NOL5A

Jedarcetov protein 56 je protein koji je kod ljudi kodiran genom NOP56.

NOL5A
Identifikatori
Aliasi	NOP56
Vanjski ID-jevi	OMIM: 614154 MGI: 1914384 HomoloGene: 4660 GeneCards: NOP56
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 20 (čovjek) Bend 20p13 Početak 2,652,593 bp Kraj 2,658,393 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 2 (miš) Bend 2|2 F1 Početak 130,116,350 bp Kraj 130,121,233 bp
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • histone methyltransferase binding • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • snoRNA binding • vezivanje sa RNK • cadherin binding Ćelijska komponenta • citoplazma • box C/D RNP complex • sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex • small-subunit processome • pre-snoRNP complex • membrana • jedro • nukleoplazma • fibrillar center • Jedarce Biološki proces • rRNA processing • rRNA modification • ribosome biogenesis Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	10528	67134
Ensembl	ENSG00000101361	ENSMUSG00000027405
UniProt	O00567	Q9D6Z1
RefSeq (mRNK)	NM_006392	NM_024193
RefSeq (bjelančevina)	NP_006383	NP_077155
Lokacija (UCSC)	Chr 20: 2.65 – 2.66 Mb	Chr 2: 130.12 – 130.12 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Nop56p je kvaščev nukleolusni protein koji je dio kompleksa sa jedarcetovim proteinima Nop58p i fibrilarin. Nop56p je potreban za sastavljanje 60S ribosomske podjedinice i uključen je u preribosomsku preradu RNK. Protein koji je kodiran ovim genom dio je sekvence Nop56p, a nalazi se i u nukleolusu. Za ovaj gen pronađeno je više varijanti transkripta koji kodiraju nekoliko različitih izoformi, ali priroda većine njih u punoj dužini nije utvrđena. NOP56 je komponenta C / D malih nukleolusnih ribonukleoproteinskih kompleksa koji usmjeravaju 2-prim-O-metilaciju pre-ribosomske RNK (rRNK) tokom njenog sazrijevanja. Predviđa se da NOP56 funkcionira u ranom do srednjem koraku u prerade pre-rRNK.

Kloniranje i ekspresija

Pretragom u ljudskoj EST bazi podataka za sekvence slične kvaščevoj Nop56, nakon čega slijedi pregled HeDa ćelijske cDNK biblioteke, Gautier et al. (1997) klonirali su NOP56. Izvedeni protein s 602 aminokiseline je 52% identičan kvaščevom Nop56.

Koristeći RT-PCR, Kobayashi et al.. (2011) otkrili su varijabilnu ekspresiju Nop56 u svim ispitivanim tkivima miša, s najvećom ekspresijom u slezeni, cijelom mozgu, cerebralnoj kori i malom mozgu, a najmanjom u kičmenoj moždini, srcu i plućima. Imunohistohemijska analiza mozga odraslih otkrila je Nop56 u Purkinjeovim ćelijama malog mozga, motornim neuronima podjezičnog jezgra i prednjem rogu kičmene moždine. Western blot analizom otkriven je Nop56 pri prividnoj molekulskoj masi od 66 kD i u jedarnoj i u citoplazmatskoj frakciji malog i malog mozga miša.

Funkcija gena

Gautier et al. (1997) otkrili su da smrtonosna mutacija Nop56 osjetljiva na temperaturu inhibira mnoge korake u obradi pre-rRNK i dovodi do oštećenja u sklopu podjedinice 60S. Ekspresija ljudskog NOP56 nije upotpunila nultu mutaciju Nop56.

Upotrebom ljudskog NOP56 označenog epitopom, Hayano et al. (2003) su pročišćene komplekse povezali sa NOP56 iz ćelija ljudskog bubrega 293EBNA. Maseno-spektrometrijske analize otkrile su 62 ribosomskih proteina, 45 neribosomskih proteina te i pre-rRNK i zrele tipove rRNK, što sugerira da je NOP56 uključen u prereradu rRNK. Treacle (TCOF1; 606847) bio je među proteinima povezanim s NOP56, a njegovA povezanost s NOP56 ostala je i nakon tretmana RNaZOM. Eksperimenti s povlačenjem proteina potvrdili su izravnu interakciju između NOP56 i patuljastosti.

