Leucinom bogati protein sa ponavljanjem 37A je protein koji je kod ljudi kodiran genom LRRC37A.[2] LRRC37A pripada porodici gena LRRC37, koja je nastala umnožavanjem gena. LRRC37 proteini imaju motive ponavljanja bogate leucinom (LRR) za koje se predviđa da posreduju u interakcijama protein-ligand (Giannuzzi et al., 2013).

LRRC37A
Identifikatori
Aliasi
Vanjski ID-jeviGeneCards: [1]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

n/a

n/a

RefSeq (bjelančevina)

n/a

n/a

Lokacija (UCSC)n/an/a
PubMed pretraga[1]n/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Kloniranje i ekspresija

uredi

Analizom baze podataka i PCR-om ćelijske cDNK u HeLa, Giannuzzi et al. (2013) klonirani cjeloviti LRRC37A. Izvedeni protein od 1.700 aminokiselina ima izračunatu molekulsku masu od 188 kD. Sadrži N-terminalnu signalnu sekvencu, praćenu trima ponovljenim sekvencama, šest tandemskih vanćelijskih LRR motiva uz bok LRR N– i C-terminalnih domena, transmembranskog segmenta, uz kratki unutarćelijski C-terminalni rep. RT-PCR pomoću prajmera zasnovanih na konzerviranom području gena LRRC37 koji kodiraju motive LRR, pokazao je pretežnu ekspresiju gena u testisima, s umjerenom ekspresijom u timusu, malom mozgu i mozgu fetusa, a nižom ekspresijom u svim ostalim ispitivanim ljudskim tkivima. Otkrivena je opsežna alternativna prerada gena LRRC37, pri čemu je dominantan oblik LRRC37 pune dužine. RT-PCR HeLa ćelija, limfoblastoidnih ćelija, malog mozga i testisa otkrio je LRRC37A varijante prerade, za koje se predviđa da kodiraju izoforme sa 0 do 6 LRR motiva. Izuzimanje egzona 8 u nekim varijantama rezultira uklanjanjem domena zatvaranja LRR C-terminala i pomakom u ORF, uvođenjem stop kodona u egzon 9 koji uklanja transmembranski domen. Western blot i histohemijske analize i eksperimenti vremenskog traga transficiranih HeLa ćelija pokazali su da je LRRC37A označen epitopom prvo lokaliziran na Golgijevom aparatu, a zatim premješten kroz unutarćelijske vezikule u plazmamembranu. I lizati ćelija i kondicionirani mediji pokazali su dva glavna proteinska pojasa: LRRC37A s prividnom molekulskom masom iznad 260 kD. Giannuzzi et al. (2013) otkrili su da je prekomjerna ekspresija LRRC37A označenih epitopom u ćelijama HeLa, koje obično ne eksprimiraju nivoe LRRC37A koji se mogu detektirati, prouzrokovala deformaciju plazemamembrane i stvaranje izbočina nalik filopodijama, praćeno apoptozom.

Giannuzzi et al. (2013) utvrdili su da gen LRRC37A sadrži najmanje 14 egzona

Evolucija

uredi

Giannuzzi et al. (2013) izvijestili su da je ponavljana duplikacija segmenta predačkog hromosoma 17q koji sadrži gen LRRC37A4 (LRRC37A4P) dovelo do pojave 18 gena LRRC37 kod ljudi, sa retrokopijom na hromosomu 10 (LRRC37A6P). Samo su četiri kopije na hromosomu 17q kompletne i imaju netaknut ORF, uključujući LRRC37A. Preostale kopije imaju djelimične genske strukture i/ili poremećene ORF-ove, zbog početnog djelimičnog umnožavanja ili naknadnih promjena. Rod LRRC37A4 predaka pretrpio je najopsežniju promjenu u strukturi egzonintron. Orangutani i drugi neljudski primati pokazuju slično složeno, ali neovisno, umnožavanje gena Lrrc37, s manje složenosti u genima pasa, goveda, miša i pacova. RT-PCR analiza otkrila je da je makak majmun ispoljio sličan obrazac ekspresije Lrrc37, ali manje složen od onog kod ljudi, sa najvećom ekspresijom Lrrc37 u sjemenicima i nižom ekspresijom u svim ostalim ispitivanim tkivima. Suprotno tome, mišji Lrrc37 je eksprimiran samo u testisima i nije imao alternativnu preradu. Giannuzzi et al. (2013) zaključili su da se porodica LRRC37 proširila u redu primata nakon divergencije ljudi od drugih vrsta sisara.[3]

Reference

uredi
  1. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  2. ^ "Entrez Gene: Leucine rich repeat containing 37A". Pristupljeno 24. 7. 2012.
  3. ^ Giannuzzi, G., Siswara, P., Malig, M., Marques-Bonet, T., NISC Comparative Sequencing Program, Ventura, M., Eichler, E. E. Evolutionary dynamism of the primate LRRC37 gene family. Genome Res. 23: 46-59, 2013. PubMed: 23064749

Dopunska literatura

uredi
  • Jin H, Selfe J, Whitehouse C, Morris JR, Solomon E, Roberts RG (Dec 2004). "Structural evolution of the BRCA1 genomic region in primates". Genomics. 84 (6): 1071–82. doi:10.1016/j.ygeno.2004.08.019. PMID 15533724.