SBNO2
Jagodasti zarezni homolog 2 (Drosophila) je protein koji je kod ljudi kodiran genom SBNO2.[5]
| SBNO2 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | SBNO2 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 615729 MGI: 2448490 HomoloGene: 8981 GeneCards: SBNO2 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 19: 1.11 – 1.17 Mb | Chr 10: 79.89 – 79.94 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Kloniranje i ekspresija uredi
Skriningom cDNK s potencijalom da kodiraju velike proteine eksprimirane u mozgu, Nagase et al. (1999) klonirali su SBNO2, koji su nazvali KIAA0963. Predviđeni protein od 1.366 aminokiselina ima značajnu homologiju s jagodasim zareznim proteinom roda Drosophila, što sugerira da bi mogao biti uključen u upravljanje nukleinskim kiselinama. RT-PCR analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju SBNO2, s najvišim nivoom u kičmenoj moždini. Koristeći kvantitativni PCR, Maruyama et al. (2013) otkrili su obilnu ekspresiju Sbno2 u slezeni i koštanoj srži miša, s manjim u ostalim organima, kao što su bubrezi, jetri, mozgu, koži, srcu i mišićima. Među hematopoetskim ćelijama miša ekspresija je bila bogata u kultiviranim osteoklastima, sa nižom ekspresijom u primarnim makrofagima i dendritskim ćelijama, a najmanjom u primarnim B- i T-ćelijama i kultiviranim osteoblastima.
Mapiranje uredi
Hibridnom analizom zračenja, Nagase et al. (1999) locirali su gen SBNO2 na hromosomu 19. Gross (2014) bliže ga jemapirao na poziciji 19p13.3, na osnovu poravnanja sekvence SBNO2 (GenBank BC127011) sa genomskom sekvencom (GRCh37).
Aminokiselinska sekvenca uredi
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLAVGPAMDR | DYPQHEPPPA | GSLLYSPPPL | QSAMLHCPYW | NTFSLPPYPA | ||||
| FSSDSRPFMS | SASFLGSQPC | PDTSYAPVAT | ASSLPPKTCD | FAQDSSYFED | ||||
| FSNISIFSSS | VDSLSDIVDT | PDFLPADSLN | QVSTIWDDNP | APSTHDKLFQ | ||||
| LSRPFAGFED | FLPSHSTPLL | VSYQEQSVQS | QPEEEDEAEE | EEAEELGHTE | ||||
| TYADYVPSKS | KIGKQHPDRV | VETSTLSSVP | PPDITYTLAL | PSDSGALSAL | ||||
| QLEAITYACQ | QHEVLLPSGQ | RAGFLIGDGA | GVGKGRTVAG | VILENHLRGR | ||||
| KKALWFSVSN | DLKYDAERDL | RDIEATGIAV | HALSKIKYGD | TTTSEGVLFA | ||||
| TYSALIGESQ | AGGQHRTRLR | QILDWCGEAF | EGVIVFDECH | KAKNAGSTKM | ||||
| GKAVLDLQNK | LPLARVVYAS | ATGASEPRNM | IYMSRLGIWG | EGTPFRNFEE | ||||
| FLHAIEKRGV | GAMEIVAMDM | KVSGMYIARQ | LSFSGVTFRI | EEIPLAPAFE | ||||
| CVYNRAALLW | AEALNVFQQA | ADWIGLESRK | SLWGQFWSAH | QRFFKYLCIA | ||||
| AKVRRLVELA | REELARDKCV | VIGLQSTGEA | RTREVLGEND | GHLNCFVSAA | ||||
| EGVFLSLIQK | HFPSTKRKRD | RGAGSKRKRR | PRGRGAKAPR | LACETAGVIR | ||||
| ISDDSSTESD | PGLDSDFNSS | PESLVDDDVV | IVDAVGLPSD | DRGPLCLLQR | ||||
| DPHGPGVLER | VERLKQDLLD | KVRRLGRELP | VNTLDELIDQ | LGGPQRVAEM | ||||
| TGRKGRVVSR | PDGTVAFESR | AEQGLSIDHV | NLREKQRFMS | GEKLVAIISE | ||||
| ASSSGVSLQA | DRRVQNQRRR | VHMTLELPWS | ADRAIQQFGR | THRSNQVSAP | ||||
| EYVFLISELA | GERRFASIVA | KRLESLGALT | HGDRRATESR | DLSKYNFENK | ||||
| YGTRALHCVL | TTILSQTENK | VPVPQGYPGG | VPTFFRDMKQ | GLLSVGIGGR | ||||
| ESRNGCLDVE | KDCSITKFLN | RILGLEVHKQ | NALFQYFSDT | FDHLIEMDKR | ||||
| EGKYDMGILD | LAPGIEEIYE | ESQQVFLAPG | HPQDGQVVFY | KISVDRGLKW | ||||
| EDAFAKSLAL | TGPYDGFYLS | YKVRGNKPSC | LLAEQNRGQF | FTVYKPNIGR | ||||
| QSQLEALDSL | RRKFHRVTAE | EAKEPWESGY | ALSLTHCSHS | AWNRHCRLAQ | ||||
| EGKDCLQGLR | LRHHYMLCGA | LLRVWGRIAA | VMADVSSSSY | LQIVRLKTKD | ||||
| RKKQVGIKIP | EGCVRRVLQE | LRLMDADVKR | RQAPALGCPA | PPAPRPLALP | ||||
| CGPGEVLDLT | YSPPAEAFPP | PPHFSFPAPL | SLDAGPGVVP | LGTPDAQADP | ||||
| AALAHQGCDI | NFKEVLEDML | RSLHAGPPSE | GALGEGAGAG | GAAGGGPERQ | ||||
| SVIQFSPPFP | GAQAPL |
Funkcija gena uredi
Skriningom mišićnih makrofaga s nedostatkom Il10, rano nakon stimulacije samim lipopolisaharidom (LPS) ili LPS i IL10, nakon čega slijede studije na ljudskim makrofagima, El Kasmi et al. (2007) otkrili su da IL10 inducira ekspresiju ETV3 i SBNO2. Indukcija ETV3 i SBNO2 posredovana IL10-om ovisila je o stimulaciji STAT3 i Toll-olikog receptora. SBNO2 i ETV3 potisnuli su transkripciju NFKB, ali ne i IRF7. Predložili su da su ETV3 i SBNO2 komponente puteva koji doprinose nizvodnim protivupalnim efektima IL10.
