NOL5A

(Preusmjereno sa SCA36)

Jedarcetov protein 56 je protein koji je kod ljudi kodiran genom NOP56.[5][6]

NOL5A
Identifikatori
AliasiNOP56
Vanjski ID-jeviOMIM: 614154 MGI: 1914384 HomoloGene: 4660 GeneCards: NOP56
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 20 (čovjek)
Hrom.Hromosom 20 (čovjek)[1]
Hromosom 20 (čovjek)
Genomska lokacija za NOL5A
Genomska lokacija za NOL5A
Bend20p13Početak2,652,593 bp[1]
Kraj2,658,393 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 2 (miš)
Hrom.Hromosom 2 (miš)[2]
Hromosom 2 (miš)
Genomska lokacija za NOL5A
Genomska lokacija za NOL5A
Bend2|2 F1Početak130,116,350 bp[2]
Kraj130,121,233 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija histone methyltransferase binding
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
snoRNA binding
vezivanje sa RNK
cadherin binding
Ćelijska komponenta citoplazma
box C/D RNP complex
sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex
small-subunit processome
pre-snoRNP complex
membrana
jedro
nukleoplazma
fibrillar center
Jedarce
Biološki proces rRNA processing
rRNA modification
ribosome biogenesis
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_006392

NM_024193

RefSeq (bjelančevina)

NP_006383

NP_077155

Lokacija (UCSC)Chr 20: 2.65 – 2.66 MbChr 2: 130.12 – 130.12 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Nop56p je kvaščev nukleolusni protein koji je dio kompleksa sa jedarcetovim proteinima Nop58p i fibrilarin. Nop56p je potreban za sastavljanje 60S ribosomske podjedinice i uključen je u preribosomsku preradu RNK. Protein koji je kodiran ovim genom dio je sekvence Nop56p, a nalazi se i u nukleolusu. Za ovaj gen pronađeno je više varijanti transkripta koji kodiraju nekoliko različitih izoformi, ali priroda većine njih u punoj dužini nije utvrđena.[6] NOP56 je komponenta C / D malih nukleolusnih ribonukleoproteinskih kompleksa koji usmjeravaju 2-prim-O-metilaciju pre-ribosomske RNK (rRNK) tokom njenog sazrijevanja. Predviđa se da NOP56 funkcionira u ranom do srednjem koraku u prerade pre-rRNK.

Kloniranje i ekspresija

uredi

Pretragom u ljudskoj EST bazi podataka za sekvence slične kvaščevoj Nop56, nakon čega slijedi pregled HeDa ćelijske cDNK biblioteke, Gautier et al. (1997) klonirali su NOP56. Izvedeni protein s 602 aminokiseline je 52% identičan kvaščevom Nop56.

Koristeći RT-PCR, Kobayashi et al.. (2011) otkrili su varijabilnu ekspresiju Nop56 u svim ispitivanim tkivima miša, s najvećom ekspresijom u slezeni, cijelom mozgu, cerebralnoj kori i malom mozgu, a najmanjom u kičmenoj moždini, srcu i plućima. Imunohistohemijska analiza mozga odraslih otkrila je Nop56 u Purkinjeovim ćelijama malog mozga, motornim neuronima podjezičnog jezgra i prednjem rogu kičmene moždine. Western blot analizom otkriven je Nop56 pri prividnoj molekulskoj masi od 66 kD i u jedarnoj i u citoplazmatskoj frakciji malog i malog mozga miša.

Funkcija gena

uredi

Gautier et al. (1997) otkrili su da smrtonosna mutacija Nop56 osjetljiva na temperaturu inhibira mnoge korake u obradi pre-rRNK i dovodi do oštećenja u sklopu podjedinice 60S. Ekspresija ljudskog NOP56 nije upotpunila nultu mutaciju Nop56.

Upotrebom ljudskog NOP56 označenog epitopom, Hayano et al. (2003) su pročišćene komplekse povezali sa NOP56 iz ćelija ljudskog bubrega 293EBNA. Maseno-spektrometrijske analize otkrile su 62 ribosomskih proteina, 45 neribosomskih proteina te i pre-rRNK i zrele tipove rRNK, što sugerira da je NOP56 uključen u prereradu rRNK. Treacle (TCOF1; 606847) bio je među proteinima povezanim s NOP56, a njegovA povezanost s NOP56 ostala je i nakon tretmana RNaZOM. Eksperimenti s povlačenjem proteina potvrdili su izravnu interakciju između NOP56 i patuljastosti.

