Uracil-DNK-glikozilaza
Uracil-DNK glikozilaze (UDG) – u molekulska biologija|molekulskoj biologiji]] – su pordica enzimskih proteina koji revertiraju mutacije DNK. Najčešća je mutacija deaminacija citozina u uracil.[5][6][7]
Struktura
urediUDG je sastavljena od četverolančanih paralelnnih β-listova okruženih sa osam α-heliksa.[8] Aktivno mjesto sadrži pet visoko konzerviranih motiva koji skupa kataliziraju raskidanje glikozidnih veza.
- Vodom-aktivirajuća petlja: 63-QDPYH-67;
- Prolinom-bogata petlja: 165-PPPPS-169;
- Uracil-vezujući motiv: 199-GVLLLN-204;
- Glicin-serinska petlja: 246-GS-247;
- Mala utorna interkalirajuća petlja: 268-HP nivo zvučnog pritiska-273.
Struktura ljudskih UNG u kompleksu sa DNK je otkrila da, kao i ostale glokozilaze, okreće ciljne nukleotide iz dvostruke spirale i na aktivnom mjestu džepa. UDG prolazi konformacijsku promjenu iz otvorenog nevezanog u zatvoreno DNK-vezano stanje.
Funkcija
urediUDG reparira takve mutacije i krucijalna je i popravkama oštećene DNK, jer bi bez toga mutacije mogle izazvati kancer.[9] Ovaj ulazak predstavlja različite uracil-DNK glikozilaze i srodne DNK glikozilaze (EC Arhivirano 25. 9. 2019. na Wayback Machine), kao što su uracil-DNK glikozilaze, termofilne uracil-DNK glikozilaze i jednolačane selektivno monofunkcijske uracil-DNK glikozilaze (SMUG1).
Uracil DNK glikozilaze uklanjaju uracil iz DNK, koji može nastati ili spontanom deaminacijom citozina ili pogrešnom inkorporacijom Du, umjesto dA tokom replikacije DNK. Prototipski član ove porodice je UDG E. coli, koji je bio među prvim otkrivenim glikozilazama. U ćelijama sisara, identificirane su Četiri različite aktivnosti uracil-DNK glikozilaze, uključujući i UNG, SMUG1, timin DNK glikozilazu (TDG) i MBD4. One se razlikuju u specifičnosti podloge i subćelijskim lokalizacijama. SMUG1, kao podlogu, preferira jednostruke DNK, ali uklanja i uracil iz dvostrukog lanca DNK. Osim sa neizmijenjenim uracilom, SMUG1 mogu izvršiti ugradnju 5-hidroksiuracila, 5-hidroksimetilluracila i 5-formiluracila, noseći oksidiranu grupu na prsten C5. TDG i MBD4 su strogo specifični za dvostruku DNK. TDG mogu ukloniti timin glikole, kada su prisutni nasuprot guaninu, kao i derivate uracila sa modifikacijama na ugljiku 5. Dosadašnji dokazi ukazuju na to da su, u ljudskim ćelijama, TDG i SMUG1 glavni enzimi koji su odgovorni za popravak uracil:guanin rasparova uzrokovanih spontanom deaminacijom citozina, dok se uracilima, koji su nastali u DNK putem dU pogrešne ugradnje uglavnom bavi Ung. Z MBD4 se mislio da ispravlja neusklađenosti T: G koje proizlaze iz deaminacije 5-metilcitozina u timinu u CpG lokacijama. MBD4 mutiranih miševa se razvijaju normalno i ne pokazuju povećanu osjetljivost na rak ili smanjeno preživljavanje. Ali oni stiču više C-T mutacija na CpG sekvencama u epitelnim ćelijama tankog crijeva.
Također pogledajte
urediReference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000076248 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029591 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-1-8.
- ^ Kapur Pojskić L., Ed. (2014): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju, 2. izdanje. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 978-9958-9344-8-3.
- ^ Hadžiselimović R., Pojskić N. (2005): Uvod u humanu imunogenetiku. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-3-4.
- ^ Parikh SS, Putnam CD, Tainer JA (Aug 2000). "Lessons learned from structural results on uracil-DNA glycosylase". Mutation Research. 460 (3–4): 183–99. doi:10.1016/S0921-8777(00)00026-4. PMID 10946228.
- ^ Pearl LH (2000). "Structure and function in the uracil-DNA glycosylase superfamily". Mutat Res. 460 (3–4): 165–81. doi:10.1016/S0921-8777(00)00025-2. PMID 10946227.
Vanjski linkovi
uredi- Uracil-DNA glycosylase na US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)