 tissue". The Human Protein Atlas.
- ^ a b Goldstein RS, Smith PF, Tarloff JB, Contardi L, Rush GF, Hook JB (1988). "Biochemical mechanisms of cephaloridine nephrotoxicity". Life Sciences. 42 (19): 1809–16. doi:10.1016/0024-3205(88)90018-5. PMID 3285106.
- ^ Lewin B (2004). Genes VIII (8th izd.). Upper Saddle River, NJ: Pearson/Prentice Hall. str. 636–637. ISBN 978-0-13-143981-8.
- ^ "Detection and alignment of repeats in protein sequences". Radar.
- ^ "C8ORF33". Comparative Toxicogenomics Database.
- ^ Squassina A, Manchia M, Del Zompo M (2010). "Pharmacogenomics of mood stabilizers in the treatment of bipolar disorder". Human Genomics and Proteomics. 2010: 159761. doi:10.4061/2010/159761. PMC 2958627. PMID 20981231.
- ^ Myers EW, Miller W (1988). "Optimal alignments in linear space". Computer Applications in the Biosciences. 4 (1): 11–7. doi:10.1093/bioinformatics/4.1.11. PMID 3382986.