Replikacijski protein A

Replikacijski protein A
Replikacijski protein A
(heterotrimer)
Funkcija	Vezivanje oštećene DNK, vezivanje jednolančane DNK

Replikacijski protein A
Identifikatori
Aliasi
Vanjski ID-jevi	GeneCards: [1]
Ortolozi
	n/a
	n/a
	n/a
	n/a
	n; a
	n/a
	n/a
	n/a
	n/a
	n/a
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Replikacijski protein A (RPA) je glavni protein koji se vezuje za jednolančanu DNK (ssDNA) u eukariotskim ćelijama.^[1]^[2] In vitro, RPA pokazuje mnogo veći afinitet za ssDNK nego RNK ili dvolančana DNK.^[3] RPA je neophodan u replikacijama, rekombinacija i procesima popravka, kao što su popravak ekscizijom nukleotida i homologna rekombinacija.^[2]^[4] Takođe ima ulogu u reagovanju na oštećenje DNK.^[4]

Struktura

RPA je heterotrimer, sastavljen od podjedinica RPA1 (RPA70) (podjedinica 70kDa), RPA2 (RPA32) (podjedinica 32kDa) i RPA3 (RPA14) (podjedinica 14kDa). Tri RPA podjedinice sadrže šest OB-nabora (vezivanje oligonukleotida/oligosaharida), sa DNK-vezujućim domenima (DBD) označene kao DBDs A-F, koje vezuju RPA za jednolančanu DNK.^[2]^[3]

DBD-ovi A, B, C i F se nalaze na RPA1, DBD D se nalazi na RPA2, a DBD E se nalazi na RPA3.^[4] DBD-ovi C, D i E čine jezgro trimerizacije proteina sa regionima fleksibilnog lnkera koji ih povezuju sve zajedno.^[4] Zbog ovih fleksibilnih linkera regiona, RPA se smatra veoma fleksibilnim i to podržava dinamičko vezivanje koje RPA može postići. Zbog ovog dinamičkog vezivanja, RPA je također sposoban za različite konformacije što dovodi do različitog broja nukleotida koje može angažovati.^[4]

DBD-ovi A, B, C i D su mjesta koja su uključena u vezivanje ssDNK.^[5] interakcije protein-protein između RPA i drugih proteina dešavaju se na N-terminalu RPA1, konkretno DBD F, zajedno sa C-terminalom RPA2.^[5] Fosforilacija RPA se odvija na N-terminalu RPA2.^[5]

RPA dijeli mnoge karakteristike sa heterotrimerom kompleksa CST, iako RPA ima uniformniju stehiometriju 1:1:1.^[6]

Funkcije

Tokom replikacija DNK, RPA sprečava jednolančanu DNK (ssDNA) da se namota na sebe ili da formira sekundarne strukture. Također pomaže u zaštiti ssDNK od napada endonukleaza.^[2] Ovo održava nenamotanu DNK da bi je polimeraza replicirala. RPA se također vezuje za ssDNK tokom početne faze homologne rekombinacije, važnog procesa u popravci DNK i profazi I mejoza.

Preosjetljivost na agense koji oštećuju DNK može biti uzrokovana mutacija u genu RPA.^[7] Kao i njegova uloga u replikaciji DNK, ovo sprečava ssDNK da se veže za sebe (samokomplementira), tako da rezultirajući nukleoproteinski filament može biti vezan za Rad51 i njegove kofaktore.^[7]

RPA se takođe vezuje za DNK tokom procesa popravke ekscizijom nukleotida. Ovo vezivanje stabilizuje kompleks popravke tokom procesa popravke. Bakterijski homolog zove se jednolančani vezujući protein (SSB).

