MEROPS
MEROPS je online baza podataka za peptidaze (poznate i kao proteaze) i njihove inhibitore.[2]Klasifikacijsku shemu peptidaza objavili su Rawlings & Barrett u 1993.[3] a za proteinske inhibitore Rawlings et al., 2004.[4]
| MEROPS | |
|---|---|
| Razvijatelj | Neil D. Rawlings |
| Grupa OS-a | The Wellcome Trust Sanger Institute |
| Izvorni model | Rawlings & al. (2012)[1] |
| Korisnički interfejs | http://merops.sanger.ac.uk |
| Službeni veb-sajt | Službena stranica |
Pregled
urediKlasifikacija se temelji na sličnosti na razini tercijarne i primarne strukture. Poređenja su ograničene na taj dio sekvenci direktno uključenih u reakciju, koja u slučaju peptidaze mora da sadrži aktivno mjesto, i za inhibitor protein reaktivnog mjesta.
Klasifikacija je hijerarhijska: sekvence se vežu u porodice (familije), a one se dijele na klanove. Porodica se okuplja oko structure tipski primjer , sekvence koja je dobro okarakterana kao peptidaza ili inhibitor. Sve ostale sekvence u porodici moraju se odnositi na primjer tipske porodice, bilo direktno ili preko tranzitivnih odnosa koji uključuju jednu ili više sekvenci koje ispoljavaju takva svojstva koja ih čine članovima porodice. Tipski, Fasta ili BlastP se koristi za uspostavljanje odnosa sekvenci, uz vrijednosti očekivanja od 0,001 ili manje (<) statističkog značaja. Klan se također okupilja oko tipskog primjera, kod kojeg jstruktura dobro okarakterana, peptidaze ili inhibitora. Porodica je uključena u klan ako je tercijarna struktura, a članstvo u porodici može se pokazati da je sekvenca u vezi s tim primjerom tipa klana. Tipski, DALI se koristi za uspostavljanje članstva klana, sa z rezultatom od 6,00 standardinih devijacijskih jedinica ili iznad koje se smatraju statistički značajnim. Za peptidaze, drugi dokazi koji ukazuju na to da su u vezi s porodicom kada je tercijarna struktura odsutna, uključuje isti red katalitskog ostatka u sekvenci.
Također pogledajte
uredi- The Proteolysis Map
- TopFIND – naučna baza podataka koja pokriva proteaze, specifičnost njihovog mjesta djelovanja, podloge, inhibitore i termine proteina koji potiču iz njihove aktivnosti
- Proteinska superporodica
- PA klan
Reference
uredi- ^ Rawlings, Neil D; Barrett Alan J; Bateman Alex (Jan 2012). "MEROPS: the database of proteolytic enzymes, their substrates and inhibitors". Nucleic Acids Res. England. 40 (Database issue): D343-50. doi:10.1093/nar/gkr987. PMC 3245014. PMID 22086950. Referenca sadrži prazan nepoznati parametars:
|laydate=,|laysummary=, i|laysource=(pomoć)CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link) - ^ Rawlings ND, Barrett AJ, Bateman A (januar 2010). "MEROPS: the peptidase database". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D227–33. doi:10.1093/nar/gkp971. PMC 2808883. PMID 19892822.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
- ^ Rawlings, N.D. & Barrett, A.J. (1993) Evolutionary families of peptidases. Biochem J 290, 205-218.
- ^ Rawlings, N.D., Tolle, D.P. & Barrett, A.J. (2004) Evolutionary families of peptidase inhibitors. Biochem J 378, 705-716.
Vanjski linkovi
uredi- MEROPS database Arhivirano 14. 11. 2006. na Wayback Machine