Uracil-DNK-glikozilaza

UNG
Dostupne strukture
PDB	Pretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova
	1AKZ, 1DPU, 1EMH, 1EMJ, 1Q3F, 1SSP, 1UGH, 1YUO, 2HXM, 2OXM, 2OYT, 2SSP, 3FCF, 3FCI, 3FCK, 3FCL, 3TKB, 4SKN, 5AYR
Identifikatori
Aliasi	UNG, DGU, HIGM4, HIGM5, UDG, UNG1, UNG15, UNG2, uracil DNK glikozilaza
Vanjski ID-jevi	OMIM: 191525 MGI: 109352 HomoloGene: 6585 GeneCards: UNG
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 12 (čovjek)
Kraj	109,110,992 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 5 (miš)
Kraj	114,277,384 bp
Obrazac RNK ekspresije
	Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• oštećeno vezivanje sa DNK; • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • hydrolase activity; • hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds; • ribosomal small subunit binding; • uracil DNA N-glycosylase activity;
Ćelijska komponenta	• jedro; • mitohondrija; • nukleoplazma;
Biološki proces	• positive regulation of isotype switching; • somatic hypermutation of immunoglobulin genes; • GO:0022415 viral process; • negative regulation of apoptotic process; • depyrimidination; • GO:0100026 Popravka DNK; • somatic recombination of immunoglobulin gene segments; • cellular response to DNA damage stimulus; • base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal; • base-excision repair; • Promjena imunoglobulinske klase;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	7374
	22256
	ENSG00000076248
	ENSMUSG00000029591
	P13051
	P97931
	NM_080911; NM_003362
	NM_001040691; NM_011677
	NP_003353; NP_550433
	NP_001035781; NP_035807
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Uracil-DNK glikozilaze (UDG) – u molekulska biologija|molekulskoj biologiji]] – su pordica enzimskih proteina koji revertiraju mutacije DNK. Najčešća je mutacija deaminacija citozina u uracil.^[5]^[6]^[7]

Struktura uredi

UDG je sastavljena od četverolančanih paralelnnih β-listova okruženih sa osam α-heliksa.^[8] Aktivno mjesto sadrži pet visoko konzerviranih motiva koji skupa kataliziraju raskidanje glikozidnih veza.

Vodom-aktivirajuća petlja: 63-QDPYH-67;
Prolinom-bogata petlja: 165-PPPPS-169;
Uracil-vezujući motiv: 199-GVLLLN-204;
Glicin-serinska petlja: 246-GS-247;
Mala utorna interkalirajuća petlja: 268-HP nivo zvučnog pritiska-273.

Struktura ljudskih UNG u kompleksu sa DNK je otkrila da, kao i ostale glokozilaze, okreće ciljne nukleotide iz dvostruke spirale i na aktivnom mjestu džepa. UDG prolazi konformacijsku promjenu iz otvorenog nevezanog u zatvoreno DNK-vezano stanje.

Funkcija uredi

UDG reparira takve mutacije i krucijalna je i popravkama oštećene DNK, jer bi bez toga mutacije mogle izazvati kancer.^[9] Ovaj ulazak predstavlja različite uracil-DNK glikozilaze i srodne DNK glikozilaze (EC Arhivirano 25. 9. 2019. na Wayback Machine), kao što su uracil-DNK glikozilaze, termofilne uracil-DNK glikozilaze i jednolačane selektivno monofunkcijske uracil-DNK glikozilaze (SMUG1).

Uracil DNK glikozilaze uklanjaju uracil iz DNK, koji može nastati ili spontanom deaminacijom citozina ili pogrešnom inkorporacijom Du, umjesto dA tokom replikacije DNK. Prototipski član ove porodice je UDG E. coli, koji je bio među prvim otkrivenim glikozilazama. U ćelijama sisara, identificirane su Četiri različite aktivnosti uracil-DNK glikozilaze, uključujući i UNG, SMUG1, timin DNK glikozilazu (TDG) i MBD4. One se razlikuju u specifičnosti podloge i subćelijskim lokalizacijama. SMUG1, kao podlogu, preferira jednostruke DNK, ali uklanja i uracil iz dvostrukog lanca DNK. Osim sa neizmijenjenim uracilom, SMUG1 mogu izvršiti ugradnju 5-hidroksiuracila, 5-hidroksimetilluracila i 5-formiluracila, noseći oksidiranu grupu na prsten C5. TDG i MBD4 su strogo specifični za dvostruku DNK. TDG mogu ukloniti timin glikole, kada su prisutni nasuprot guaninu, kao i derivate uracila sa modifikacijama na ugljiku 5. Dosadašnji dokazi ukazuju na to da su, u ljudskim ćelijama, TDG i SMUG1 glavni enzimi koji su odgovorni za popravak uracil:guanin rasparova uzrokovanih spontanom deaminacijom citozina, dok se uracilima, koji su nastali u DNK putem dU pogrešne ugradnje uglavnom bavi Ung. Z MBD4 se mislio da ispravlja neusklađenosti T: G koje proizlaze iz deaminacije 5-metilcitozina u timinu u CpG lokacijama. MBD4 mutiranih miševa se razvijaju normalno i ne pokazuju povećanu osjetljivost na rak ili smanjeno preživljavanje. Ali oni stiču više C-T mutacija na CpG sekvencama u epitelnim ćelijama tankog crijeva.

Također pogledajte uredi

Reference uredi

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000076248 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029591 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-1-8.
^ Kapur Pojskić L., Ed. (2014): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju, 2. izdanje. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 978-9958-9344-8-3.
^ Hadžiselimović R., Pojskić N. (2005): Uvod u humanu imunogenetiku. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-3-4.
^ Parikh SS, Putnam CD, Tainer JA (Aug 2000). "Lessons learned from structural results on uracil-DNA glycosylase". Mutation Research. 460 (3–4): 183–99. doi:10.1016/S0921-8777(00)00026-4. PMID 10946228.
^ Pearl LH (2000). "Structure and function in the uracil-DNA glycosylase superfamily". Mutat Res. 460 (3–4): 165–81. doi:10.1016/S0921-8777(00)00025-2. PMID 10946227.

Vanjski linkovi uredi

DNK repair na Wikimedia Commonsu.

UDG na Wikimedia Commonsu.

Uracil-DNA glycosylase na US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000076248 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029591 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[5] Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-1-8.

[6] Kapur Pojskić L., Ed. (2014): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju, 2. izdanje. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 978-9958-9344-8-3.

[7] Hadžiselimović R., Pojskić N. (2005): Uvod u humanu imunogenetiku. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-3-4.

[three-8] Parikh SS, Putnam CD, Tainer JA (Aug 2000). "Lessons learned from structural results on uracil-DNA glycosylase". Mutation Research. 460 (3–4): 183–99. doi:10.1016/S0921-8777(00)00026-4. PMID 10946228.

[pmid10946227-9] Pearl LH (2000). "Structure and function in the uracil-DNA glycosylase superfamily". Mutat Res. 460 (3–4): 165–81. doi:10.1016/S0921-8777(00)00025-2. PMID 10946227.

[5]

[6]

[7]

[1]

[2]

[3]

[4]

[8]

[9]