Pridruženi protein 25 vakuolskog sortiranja je protein koji je kod ljudi kodiran genom VPS25.[5][6] Patricia Hartz (2007) mapirala je gen VPS25 na hromosomu 17q21.3, na osnovu poravnanja VPS25 sekvence (GenBank AB014763) sa genomskom sekvencom (struktura 36.1).

VPS25
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

2ZME, 3CUQ, 3HTU

Identifikatori
AliasiVPS25
Vanjski ID-jeviOMIM: 610907 MGI: 106354 HomoloGene: 6303 GeneCards: VPS25
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 17 (čovjek)
Hrom.Hromosom 17 (čovjek)[1]
Hromosom 17 (čovjek)
Genomska lokacija za VPS25
Genomska lokacija za VPS25
Bend17q21.2Početak42,773,449 bp[1]
Kraj42,779,599 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 11 (miš)
Hrom.Hromosom 11 (miš)[2]
Hromosom 11 (miš)
Genomska lokacija za VPS25
Genomska lokacija za VPS25
Bend11 D|11 64.48 cMPočetak101,144,533 bp[2]
Kraj101,150,375 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija protein homodimerization activity
protein N-terminus binding
structural molecule activity
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
Ćelijska komponenta citoplazma
citosol
endozom
membrana
Nukleoplazma
endosome membrane
Egzosom
Jedro
ESCRT II complex
Biološki proces GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
multivesicular body assembly
transcription, DNA-templated
endosomal transport
protein transport
protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway
macroautophagy
negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity
GO:0015915 transport
multivesicular body sorting pathway
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_032353

NM_001284411
NM_001284412
NM_001284414
NM_026776

RefSeq (bjelančevina)

NP_115729
NP_115729.1

NP_001271340
NP_001271341
NP_001271343
NP_081052

Lokacija (UCSC)Chr 17: 42.77 – 42.78 MbChr 11: 101.14 – 101.15 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš
Kompleksna podjedinica ESCRT-II
Kristalba struktura podjedinice vps25 endosomnog prometa kompleksa escrt-ii
Identifikatori
SimbolESCRT-II

Komponenta je kompleksa ESCRT-II povezanog s endosomnim kompleksima za sortiranje potrebno za transportni protein II. ESCRT (ESCRT-I, -II, -III) kompleksi usaglašavaju efikasno sortiranje ubikvitinskih transmembranskih receptora do lizosoma, putem multivezikulskih tijela (MVBs).[7] ESCRT-II recruits the transport machinery for protein sorting at MVB.[8] Pored toga, pokazano je da ljudski ESCRT-II tvori kompleks sa RNK-polimeraznim II faktorom elongacije ELL kako bi izvršio transkripciju kontrolne aktivnosti. ESCRT-II se privremeno povezuje sa endosomnom membranom i na taj način inicira formiranje ESCRT-III, membranom povezanog proteinskog kompleksa, koji funkcionira neposredno nizvodno od ESCRT-II tokom sortiranja MVB tereta. ESCRT-II zauzvrat funkcionira nizvodno od ESCRT-I, proteinskog kompleksa koji se veže za ubikvitinizirani endosomski teret.[9]

ESCRT-II je trorežnjeviti kompleks koji se sastoji od dvije kopije vps25, jedne kopije vps22 i C-terminalne regije vps36. Kristalna struktura vps25 otkrila je dvija domena upredenih zavojnica N-terminalnog domens vps25 u interakciji s vps22 i vps36.[10]

Dužina polipeptidnog lanca je 176 aminokiselina, a molekulska težina 20 748 Da-[11]

Aminokiselinska sekvenca uredi

1020304050
MAMSFEWPWQYRFPPFFTLQPNVDTRQKQLAAWCSLVLSFCRLHKQSSMT
VMEAQESPLFNNVKLQRKLPVESIQIVLEELRKKGNLEWLDKSKSSFLIM
WRRPEEWGKLIYQWVSRSGQNNSVFTLYELTNGEDTEDEEFHGLDEATLL
RALQALQQEHKAEIITVSDGRGVKFF
Simboli

Kloniranje i ekspresija uredi

VPS25, VPS36 i SNF8 formiraju ESCRT-II (endosomni kompleks za sortiranje potreban za transport II), kompleks koji je uključen u endocitozu ubikvitiniranih membranskih proteina. VPS25, VPS36 i SNF8 također su povezani u multiproteinskom kompleksu sa faktorom elongacije RNK-polimeraze II (ELL) (Slagsvold et al., 2005; Kamura et al., 2001).

