VIPAS39

Homolog spermatogenezno-defektnog proteina 39 je protein kojo je kod ljudi kodiran genom VIPAS39. Ovaj protein je uključen je u sortiranje lizosomskih proteina. Mutacije u ovom genu povezane su sa ARCS2 artrogripozom, bubrežnom disfunkcijpm i holestazom-2). Alternativna prerada rezultirala višestrukim varijantama transkripta.

VIPAS39
Identifikatori
Aliasi	VIPAS39
Vanjski ID-jevi	OMIM: 613401 MGI: 2144805 HomoloGene: 41464 GeneCards: VIPAS39
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 14 (čovjek) Bend 14q24.3 Početak 77,426,675 bp Kraj 77,457,952 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 12 (miš) Bend 12|12 D2 Početak 87,285,642 bp Kraj 87,313,030 bp
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • GO:0032403 protein-containing complex binding Ćelijska komponenta • HOPS complex • endozom • GO:0016023 citoplazmatska vezikula • early endosome • citoplazma • late endosome • reciklirajući endosom • Golđijev aparat Biološki proces • protein transport • Ćelijska diferencijacija • GO:0000046 autophagosome maturation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • Spermatogeneza • endosome to lysosome transport • intracellular protein transport • collagen fibril organization • Posttranslacione modifikacije • peptidyl-lysine hydroxylation • collagen metabolic process Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	63894	104799
Ensembl	ENSG00000151445	ENSMUSG00000021038
UniProt	Q9H9C1	Q8BGQ1
RefSeq (mRNK)	NM_001193314 NM_001193315 NM_001193316 NM_001193317 NM_022067	NM_001142580 NM_001142581 NM_134044
RefSeq (bjelančevina)	NP_001180243 NP_001180244 NP_001180245 NP_001180246 NP_071350	NP_001136052 NP_001136053 NP_598805
Lokacija (UCSC)	Chr 14: 77.43 – 77.46 Mb	Chr 12: 87.29 – 87.31 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

VIPAR uključen je u unutarćelijsko sortiranje i promet lizosomnim proteinima (Zhu et al., 2009). Analizom genomske sekvence, Heilig et al. (2003) locirali su gen VIPAR na hromosomu 14, sekvenca 14q24.3.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 493 aminokiseline, a molekulska težina 57.005 Da.

10		20		30		40		50
MNRTKGDEEE		YWNSSKFKAF		TFDDEDDELS		QLKESKRAVN		SLRDFVDDDD
DDDLERVSWS		GEPVGSISWS		IRETAGNSGS		THEGREQLKS		RNSFSSYAQL
PKPTSTYSLS		SFFRGRTRPG		SFQSLSDALS		DTPAKSYAPE		LGRPKGEYRD
YSNDWSPSDT		VRRLRKGKVC		SLERFRSLQD		KLQLLEEAVS		MHDGNVITAV
LIFLKRTLSK		EILFRELEVR		QVALRHLIHF		LKEIGDQKLL		LDLFRFLDRT
EELALSHYRE		HLNIQDPDKR		KEFLKTCVGL		PFSAEDSAHI		QDHYTLLERQ
IIIEANDRHL		ESAGQTEIFR		KHPRKASILN		MPLVTTLFYS		CFYHYTEAEG
TFSSPVNLKK		TFKIPDKQYV		LTALAARAKL		RAWNDVDALF		TTKNWLGYTK
KRAPIGFHRV		VEILHKNNAP		VQILQEYVNL		VEDVDTKLNL		ATKFKCHDVV
IDTYRDLKDR		QQLLAYRSKV		DKGSAEEEKI		DALLSSSQIR		WKN