Životinjski model uredi
Maruyama et al. (2013) generirali su Sbno2-null miševe i otkrili su da su ženke proizvedene u očekivanom mendelovskom omjeru mendelija, dok je proizvedeno manje od očekivanog broja muških Sbno2-null miševa. Miševi kojima nedostaje Sbno2 nisu imali promjene u aktivaciji Nfkb. Međutim, Sbno2-null miševi su bili osteopetrozni, sa povećanjem volumena i broja trabekulskih kostiju i oštećenom osteoblastogenezom. Kod miševaa Sbno2-null također je oštećena i fuzija osteoklasta, kao i stvaranje višedjelnih osteoklasta kao odgovor na Rankl (TNFSF11). Stimulacija divljeg tipa, ali ne i Sbno2-null, Mcsf (CSF1) izvedenih makrofaga sa Rankl-ovom povećanom ekspresijom Dcstamp-a (TM7SF4). Dodatni eksperimenti pokazali su da se miš Sbno2 vezao za Tal1 i umanjio njegovu inhibiciju ekspresije Dcstamp, što je dovelo do aktiviranja promotora Dcstamp preko Mitf-a. Zaključili su da SBNO2 igra ključnu ulogu u homeostazi kostiju finim podešavanjem formiranja osteoklasta.[6][7] Nagase, T., Ishikawa, K., Suyama, M., Kikuno, R., Hirosawa, M., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 6: 63-70, 1999. [PubMed]: 10231032</ref>
Reference uredi
- ^ a b c ENSG00000278788 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000064932, ENSG00000278788 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035673 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: Strawberry notch homolog 2 (Drosophila)".
- ^ El Kasmi, K. C., Smith, A. M., Williams, L., Neale, G., Panopolous, A., Watowich, S. S., Hacker, H., Foxwell, B. M. J., Murray, P. J. Cutting edge: a transcriptional repressor and corepressor induced by the STAT3-regulated anti-inflammatory signaling pathway. J. Immun. 179: 7215-7219, 2007. Note: Erratum: J. Immun. 180: 3612 only, 2008. [PubMed]: 18025162
- ^ Maruyama, K., Uematsu, S., Kondo, T., Takeuchi, O., Martino, M. M., Kawasaki, T., Akira, S. Strawberry notch homologue 2 regulates osteoclast fusion by enhancing the expression of DC-STAMP. J. Exp. Med. 210: 1947-1960, 2013. PubMed: 23980096
Dopunska literatura uredi
- The Wellcome Trust Case Control Consortium, Anderson CA, Massey DC, Barrett JC, Prescott NJ, Tremelling M, et al. (februar 2009). "Investigation of Crohn's disease risk loci in ulcerative colitis further defines their molecular relationship". Gastroenterology. 136 (2): 523–9.e3. doi:10.1053/j.gastro.2008.10.032. PMC 2675137. PMID 19068216.
- Törkvist L, Halfvarson J, Ong RT, Lördal M, Sjöqvist U, Bresso F, Björk J, Befrits R, Löfberg R, Blom J, Carlson M, Padyukov L, D'Amato M, Seielstad M, Pettersson S (juni 2010). "Analysis of 39 Crohn's disease risk loci in Swedish inflammatory bowel disease patients". Inflammatory Bowel Diseases. 16 (6): 907–9. doi:10.1002/ibd.21105. PMID 19760754.
- El Kasmi KC, Smith AM, Williams L, Neale G, Panopoulos AD, Panopolous A, Watowich SS, Häcker H, Foxwell BM, Murray PJ (decembar 2007). "Cutting edge: A transcriptional repressor and corepressor induced by the STAT3-regulated anti-inflammatory signaling pathway". Journal of Immunology. 179 (11): 7215–9. doi:10.4049/jimmunol.179.11.7215. PMID 18025162.
- Grill M, Syme TE, Noçon AL, Lu AZ, Hancock D, Rose-John S, Campbell IL (oktobar 2015). "Strawberry notch homolog 2 is a novel inflammatory response factor predominantly but not exclusively expressed by astrocytes in the central nervous system". Glia. 63 (10): 1738–52. doi:10.1002/glia.22841. PMC 4676294. PMID 25903009.