Molekulska genetika

uredi

Analizom genomske veze, praćenom sekvenciranjem gena kandidata i ponovljenom analizom pet japanskih porodica sa spinocerebelarnom ataksijom-36 (SCA36; 614153), Kobayashi et al. (2011) identificirali su patogenu heterozigotnu 6-bp ponovljenu ekspanziju (GGCCTG; rs68063608) u intronu 1 gena NOP56 (614154.0001). Identificirana su i četiri dodatna pacijenta sa SCA koji nose ovo ponavljanje ekspanzije. Ukupno je pronađeno 9 (3,6%) nepovezanih slučajeva među 251 pacijentom iz posmatrane kohorte. Fluorescentna hibridizacija in situ pacijentskih limfoblastoidnih ćelija pokazala je žarišta RNK, koja nisu pronađena u kontrolnim ćelijama, a dvostruki testovi bojenja i pomjeranja gela pokazali su da se prošireni ponovljeni GGCCUG vezao i sekvestrirao RNK-vezujući protein SFRS2 (600813), dok (CUG ) (6) nije. Pored toga, transkripcija MIR1292 značajno je smanjena u limfoblastoidnim ćelijama SCA pacijenata. Nalazi su ukazali da je SCA36 uzrokovan ponovljenim širenjem heksanukleotida kroz toksični dobitak funkcije. Fenotip je karakterizirala cerebelarna ataksija kod odraslih, s razvojem bolesti motornih neurona koja je uglavnom uticala na proksimalne mišiće nakon dugog trajanja bolesti.[7][8][9][10]

1020304050 MVLLHVLFEHAVGYALLALKEVEEISLLQPQVEESVLNLGKFHSIVRLVA FCPFASSQVALENANAVSEGVVHEDLRLLLETHLPSKKKKVLLGVGDPKI GAAIQEELGYNCQTGGVIAEILRGVRLHFHNLVKGLTDLSACKAQLGLGH SYSRAKVKFNVNRVDNMIIQSISLLDQLDKDINTFSMRVREWYGYHFPEL VKIINDNATYCRLAQFIGNRRELNEDKLEKLEELTMDGAKAKAILDASRS SMGMDISAIDLINIESFSSRVVSLSEYRQSLHTYLRSKMSQVAPSLSALI GEAVGARLIAHAGSLTNLAKYPASTVQILGAEKALFRALKTRGNTPKYGL IFHSTFIGRAAAKNKGRISRYLANKCSIASRIDCFSEVPTSVFGEKLREQ VEERLSFYETGEIPRKNLDVMKEAMVQAEEAAAEITRKLEKQEKKRLKKE KKRLAALALASSENSSSTPEECEEMSEKPKKKKKQKPQEVPQENGMEDPS ISFSKPKKKKSFSKEELMSSDLEETAGSTSIPKRKKSTPKEETVNDPEEA GHRSGSKKKRKFSKEEPVSSGPEEAVGKSSSKKKKKFHKASQED

Oznake aminokiselina

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000101361 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027405 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Gautier T, Berges T, Tollervey D, Hurt E (Dec 1997). "Nucleolar KKE/D repeat proteins Nop56p and Nop58p interact with Nop1p and are required for ribosome biogenesis". Mol Cell Biol. 17 (12): 7088–98. doi:10.1128/MCB.17.12.7088. PMC 232565. PMID 9372940.
  6. ^ a b "Entrez Gene: NOL5A nucleolar protein 5A (56kDa with KKE/D repeat)".
  7. ^ Garcia-Murias, M., Quintans, B., Arias, M., Seixas, A. I., Cacheiro, P., Tarrio, R., Pardo, J., Millan, M. J., Arias-Rivas, S., Blanco-Arias, P., Dapena, D., Moreira, R., Rodriguez-Trelles, F., Sequeiros, J., Carracedo, A., Silveira, I., Sobrido, M. J. 'Costa da Morte' ataxia is spinocerebellar ataxia 36: clinical and genetic characterization. Brain 135: 1423-1435, 2012. [PubMed: 22492559
  8. ^ Gautier, T., Berges, T., Tollervey, D., Hurt, E. Nucleolar KKE/D repeat proteins Nop56p and Nop58p interact with Nop1p and are required for ribosome biogenesis. Molec. Cell. Biol. 17: 7088-7098, 1997. [PubMed]: 9372940
  9. ^ Hayano, T., Yanagida, M., Yamauchi, Y., Shinkawa, T., Isobe, T., Takahashi, N. Proteomic analysis of human Nop56p-associated pre-ribosomal ribonucleoprotein complexes: possible link between Nop56p and the nucleolar protein treacle responsible for Treacher Collins syndrome. J. Biol. Chem. 278: 34309-34319, 2003. [PubMed]: 12777385
  10. ^ Kobayashi, H., Abe, K., Matsuura, T., Ikeda, Y., Hitomi, T., Akechi, Y., Habu, T., Liu, W., Okuda, H., Koizumi, A. Expansion of intronic GGCCTG hexanucleotide repeat in NOP56 causes SCA36, a type of spinocerebellar ataxia accompanied by motor neuron involvement. Am. J. Hum. Genet. 89: 121-130, 2011. ]PubMed: 21683323.

Dopunska literatura

uredi