Uracil-DNK-glikozilaza

gen koji kodira protein u vrsti Homo sapiens
(Preusmjereno sa Uracil-DNK glikozilaza)

Uracil-DNK glikozilaze (UDG) – u molekulska biologija|molekulskoj biologiji]] – su pordica enzimskih proteina koji revertiraju mutacije DNK. Najčešća je mutacija deaminacija citozina u uracil.[5][6][7]

UNG
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

1AKZ, 1DPU, 1EMH, 1EMJ, 1Q3F, 1SSP, 1UGH, 1YUO, 2HXM, 2OXM, 2OYT, 2SSP, 3FCF, 3FCI, 3FCK, 3FCL, 3TKB, 4SKN, 5AYR

Identifikatori
AliasiUNG, DGU, HIGM4, HIGM5, UDG, UNG1, UNG15, UNG2, uracil DNK glikozilaza
Vanjski ID-jeviOMIM: 191525 MGI: 109352 HomoloGene: 6585 GeneCards: UNG
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 12 (čovjek)
Hrom.Hromosom 12 (čovjek)[1]
Hromosom 12 (čovjek)
Genomska lokacija za UNG
Genomska lokacija za UNG
Bend12q24.11Početak109,097,597 bp[1]
Kraj109,110,992 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 5 (miš)
Hrom.Hromosom 5 (miš)[2]
Hromosom 5 (miš)
Genomska lokacija za UNG
Genomska lokacija za UNG
Bend5|5 FPočetak114,268,447 bp[2]
Kraj114,277,384 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija oštećeno vezivanje sa DNK
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
hydrolase activity
hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds
ribosomal small subunit binding
uracil DNA N-glycosylase activity
Ćelijska komponenta jedro
mitohondrija
nukleoplazma
Biološki proces positive regulation of isotype switching
somatic hypermutation of immunoglobulin genes
GO:0022415 viral process
negative regulation of apoptotic process
depyrimidination
GO:0100026 Popravka DNK
somatic recombination of immunoglobulin gene segments
cellular response to DNA damage stimulus
base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal
base-excision repair
Promjena imunoglobulinske klase
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_080911
NM_003362

NM_001040691
NM_011677

RefSeq (bjelančevina)

NP_003353
NP_550433

NP_001035781
NP_035807

Lokacija (UCSC)Chr 12: 109.1 – 109.11 MbChr 5: 114.27 – 114.28 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Struktura

uredi

UDG je sastavljena od četverolančanih paralelnnih β-listova okruženih sa osam α-heliksa.[8] Aktivno mjesto sadrži pet visoko konzerviranih motiva koji skupa kataliziraju raskidanje glikozidnih veza.

  1. Vodom-aktivirajuća petlja: 63-QDPYH-67;
  2. Prolinom-bogata petlja: 165-PPPPS-169;
  3. Uracil-vezujući motiv: 199-GVLLLN-204;
  4. Glicin-serinska petlja: 246-GS-247;
  5. Mala utorna interkalirajuća petlja: 268-HP nivo zvučnog pritiska-273.

Struktura ljudskih UNG u kompleksu sa DNK je otkrila da, kao i ostale glokozilaze, okreće ciljne nukleotide iz dvostruke spirale i na aktivnom mjestu džepa. UDG prolazi konformacijsku promjenu iz otvorenog nevezanog u zatvoreno DNK-vezano stanje.

Funkcija

uredi

UDG reparira takve mutacije i krucijalna je i popravkama oštećene DNK, jer bi bez toga mutacije mogle izazvati kancer.[9] Ovaj ulazak predstavlja različite uracil-DNK glikozilaze i srodne DNK glikozilaze (EC Arhivirano 25. 9. 2019. na Wayback Machine), kao što su uracil-DNK glikozilaze, termofilne uracil-DNK glikozilaze i jednolačane selektivno monofunkcijske uracil-DNK glikozilaze (SMUG1).

Uracil DNK glikozilaze uklanjaju uracil iz DNK, koji može nastati ili spontanom deaminacijom citozina ili pogrešnom inkorporacijom Du, umjesto dA tokom replikacije DNK. Prototipski član ove porodice je UDG E. coli, koji je bio među prvim otkrivenim glikozilazama. U ćelijama sisara, identificirane su Četiri različite aktivnosti uracil-DNK glikozilaze, uključujući i UNG, SMUG1, timin DNK glikozilazu (TDG) i MBD4. One se razlikuju u specifičnosti podloge i subćelijskim lokalizacijama. SMUG1, kao podlogu, preferira jednostruke DNK, ali uklanja i uracil iz dvostrukog lanca DNK. Osim sa neizmijenjenim uracilom, SMUG1 mogu izvršiti ugradnju 5-hidroksiuracila, 5-hidroksimetilluracila i 5-formiluracila, noseći oksidiranu grupu na prsten C5. TDG i MBD4 su strogo specifični za dvostruku DNK. TDG mogu ukloniti timin glikole, kada su prisutni nasuprot guaninu, kao i derivate uracila sa modifikacijama na ugljiku 5. Dosadašnji dokazi ukazuju na to da su, u ljudskim ćelijama, TDG i SMUG1 glavni enzimi koji su odgovorni za popravak uracil:guanin rasparova uzrokovanih spontanom deaminacijom citozina, dok se uracilima, koji su nastali u DNK putem dU pogrešne ugradnje uglavnom bavi Ung. Z MBD4 se mislio da ispravlja neusklađenosti T: G koje proizlaze iz deaminacije 5-metilcitozina u timinu u CpG lokacijama. MBD4 mutiranih miševa se razvijaju normalno i ne pokazuju povećanu osjetljivost na rak ili smanjeno preživljavanje. Ali oni stiču više C-T mutacija na CpG sekvencama u epitelnim ćelijama tankog crijeva.

Također pogledajte

uredi

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000076248 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029591 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-1-8.
  6. ^ Kapur Pojskić L., Ed. (2014): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju, 2. izdanje. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 978-9958-9344-8-3.
  7. ^ Hadžiselimović R., Pojskić N. (2005): Uvod u humanu imunogenetiku. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-3-4.
  8. ^ Parikh SS, Putnam CD, Tainer JA (Aug 2000). "Lessons learned from structural results on uracil-DNA glycosylase". Mutation Research. 460 (3–4): 183–99. doi:10.1016/S0921-8777(00)00026-4. PMID 10946228.
  9. ^ Pearl LH (2000). "Structure and function in the uracil-DNA glycosylase superfamily". Mutat Res. 460 (3–4): 165–81. doi:10.1016/S0921-8777(00)00025-2. PMID 10946227.

Vanjski linkovi

uredi