U6 snRNK-pridruženi Sm-oliki protein LSm1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom LSM1.[4][5][6]

LSM1
Identifikatori
AliasiLSM1
Vanjski ID-jeviOMIM: 607281 MGI: 1914457 HomoloGene: 40945 GeneCards: LSM1
Lokacija gena (miš)
Hromosom 8 (miš)
Hrom.Hromosom 8 (miš)[1]
Hromosom 8 (miš)
Genomska lokacija za LSM1
Genomska lokacija za LSM1
Bend8|8 A2Početak26,275,316 bp[1]
Kraj26,294,003 bp[1]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 protein binding
RNA cap binding
pre-mRNA binding
mRNA binding
RNA binding
Ćelijska komponenta citosol
P-tijelo
messenger ribonucleoprotein complex
Akson
neuronal cell body
dendrit
Jedro
citoplazma
mRNA cap binding complex
Lsm1-7-Pat1 complex
Biološki proces negative regulation of neuron differentiation
deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA
RNA splicing, via transesterification reactions
mRNA processing
stem cell population maintenance
Prerada RNK
exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA
histone mRNA catabolic process
nuclear-transcribed mRNA catabolic process
RNA metabolic process
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_014462

NM_026032

RefSeq (bjelančevina)

NP_055277

NP_080308

Lokacija (UCSC)n/aChr 8: 26.28 – 26.29 Mb
PubMed pretraga[2][3]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 133 aminokiseline, а molekulska težina 15.179 Da.[7]

1020304050
MNYMPGTASLIEDIDKKHLVLLRDGRTLIGFLRSIDQFANLVLHQTVERI
HVGKKYGDIPRGIFVVRGENVVLLGEIDLEKESDTPLQQVSIEEILEEQR
VEQQTKLEAEKLKVQALKDRGLSIPRADTLDEY

Funkcija uredi

Smoliki proteini su identifikovani u različitim organizmima na osnovu homologije sekvenci sa porodicom Sm-proteina (vidi SNRPD2). Proteini slični Sm-u sadrže motiv Sm sekvence, koji se sastoji od dvije regije odvojene poveznicom promjenjive dužine koja se savija kao petlja. Smatra se da proteini slični Sm tvore stabilan heteromer prisutan u tri-snRNP česticama, koji su važni u prepreradi iRNK.[6]

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000037296 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Luhrmann R, Achsel T (Jan 2003). "The human LSm1-7 proteins colocalize with the mRNA-degrading enzymes Dcp1/2 and Xrnl in distinct cytoplasmic foci". RNA. 8 (12): 1489–501. doi:10.1017/S1355838202021726 (neaktivno 31. 5. 2021). PMC 1370355. PMID 12515382.CS1 održavanje: DOI nije aktivan od 2021 (link)
  5. ^ Takahashi S, Suzuki S, Inaguma S, Cho YM, Ikeda Y, Hayashi N, Inoue T, Sugimura Y, Nishiyama N, Fujita T, Ushijima T, Shirai T (Apr 2002). "Down-regulation of Lsm1 is involved in human prostate cancer progression". Br J Cancer. 86 (6): 940–6. doi:10.1038/sj.bjc.6600163. PMC 2364150. PMID 11953827.
  6. ^ a b "Entrez Gene: LSM1 LSM1 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae)".
  7. ^ "UniProt, O15116" (jezik: engleski). Pristupljeno 19. 9. 2021.

Dopunska literatura uredi