Proteolizni MAP
Proteolizni MAP (PMAP) je integrirani web sajt fokusiran na proteaze.[1]
Obrazloženje uredi
PMAP treba da pomogne istraživačima proteaza u rasuđivanju o proteoliznim mrežama i metaboličkim putevima.
Historija i finansiranje uredi
PMAP je prvobitno kreiran na Burnham Institute for Medical Research, La Jolla, California. Godine 2004. Nacionalni instituti za zdravlje (NIH) odabrao je tim koji je predvodio Jeffrey W. Smith, da uspostavi Centar za proteolitske puteve (CPP). Kao dio Mape puta za biomedicinska istraživanja NIH-a, centar razvija tehnologiju za proučavanje ponašanja proteina i prenošenje tog znanja široj naučnoj zajednici.
Fokusna tačka uredi
Proteaze su klasa enzima koji regulišu većinu onoga što se dešava u ljudskom organizmu, kako unutar ćelije, tako i van, cijepanjem peptidnih veza u proteinima. Kroz ovu aktivnost, oni upravljaju četiri osnovne ćelijske funkcije: diferencijacija, pokretljivost, dioba i ćelijska smrt — i aktiviraju važne vanćelijske epizode, kao što su npr. biohemijska kaskada u zgrušavanju krvi. Jednostavno rečeno, život ne bi mogao postojati bez njih. Ekstenzivni on-line sistem klasifikacije za proteaze (takođe zvane peptidaze) deponovan je u bazi podataka MEROPS.
Cilj uredi
Proteolitski putevi, ili proteoliza, su niz događaja kontroliranih proteazama koji se javljaju kao odgovor na specifične podražaje. Osim zgrušavanja krvi, i proizvodnja insulina može se posmatrati kao proteolitski put, jer je aktivacija, regulacija i inhibicija tog proteina rezultat reakcije proteaza na promjenjive razine glukoze i pokretanja druge proteaze nizvodno.
Sadržaj baze podataka uredi
PMAP integriše pet baza podataka. ProteaseDB i SubstrateDB su vođeni automatizovanim kanalom za napomene koji generiše dinamičke „Stranice molekula“, bogate molekulskim informacijama CutDB[2] ima informacije o više od 6.600 proteolitskih događaja, a ProfileDB je posvećen informacijama o supstratnoj specifičnosti prepoznavanja proteaza. PathwayDB, upravo započeta akumulacija metaboličkih puteva čija se funkcija može dinamički modelirati na način zasnovan na pravilima. Hipotetske mreže su izvedene poluautomatskim odbacivanjem iz literature. Dodatno, dostupni su softverski alati za proteaze za analizu pojedinačnih proteaza i proteomskih skupova podataka.
Upotreba uredi
Popularna odredišta u PMAP-u su stranice molekula proteaze i stranice molekula supstrata. Stranice molekula proteaze prikazuju nedavne vijesti u PubMed literaturi o proteazi, poznatim proteolitskim događajima, lokaciji proteinskih domena i prikazu struktura proteina , kao i unakrsnu napomenu u drugim bioinformatičkim odjeljcima baza podataka. Stranice molekula supstrata prikazuju proteinske domene i eksperimentalno izvedena mjesta rezanja proteaze za datu proteinsku metu od interesa.
Također pogledajte uredi
Reference uredi
- ^ Igarashi, Y; Heureux, E; Doctor, KS; Talwar, P; Gramatikova, S; Gramatikoff, K; Zhang, Y; Blinov, M; Ibragimova, SS; Boyd, S; Ratnikov, B; Cieplak, P; Godzik, A; Smith, JW; Osterman, AL; Eroshkin, AM (2008). "PMAP: databases for analyzing proteolytic events and pathways". Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D611–D618. doi:10.1093/nar/gkn683. PMC 2686432. PMID 18842634.
- ^ Igarashi Y, Eroshkin A, Gramatikova S, Gramatikoff K, Zhang Y, Smith JW, Osterman AL, Godzik A. CutDB: a proteolytic event database. Nucleic Acids Research. 2007 D546-9
Vanjski linkovi uredi
- Proteases na US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
- Official website
- Proteolysis Cut Site database - curated expert annotation from users
- Protease cut sites graphical interface
- Protease cutting predictor
- Merops - the peptidase database Arhivirano 14. 11. 2006. na Wayback Machine
