PRCD
Protein progresivne degeneracije štapića-čepića je protein koji je kod ljudi kodiran genom PRCD.[5]
| PRCD | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | PRCD | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 610598 MGI: 3649529 HomoloGene: 135617 GeneCards: PRCD | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 17: 76.53 – 76.55 Mb | Chr 11: 116.54 – 116.56 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ovaj gen je pretežno eksprimiran u mrežnjači, a njegove mutacije uzrok su autosomno-recesivne degeneracije mrežnjače i kod ljudi i kod pasa. Za ovaj gen pronađene su alternativno prerađene varijante transkripta. [prema RefSeq, mart 2010].
Dužina polipeptidnog lanca je 54 aminokiseline, a molekulska težina 6.007[6].
Aminokiselinska sekvenca
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MCTTLFLLST | LAMLWRRRFA | NRVQPEPSDV | DGAARGSSLD | ADPQSSGREK | ||||
| EPLK |
Kloniranje i ekspresija
urediProgresivna degeneracija štapića (prcd) kasna je pojava, autosomno recesivna degeneracija fotoreceptora kod pasa, koja je posljedica mutacije gena Prcd. Pretragom EST baze podataka za sekvence slične psećim Prcd, nakon čega slijedi pretraga PCR biblioteke cDNK mrežnjače, Zangerl et al. (2006) klonirali su ljudski PRCD. Izvedeni peptid sa 54 aminokiseline ima N-terminalni signalni peptid i C-terminalni transmembranski domen. Prvih 28 aminokiselina PRCD u potpunosti su konzervirane između čovjeka i psa. PRCD označen epitopom eksprimiran je u citoplazmi transficiranih COS ćelija, sa najvećim ispoljavanjem oko jedra.
Struktura gena
urediZangerl et al. (2006) utvrdili su da gen PRCD sadrži četiri egzona, od kojih je posljednji nekodirajući. U promotorskoj regiji, PRCD ima nekoliko navodnih TATA-kutija i CAAT motiva, kao i mjesta vezanja za 36 različitih faktora transkripcije. Analizom genomske sekvence, Zangerl et al. (2006) mapirali su gen PRCD na hromosomakoj lokaciji 17q22.
Molekulska genetika
urediZangerl et al. (2006) analizirali su gen PRCD kod 1.836 pacijenata s pigmentnim retinitisom i drugim nasljednim poremećajima mrežnjače. U 32-godišnjaka iz Bangladeša s autosomno recesivnim retinitis pigmentosa (RP36) identificirali su homozigotnost misens mutacija gena PRCD (C2Y), identičnih mutaciji uočenoj kod pasa s prcd-om. Za razliku od divljeg tipa PRCD, mutirani protein formirao je sferne agregate unutar citoplazme transficiranih COS ćelija. U 18 pacijenata iz devet porodica sa RP, svi iz istog muslimanskog arapskog sela sa visokim stupnjem inbridinga, Nevet et al. (2010) identificirali su homozigotnost za nonsens mutaciju gena PRCD (R22X). Mutacija je u selu bila prisutna sa frekvencijom od 10%.
Životinjski model
urediPrcd je najrasprostranjenija nasljedna bolest mrežnjače koja dovodi do sljepoće kod pasa, a fenotipski je pseći pandan retinitis pigmentosa kod ljudi. Acland et al. (1998) proučili su više prcd-informativnih rodoslova s panelom od više od 100 sidrišnih lokusa i markera, zasnovanih na mikrosatelitima. Identificirali su vezujuću grupu bočnih prcd, koja je lokalizirala gen bolesti blizu centromernog kraja psećeg hromosoma 9, regije koja je konzervirala sintezu sa ljudskom [[distalna delecija 17q|distalnom delecijom hromosoma 17q. Zangerl et al. (2006) identificirali su homozigotnu mutaciju u genu Prcd koja je pokazala potpunu podudarnost s fenotipom prcd u 18 različitih rasa pasa ili pasmina koje su testirane. Mutacija, tranzicija G-u-A na nukleotidu 5, rezultirala je supstitucijom C2Y. Alel koji izaziva bolest nije primijećen kod pasa ili pasmina za koje je potvrđeno da ne razdvajaju prcd.[7][8][9]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000214140 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000075410 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: Progressive rod-cone degeneration". Pristupljeno 28. 11. 2012.
- ^ "UniProt, Q00LT1". Pristupljeno 12. 9. 2017.
- ^ Acland, G. M., Ray, K., Mellersh, C. S., Gu, W., Langston, A. A., Rine, J., Ostrander, E. A., Aguirre, G. D. Linkage analysis and comparative mapping of canine progressive rod-cone degeneration (prcd) establishes potential locus homology with retinitis pigmentosa (RP17) in humans. Proc. Nat. Acad. Sci. 95: 3048-3053, 1998. [PubMed]: 9501213
- ^ Nevet, M. J., Shalev, S. A., Zlotogora, J., Mazzawi, N., Ben-Yosef, T. Identification of a prevalent founder mutation in an Israeli Muslim Arab village confirms the role of PRCD in the aetiology of retinitis pigmentosa in humans. J. Med. Genet. 47: 533-537, 2010. [PubMed: 20507925
- ^ Zangerl, B., Goldstein, O., Philp, A. R., Lindauer, S. J. P., Pearce-Kelling, S. E., Mullins, R. F., Graphodatsky, A. S., Ripoll, D., Felix, J. S., Stone, E. M., Acland, G. M., Aguirre, G. D. Identical mutation in a novel retinal gene causes progressive rod-cone degeneration in dogs and retinitis pigmentosa in humans. Genomics 88: 551-563, 2006. PubMed: 16938425