Također pogledajte

Reference

^ Wold MS (1997). "Replication protein A: a heterotrimeric, single-stranded DNA-binding protein required for eukaryotic DNA metabolism". Annual Review of Biochemistry. 66 (1): 61–92. doi:10.1146/annurev.biochem.66.1.61. PMID 9242902.
^ ^a ^b ^c ^d Chen R, Wold MS (decembar 2014). "Replication protein A: single-stranded DNA's first responder: dynamic DNA-interactions allow replication protein A to direct single-strand DNA intermediates into different pathways for synthesis or repair". BioEssays. 36 (12): 1156–1161. doi:10.1002/bies.201400107. PMC 4629251. PMID 25171654.
^ ^a ^b Flynn RL, Zou L (august 2010). "Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold proteins: a growing family of genome guardians". Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. 45 (4): 266–275. doi:10.3109/10409238.2010.488216. PMC 2906097. PMID 20515430.
^ ^a ^b ^c ^d ^e Caldwell CC, Spies M (oktobar 2020). "Dynamic elements of replication protein A at the crossroads of DNA replication, recombination, and repair". Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. 55 (5): 482–507. doi:10.1080/10409238.2020.1813070. PMC 7821911. PMID 32856505.
^ ^a ^b ^c Dueva R, Iliakis G (septembar 2020). "Replication protein A: a multifunctional protein with roles in DNA replication, repair and beyond". NAR Cancer. 2 (3): zcaa022. doi:10.1093/narcan/zcaa022. PMC 8210275 Provjerite vrijednost parametra |pmc= (pomoć). PMID 34316690 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć).
^ Lue NF, Zhou R, Chico L, Mao N, Steinberg-Neifach O, Ha T (2013). "The telomere capping complex CST has an unusual stoichiometry, makes multipartite interaction with G-Tails, and unfolds higher-order G-tail structures". PLOS Genetics. 9 (1): e1003145. doi:10.1371/journal.pgen.1003145. PMC 3536697. PMID 23300477.
^ ^a ^b Li X, Heyer WD (januar 2008). "Homologous recombination in DNA repair and DNA damage tolerance". Cell Research. 18 (1): 99–113. doi:10.1038/cr.2008.1. PMC 3087377. PMID 18166982.

[1] Wold MS (1997). "Replication protein A: a heterotrimeric, single-stranded DNA-binding protein required for eukaryotic DNA metabolism". Annual Review of Biochemistry. 66 (1): 61–92. doi:10.1146/annurev.biochem.66.1.61. PMID 9242902.

[pmid251716542-2] Chen R, Wold MS (decembar 2014). "Replication protein A: single-stranded DNA's first responder: dynamic DNA-interactions allow replication protein A to direct single-strand DNA intermediates into different pathways for synthesis or repair". BioEssays. 36 (12): 1156–1161. doi:10.1002/bies.201400107. PMC 4629251. PMID 25171654.

[pmid205154302-3] Flynn RL, Zou L (august 2010). "Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold proteins: a growing family of genome guardians". Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. 45 (4): 266–275. doi:10.3109/10409238.2010.488216. PMC 2906097. PMID 20515430.

[:0-4] Caldwell CC, Spies M (oktobar 2020). "Dynamic elements of replication protein A at the crossroads of DNA replication, recombination, and repair". Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. 55 (5): 482–507. doi:10.1080/10409238.2020.1813070. PMC 7821911. PMID 32856505.

[:1-5] Dueva R, Iliakis G (septembar 2020). "Replication protein A: a multifunctional protein with roles in DNA replication, repair and beyond". NAR Cancer. 2 (3): zcaa022. doi:10.1093/narcan/zcaa022. PMC 8210275 Provjerite vrijednost parametra |pmc= (pomoć). PMID 34316690 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć).

[pmid233004772-6] Lue NF, Zhou R, Chico L, Mao N, Steinberg-Neifach O, Ha T (2013). "The telomere capping complex CST has an unusual stoichiometry, makes multipartite interaction with G-Tails, and unfolds higher-order G-tail structures". PLOS Genetics. 9 (1): e1003145. doi:10.1371/journal.pgen.1003145. PMC 3536697. PMID 23300477.

[Li_2008-7] Li X, Heyer WD (januar 2008). "Homologous recombination in DNA repair and DNA damage tolerance". Cell Research. 18 (1): 99–113. doi:10.1038/cr.2008.1. PMC 3087377. PMID 18166982.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]