Molekulska genetika

Analizom genomske veze, praćenom sekvenciranjem gena kandidata i ponovljenom analizom pet japanskih porodica sa spinocerebelarnom ataksijom-36 (SCA36; 614153), Kobayashi et al. (2011) identificirali su patogenu heterozigotnu 6-bp ponovljenu ekspanziju (GGCCTG; rs68063608) u intronu 1 gena NOP56 (614154.0001). Identificirana su i četiri dodatna pacijenta sa SCA koji nose ovo ponavljanje ekspanzije. Ukupno je pronađeno 9 (3,6%) nepovezanih slučajeva među 251 pacijentom iz posmatrane kohorte. Fluorescentna hibridizacija in situ pacijentskih limfoblastoidnih ćelija pokazala je žarišta RNK, koja nisu pronađena u kontrolnim ćelijama, a dvostruki testovi bojenja i pomjeranja gela pokazali su da se prošireni ponovljeni GGCCUG vezao i sekvestrirao RNK-vezujući protein SFRS2 (600813), dok (CUG ) (6) nije. Pored toga, transkripcija MIR1292 značajno je smanjena u limfoblastoidnim ćelijama SCA pacijenata. Nalazi su ukazali da je SCA36 uzrokovan ponovljenim širenjem heksanukleotida kroz toksični dobitak funkcije. Fenotip je karakterizirala cerebelarna ataksija kod odraslih, s razvojem bolesti motornih neurona koja je uglavnom uticala na proksimalne mišiće nakon dugog trajanja bolesti.

1020304050 MVLLHVLFEHAVGYALLALKEVEEISLLQPQVEESVLNLGKFHSIVRLVA FCPFASSQVALENANAVSEGVVHEDLRLLLETHLPSKKKKVLLGVGDPKI GAAIQEELGYNCQTGGVIAEILRGVRLHFHNLVKGLTDLSACKAQLGLGH SYSRAKVKFNVNRVDNMIIQSISLLDQLDKDINTFSMRVREWYGYHFPEL VKIINDNATYCRLAQFIGNRRELNEDKLEKLEELTMDGAKAKAILDASRS SMGMDISAIDLINIESFSSRVVSLSEYRQSLHTYLRSKMSQVAPSLSALI GEAVGARLIAHAGSLTNLAKYPASTVQILGAEKALFRALKTRGNTPKYGL IFHSTFIGRAAAKNKGRISRYLANKCSIASRIDCFSEVPTSVFGEKLREQ VEERLSFYETGEIPRKNLDVMKEAMVQAEEAAAEITRKLEKQEKKRLKKE KKRLAALALASSENSSSTPEECEEMSEKPKKKKKQKPQEVPQENGMEDPS ISFSKPKKKKSFSKEELMSSDLEETAGSTSIPKRKKSTPKEETVNDPEEA GHRSGSKKKRKFSKEEPVSSGPEEAVGKSSSKKKKKFHKASQED

Oznake aminokiselina

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Dopunska literatura

• Deloukas P, Matthews LH, Ashurst J, et al. (2002). "The DNA sequence and comparative analysis of human chromosome 20". Nature. 414 (6866): 865–71. doi:10.1038/414865a. PMID 11780052.
• Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, et al. (2002). "Directed proteomic analysis of the human nucleolus". Curr. Biol. 12 (1): 1–11. doi:10.1016/S0960-9822(01)00650-9. PMID 11790298.
• Watkins NJ, Dickmanns A, Lührmann R (2003). "Conserved stem II of the box C/D motif is essential for nucleolar localization and is required, along with the 15.5K protein, for the hierarchical assembly of the box C/D snoRNP". Mol. Cell. Biol. 22 (23): 8342–52. doi:10.1128/MCB.22.23.8342-8352.2002. PMC 134055. PMID 12417735.
• Scherl A; Couté Y; Déon C; et al. (2003). "Functional proteomic analysis of human nucleolus". Mol. Biol. Cell. 13 (11): 4100–9. doi:10.1091/mbc.E02-05-0271. PMC 133617. PMID 12429849.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Hayano T, Yanagida M, Yamauchi Y, et al. (2003). "Proteomic analysis of human Nop56p-associated pre-ribosomal ribonucleoprotein complexes. Possible link between Nop56p and the nucleolar protein treacle responsible for Treacher Collins syndrome". J. Biol. Chem. 278 (36): 34309–19. doi:10.1074/jbc.M304304200. PMID 12777385.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Hassel S, Eichner A, Yakymovych M, et al. (2004). "Proteins associated with type II bone morphogenetic protein receptor (BMPR-II) and identified by two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry". Proteomics. 4 (5): 1346–58. doi:10.1002/pmic.200300770. PMID 15188402.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Watkins NJ, Lemm I, Ingelfinger D, et al. (2005). "Assembly and maturation of the U3 snoRNP in the nucleoplasm in a large dynamic multiprotein complex". Mol. Cell. 16 (5): 789–98. doi:10.1016/j.molcel.2004.11.012. hdl:11858/00-001M-0000-0012-EB89-8. PMID 15574333.
• Andersen JS, Lam YW, Leung AK, et al. (2005). "Nucleolar proteome dynamics". Nature. 433 (7021): 77–83. doi:10.1038/nature03207. PMID 15635413.
• Nousiainen M, Silljé HH, Sauer G, et al. (2006). "Phosphoproteome analysis of the human mitotic spindle". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103 (14): 5391–6. doi:10.1073/pnas.0507066103. PMC 1459365. PMID 16565220.
• Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, et al. (2006). "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks". Cell. 127 (3): 635–48. doi:10.1016/j.cell.2006.09.026. PMID 17081983.