FAM114A2
FAM114A2 otvoreni okvir čitanja 3 hromosoma 5 jest gen na koji kod ljudi kodira protein FAM114A2. Funkcija proteina nije dobro poznata. FAM114A2 je, međutim, visoko konzerviran kod sisara s homolozima i u gljiva i u biljaka.
| FAM114A2 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | FAM114A2 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1917629 HomoloGene: 10270 GeneCards: FAM114A2 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 5: 153.99 – 154.04 Mb | Chr 11: 57.37 – 57.41 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 505 aminokiselina, а molekulska težina 55.468 Da.[5]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MSDKDDIETP | LLTEAAPILE | DGNCEPAKNS | ESVDQGAKPE | SKSEPVVSTR | ||||
| KRPETKPSSD | LETSKVLPIQ | DNVSKDVPQT | RWGYWGSWGK | SILSSASATV | ||||
| ATVGQGISNV | IEKAETSLGI | PGPSEISTEV | KYVAGETNAK | ENENSSPVAG | ||||
| AFGVFSTIST | AVQSTGKSVI | SGGLDALEFI | GKKTMDVIAE | GDPGFKRTKG | ||||
| LMNRNATLSQ | VLREAKEKEE | IRTSNEVTVE | TDKKTHYGLL | FDEFQGLSHL | ||||
| EALEMLSQES | EIKVKSILNS | LSGEELETLK | VELEQLKETF | SLAEFCEEEE | ||||
| EEKKGDEDFT | KDITELFSQL | HVSSKPEKLA | RARNTAHEWI | RKSLTKPLAE | ||||
| NEEGEKQSEA | ENTEQVNKNS | IEDIHAFAIR | SLAELTACSI | ELFHKTAALV | ||||
| LHGRKQEVTA | IERSQTLSQM | TIVLCKELSS | LSKEFTTCLT | TAGVKEMADV | ||||
| LNPLITAVFL | EASNSASYIQ | DAFQLLLPVL | EISLIENKIE | SHRHELQGQK | ||||
| PLLEH |
Gen
urediGen FAM114A2 nalazi se na hromosomu 5, sekvenca 5q31–33).[6] Ovaj gen ima 14 egzona koji se protežu kroz njegovu sekvencu. Kodirajuća sekvenca duga je 2.886 baznih parova sa 5 'UTR od 94 bazna para i 3' UTR od 1.273 parova baza.[7] Elsprimira se na visokim nivoima u većini ljudskih tkiva.[6] Također je izrazito eksprimira i u tkivima ljudskog mozga.[8]
Protein
urediProtein FAM114A2 dug je 505 aminokiselina[7] sa molekulskom težinom od 55,5 kdal i izoelektričnom tačkom od 4,66.[9] It is predicted to stay in the nucleus after translation [10] Postoje dokazi da c5orf3 stupa u interakciju s drugim proteinom nepoznate funkcije iz hromosoma 5, c5orf4.[11] Smatra se da ovaj protein uključuje P-petlju [12] što ukazuje na ulogu u vezanju ATP i/ili GTP.[13]
| Vrsta | Pristupni broj | Identitet |
|---|---|---|
| Macaca mulatta | XM_001102467 | 78,1% |
| Pan troglodytes | XM_518045 | 89,7% |
| Bos taurus | NP_001033166 | 85,6% |
| Pongo abelii | XM_002816109 | 87,8% |
| Mus musculus | NM_026342.3 | 79% |
| Callithrix jacchus | XP_002744467 | 94,7% |
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000055147 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000020523 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "UniProt, Q9NRY5" (jezik: engleski). Pristupljeno 13. 10. 2021.
- ^ a b FAM114A2 Gene - GeneCards | F1142 Protein | F1142 Antibody
- ^ a b Homo sapiens family with sequence similarity 114, member A2 (FAM114A2) - Nucleotide - NCBI
- ^ Allen Brain Atlas: http://human.brain-map.org/search?type=mi Arhivirano 18. 8. 2011. na Wayback Machine
- ^ Biology workbench: http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# Arhivirano 11. 8. 2003. na Wayback Machine!
- ^ PSORT WWW Server
- ^ STRING: http://string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl.
- ^ "STRING: Functional protein association networks".
- ^ Saraste M, Sibbald PR, Wittinghofer A (novembar 1990). "The P-loop--a common motif in ATP- and GTP-binding proteins". Trends Biochem. Sci. 15 (11): 430–4. doi:10.1016/0968-0004(90)90281-f. PMID 2126155.
Dopunska literatura
uredi- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes". Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Vanjski linkovi
uredi- Lokacija ljudskog genoma FAM114A2 i stranica sa detaljima o genu FAM114A2 u UCSC Genome Browseru.