Protein PHD-prsta 2 je protein koji je kod ljudi kodiran genom PHF2.[5]

PHF2
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

3KQI, 3PTR, 3PU3, 3PU8, 3PUA, 3PUS

Identifikatori
AliasiPHF2
Vanjski ID-jeviOMIM: 604351 MGI: 1338034 HomoloGene: 3934 GeneCards: PHF2
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 9 (čovjek)
Hrom.Hromosom 9 (čovjek)[1]
Hromosom 9 (čovjek)
Genomska lokacija za PHF2
Genomska lokacija za PHF2
Bend9q22.31Početak93,576,584 bp[1]
Kraj93,679,587 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 13 (miš)
Hrom.Hromosom 13 (miš)[2]
Hromosom 13 (miš)
Genomska lokacija za PHF2
Genomska lokacija za PHF2
Bend13 A5|13 24.96 cMPočetak48,955,226 bp[2]
Kraj49,024,595 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija iron ion binding
histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity
GO:0001105 transcription coactivator activity
dioxygenase activity
vezivanje iona metala
methylated histone binding
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
oxidoreductase activity
histone demethylase activity
vezivanje iona cinka
Ćelijska komponenta nukleoplazma
hromosom
Jedarce
Primarno suženje
kinetohor
jedro
Biološki proces GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
histone H3-K9 demethylation
protein demethylation
transcription, DNA-templated
negative regulation of ribosomal DNA heterochromatin assembly
liver development
GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_005392
NM_024517

NM_011078

RefSeq (bjelančevina)

NP_005383

NP_035208

Lokacija (UCSC)Chr 9: 93.58 – 93.68 MbChr 13: 48.96 – 49.02 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 1.096 aminokiselina, а molekulska težina Da. 120 775[6]

1020304050
MATVPVYCVCRLPYDVTRFMIECDACKDWFHGSCVGVEEEEAPDIDIYHC
PNCEKTHGKSTLKKKRTWHKHGPGQAPDVKPVQNGSQLFIKELRSRTFPS
AEDVVARVPGSQLTLGYMEEHGFTEPILVPKKDGLGLAVPAPTFYVSDVE
NYVGPERSVDVTDVTKQKDCKMKLKEFVDYYYSTNRKRVLNVTNLEFSDT
RMSSFVEPPDIVKKLSWVENYWPDDALLAKPKVTKYCLICVKDSYTDFHI
DSGGASAWYHVLKGEKTFYLIRPASANISLYERWRSASNHSEMFFADQVD
KCYKCIVKQGQTLFIPSGWIYATLTPVDCLAFAGHFLHSLSVEMQMRAYE
VERRLKLGSLTQFPNFETACWYMGKHLLEAFKGSHKSGKQLPPHLVQGAK
ILNGAFRSWTKKQALAEHEDELPEHFKPSQLIKDLAKEIRLSENASKAVR
PEVNTVASSDEVCDGDREKEEPPSPIEATPPQSLLEKVSKKKTPKTVKMP
KPSKIPKPPKPPKPPRPPKTLKLKDGGKKKGKKSRESASPTIPNLDLLEA
HTKEALTKMEPPKKGKATKSVLSVPNKDVVHMQNDVERLEIREQTKSKSE
AKWKYKNSKPDSLLKMEEEQKLEKSPLAGNKDNKFSFSFSNKKLLGSKAL
RPPTSPGVFGALQNFKEDKPKPVRDEYEYVSDDGELKIDEFPIRRKKNAP
KRDLSFLLDKKAVLPTPVTKPKLDSAAYKSDDSSDEGSLHIDTDTKPGRN
ARVKKESGSSAAGILDLLQASEEVGALEYNPSSQPPASPSTQEAIQGMLS
MANLQASDSCLQTTWGAGQAKGSSLAAHGARKNGGGSGKSAGKRLLKRAA
KNSVDLDDYEEEQDHLDACFKDSDYVYPSLESDEDNPIFKSRSKKRKGSD
DAPYSPTARVGPSVPRQDRPVREGTRVASIETGLAAAAAKLSQQEEQKSK
KKKSAKRKLTPNTTSPSTSTSISAGTTSTSTTPASTTPASTTPASTSTAS
SQASQEGSSPEPPPESHSSSLADHEYTAAGTFTGAQAGRTSQPMAPGVFL
TQRRPSASSPNNNTAAKGKRTKKGMATAKQRLGKILKIHRNGKLLL

Funkcija

uredi

Ovaj gen kodira protein koji sadrži prst poput cinkovog prsta PHD (biljni homeodomen), za razliku od drugih klasa motiva cinkovog prsta, te hidrofobni i visoko konzervirani domen . PHD prst prikazuje tipski aranžman Cys4HisCys3. Smatra se da geni PHD-prstiju pripadaju raznolikoj skupini transkripcijskih regulatora koji mogu uticati na ekspresiju gena eukariota, utičući na strukturu hromatina.

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000197724 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000038025 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: PHD finger protein 2". Pristupljeno 9. 4. 2016.
  6. ^ "UniProt, O75151". Pristupljeno 10. 9. 2021.

Dopunska literatura

uredi