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Funkcija gena

Kompleksi homotipske fuzije i vakuolnog sortiranja proteina (HOPS) reguliraju pristajanje unutarćelijskih vezikula, interakcijom sa SNARE-ovima . Analizom imunoprecipitacije i Western blot analizom gradijentnih frakcija saharoze u ćelijama HeLa i HEK293, Zhu et al. (2009) pokazali su da je SPE39 bio u interakciji s brojnim endogenim ili kotransfektiranim HOPS komponentama, uključujući VPS33A i VPS33B. Nokautiranje SPE39 u ćelijama HEK293 putem RNK smetnji uticalo je na morfologiju i sortiranje RAB11 i sintaksin – 13 (STX13, ili STX12) – pozitivnih endosoma za recikliranje i RAB7, sintaksina -7 (STX7) i sintaksin-8 (STX8)-pozitivni kasni endosomi. To nije promijenilo Golgijev promet endosoma za sortiranje. Razaranje SPE39 u ćelijama HeLa poremetilo je promet M6PR i isporuku lizosomskog enzima katepsina D, posredovanog M6PR (CTSD), te je odgodilo razgradnju internaliziranog EGFR-a . Zaključili su da VIPAR regulira sortiranje i promet rezidualnih lizosomskih proteina duž puteva sortiranja i recikliranja.

U 2-hibridnom skriningu kvasca za identifikaciju proteina u interakciji sa VPS33B, Cullinane et al. (2010) otkrili su da protein kodiran C14ORF133-pm, koji su odredili kao VIPAR, ima najveći prioritet zasnovan na bioinformatičkim analizama homologije i pretpostavljene funkcije. Studije koimunoprecipitacije u transficiranim ćelijama HEK293 potvrdile su interakciju između prekomjerno eksprimiranog VPS33B i VIPAR-a, uz stvaranje funkcionalnih kompleksa VPS33B-VIPAR na citoplazmatskim organelima koji su stupili u interakciju s RAB11A. Rszaranje vipara kod zebrica rezultiralo je izlučivanjem žuči i oštećenjem E-kadherina (CDH1) sličnim onima kod osoba sa ARC sindromom, uzrokovanim mutacijom u VPS33B ili VIPAR. Mišje ćelije sa unutrašnjim medularnim sabirnim kanalom (MIMCD-3) sa nedostatkom Vipara i Vps33b eksprimirale su membranske proteine abnormalno i imale su strukturne i funkcionalne defekte uskog spoja. Abnormalna ekspresija Ceacam5 nastala je zbog pogrešnog razgradnje ka lizosomskoj degradaciji, ali smanjeni nivoi E-kadherina bili su povezani sa transkripcijskom regulacijom. Zaključili su da kompleks VPS33B-VIPAR ima različite funkcije u putevima koji reguliraju apikalno-bazolateralnu polarnost u jetri i bubrezima.

Molekulska genetika

U tri probanda s artrogripozom, bubrežnom disfunkcijom i kolestazom-2 (ARCS2) mapiran je VIPAR lokus na hromosomu 14, sekvenca q24.3 i u četiri dodatna probanda koji nisu imali mutacije u poznatom genu ARCS1, VPS33B), Cullinane et al. (2010) identificirali su homozigotnost ili složenu heterozigotnost za mutacije u genu VIPAR . Predviđeno je da će sve mutacije eliminirati normalnu proizvodnju proteina, zbog ranog prekidanja poruke i nonsens] posredovanog raspada iRNK ili zbog neuspjeha prevođenja; osim toga, sve mutacije su segregirane s bolestima u porodicama i nisu pronađene u najmanje 200 etnički podudarnih kontrolnih hromosoma.

Vanjski linkovi

• Lokacija ljudskog genoma VIPAS39 i stranica sa detaljima o genu VIPAS39 u UCSC Genome Browseru.

Dopunska literatura

• Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
• Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Heilig R, Eckenberg R, Petit JL, et al. (2003). "The DNA sequence and analysis of human chromosome 14". Nature. 421 (6923): 601–7. doi:10.1038/nature01348. PMID 12508121.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Ballif BA, Villén J, Beausoleil SA, et al. (2005). "Phosphoproteomic analysis of the developing mouse brain". Mol. Cell. Proteomics. 3 (11): 1093–101. doi:10.1074/mcp.M400085-MCP200. PMID 15345747.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Rush J, Moritz A, Lee KA, et al. (2005). "Immunoaffinity profiling of tyrosine phosphorylation in cancer cells". Nat. Biotechnol. 23 (1): 94–101. doi:10.1038/nbt1046. PMID 15592455.
• Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514.