Kamura et al. (2001) pročistili su kompleks koji sadrži Ell iz ekstrakata jetre pacova, pa sekvenciranjem peptida i analizom baze podataka identificirali su mišaji i ljudski VPS25, koji su nazvali EAP20. Izvedeni proteini miša i čovjeka sadrže 176 aminokiselina, izračunatee molekulske mase od 21 kD i identični su.

Koristeći mišje proteine eksprimirane u ćelijama sisara i insekata, otkrili su da se Eap30 (SNF8) i Eap20 mogu koimunoprecipitirati u odsustvu Eap45 (VPS36), a da se Eap20 i Eap45 mogu koimunoprecipitirati u odsustvu Eap30. Međutim, mali Eap30 koimunoprecipitiran je sa Eap45 u odsustvu Eap20. Zaključili su da EAP20 premošćuje EAP30 i EAP45 i time nukleira sklop EAP kompleksa.

Koimunoprecipitacijom proteina označenih epitopom eksprimiranom u ćelijama HEK293, Yorikawa et al. (2005) pokazali su da je CHMP6 u interakciji s CHMP4B (610897) i EAP20. In vitro padajući testovi koji koriste rekombinantne proteine, pokazali su direktnu fizičku interakciju posredovanu N-terminalnom osnovnom polovinom CHMP6. EAP20 označen epitopom se lokalizira difuzno u transficiranim HeLa ćelijama, ali je pokazivao tačku distribuciju kada se koeksprimira sa CHMP6.[12][13][14]

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000131475 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000078656 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Yorikawa C, Shibata H, Waguri S, Hatta K, Horii M, Katoh K, Kobayashi T, Uchiyama Y, Maki M (Mar 2005). "Human CHMP6, a myristoylated ESCRT-III protein, interacts directly with an ESCRT-II component EAP20 and regulates endosomal cargo sorting". Biochem J. 387 (Pt 1): 17–26. doi:10.1042/BJ20041227. PMC 1134928. PMID 15511219.
  6. ^ "Entrez Gene: VPS25 vacuolar protein sorting 25 homolog (S. cerevisiae)".
  7. ^ Gill DJ, Teo H, Sun J, Perisic O, Veprintsev DB, Emr SD, Williams RL (januar 2007). "Structural insight into the ESCRT-I/-II link and its role in MVB trafficking". EMBO J. 26 (2): 600–12. doi:10.1038/sj.emboj.7601501. PMC 1783442. PMID 17215868.
  8. ^ Teo H, Perisic O, Gonzalez B, Williams RL (oktobar 2004). "ESCRT-II, an endosome-associated complex required for protein sorting: crystal structure and interactions with ESCRT-III and membranes". Dev. Cell. 7 (4): 559–69. doi:10.1016/j.devcel.2004.09.003. PMID 15469844.
  9. ^ Babst M, Katzmann DJ, Snyder WB, Wendland B, Emr SD (august 2002). "Endosome-associated complex, ESCRT-II, recruits transport machinery for protein sorting at the multivesicular body". Dev. Cell. 3 (2): 283–9. doi:10.1016/S1534-5807(02)00219-8. PMID 12194858.
  10. ^ Wernimont AK, Weissenhorn W (decembar 2004). "Crystal structure of subunit VPS25 of the endosomal trafficking complex ESCRT-II". BMC Struct. Biol. 4 (1): 10. doi:10.1186/1472-6807-4-10. PMC 539351. PMID 15579210.
  11. ^ "UniProt, Q9BRG1". Pristupljeno 14. 6. 2021.
  12. ^ Kamura, T., Burian, D., Khalili, H., Schmidt, S. L., Sato, S., Liu, W.-J., Conrad, M. N., Conaway, R. C., Conaway, J. W., Shilatifard, A. Cloning and characterization of ELL-associated proteins EAP45 and EAP20: a role for yeast EAP-like proteins in regulation of gene expression by glucose. J. Biol. Chem. 276: 16528-16533, 2001. PubMed: 11278625
  13. ^ Slagsvold, T., Aasland, R., Hirano, S., Bache, K. G., Raiborg, C., Trambaiolo, D., Wakatsuki, S., Stenmark, H. Eap45 in mammalian ESCRT-II binds ubiquitin via a phosphoinositide-interacting GLUE domain. J. Biol. Chem. 280: 19600-19606, 2005. [PubMed[: 15755741
  14. ^ Yorikawa, C., Shibata, H., Waguri, S., Hatta, K., Horii, M., Katoh, K., Kobayashi, T., Uchiyama, Y., Maki, M. Human CHMP6, a myristoylated ESCRT-III protein, interacts directly with an ESCRT-II component EAP20 and regulates endosomal cargo sorting. Biochem. J. 387: 17-26, 2005. [PubMed[: 15511219

Dopunska literatura uredi