Unaksnim umrežavanjem iRNK saa YTHDF1, nakon čega slijedi sekvenciranje, Wang et al. (2015) identificirali su hiljade iRNK koje su se vezale za YTHDF1. Identificirali su motiv koji veže YTHDF1, G (G/A) AC, u blizini mjesta m6A na ciljnim iRNK. U transficiranim HeLa ćelijama, ekspresija YTHDF1 promovirala je translaciju ciljnih iRNK. Nokdaunirana m6A metiltransferaza METTL3 (612472) smanjila je m6A modifikaciju ciljnih iRNK YTHDF1-a, smanjujući njihovu povezanost sa YTHDF1 i njihovu translacijsku efikasnost. Masena spektrometrija proteina identificirala je 119 proteina koji su se prečistili sa YTHDF1 u transficiranim HeLa ćelijama. Općenito su ih podijelili u 2 klase, proteine koji su uključeni u translaciju i RNK-vezujuće proteine s ulogom u translacijskoj kontroli. Imunoprecipitacija i Western blot analize potvrdile su povezanost YTHDF1 sa 13 podjedinica kompleksa-3 faktora inicijacije translacije .
Shi et al. (2017) pokazali su da YTHDF3 (618669) izravno komunicira s YTHDF1 i YTHDF2 (610640) i da proteini u citosolu čine međusobno povezanu mrežu. YTHDF3 je uticao na specifičnosti vezivanja YTHDF1 i YTHDF2 za njihove ciljne iRNK, a sva tri YTHDF su zajednički doprinijela ubrzanju metabolizma m6A, modificiranih iRNK u citosolu. Preciznije, YTHDF3 i YTHDF1 zajednički su promovirali translaciju na način ovisan o m6A i čini se da ubrzavaju naknadno propadanje metiliranih iRNK, putem YTHDF2 posredovanog puta u citoplazmi.
Li et al. (2017) otkrili su da su se YTHDF1 i YTHDF3 primarno vezali za iRNK i negativno uticali na međusobni afinitet za vezanje RNK. YTHDF3 je funkcionirao u saradnji sa YTHDF1, kako bi se olakšala translacija iRNK vezanjem za m6A modificirane ciljne iRNK i interakcijom sa 40S i 60S ribosomskim proteinima.
Shi et al. (2018) pokazali su da m6A, preko svog vežućeg proteina YTHDF1 podstiče translaciju proteina ciljanih transkripata, kao odgovor na neuronske podražaje u mišjem hipokampusu odraslih, olakšavajući tako učenje i pamćenje. Miševi s genetičkom delecijom Ythdf1 pokazali su oštećenja u učenju i pamćenju, kao i oštećeni sinapsni prijenos hipokampusa i dugoročno potenciranje. Reekspresija Ythdf1 u hipokampusu odraslih nokaut miševa Ythdf1 otklonila je defekte u ponašanju i sinapsne probleme, dok je akutni nokdaun Ythdf1 ili Mettl3 specifičan za hipokampus, koji kodira katalitsku komponentu m6A kompleksa metiltransferaze, rekapitulirao hipokampalni nedostatak.
Transkriptomsko mapiranje mjesta vezivanja za Ythdf1 i mjesta m6A na iRNK hipokampusa, identificiralo je ključne neuronske gene. Analiza novonastalog proteina i testovi izvještača za vezivanje na neuronima hipokampusa pokazali su da Ythdf1 pojačava sintezu proteina na način ovisan o neuronskim stimulusima. Shi et al. (2018) zaključili su da YTHDF1 olakšava prevođenje m6A-metiliranih neuronskih iRNK, kao odgovor na neuronsku stimulaciju, te da ovaj proces doprinosi učenju i pamćenju.
Han et al. (2019) pokazali su da je trajn imunost specifična za neoantigen reguliran metilacijom m6A, putem proteina YTHDF1 koji veže m6A. Za razliku od miševa divljeg tipa, miševi s nedostatkom Ythdf1 pokazali su povišeni antitumorski odgovor specifičan za CD8 + T-ćelije. Gubitak YTHDF1 u klasičnim dendritskim ćelijama pojačao je unakrsnu prezentaciju antigena tumora i ukrštanje CD8 + T ćelija in vivo. Mehanički, transkripti koji kodiraju lizosomske proteaze označeni su m6A i prepoznati kao YTHDF1. Vezivanje YTHDF1 za ove transkripte povećalo je translaciju lizosomskih katepsina u dendritnim ćelijama, a inhibicija katepsina značajno je poboljšala unakrsnu prezentaciju dendritnih ćelija divljeg tipa. Nadalje, terapijska učinkovitost blokade kontrolne tačke PDL1 povećana je kod Ythdf1-null miševa, što implicira YTHDF1 kao potencijalni terapijski cilj u imunoterapiji protiv raka.
Ries et al. (2019) otkrili su da su citosolni m6A-vezujući proteini YTHDF1, YTHDF2 i YTHDF3 bili podvrgnuti razdvajanju faze tečnost-tečnost in vitro i u ćelijama. Ovo razdvajanje faza bilo je značajno pojačano iRNK-ima koje sadrže višestruke, ali ne pojedinačne, m6A ostatke. Polimetilirane iRNK djelovale su kao multivalentna skela za vezanje YTHDF proteina, suprotstavljajući njihove domene male složenosti i time dovodeći do razdvajanja faza. Rezultirajući kompleksi iRNK-YTHDF potom su podijeljeni u različite odjeljke, odvojene endogenom fazom, kao što su P-tijela, granule stresa ili granule neuronske RNK. m6A-iRNK podliježe regulaciji specifičnoj za odjeljak, uključujući smanjenje stabilnosti i translaciju iRNK. Ries et al. (2019) zaključili su da su njihove studije otkrile da broj i distribucija m6A mjesta u ćelijskim iRNK mogu regulirati i uticati na sastav fazno odvojenog transkriptoma, te predložili da se ćelijskim svojstvima m6A modificiranih iRNK upravlja tekućina-tečnom fazom principa razdvajanja.[6][7][8][9][10][11]
^Ries, R. J., Zaccara, S., Klein, P., Olarerin-George, A., Namkoong, S., Pickering, B. F., Patil, D. P., Kwak, H., Lee, J. H., Jaffrey, S. R. m6A enhances the phase separation potential of mRNA. Nature 571: 424-428, 2019. PubMed: 31292544
^Shi, H., Wang, X., Lu, Z., Zhao, B., Ma, H., Hsu, P. J., Liu, C., He, C. YTHDF3 facilitates translation and decay of N6-methyladenosine-modified RNA. Cell Res. 27: 315-328, 2017. [PubMed]: 28106072.
